左宗棠一行人由西安再抵潼關，由潼關渡黃河入晉北上，曆經五十幾天的顛簸，終於轉年正月二十七日從崇文門進京，當晚住進湖南善化會館。
左宗棠到京後，駐英、法兩國公使兼駐俄公使伊犁事件交涉欽差大臣曾紀澤，代表本國政府，在俄國都城聖彼得堡，與俄國外交大臣吉爾斯重新簽訂了震驚世界的《中俄伊犁條約》（又稱《中俄改訂條約》）。該條約雖未將崇厚原訂之約全盤推翻，但總算爭回了以前劃失的伊犁南境特克斯河流域，把損失降到了最低點。這也是晚清曆史上，最讓國人揚眉吐氣的一個條約。
左宗棠當即給劉錦棠書函一封，通報《中俄改訂條約》的簽訂情況：“此次劼剛所議俄事尚無不協，畫押後仍返英都，而令邵小村參讚持所議新約先歸複命。”又說：“栽桑、種樹、養蠶、學織、畜牧、溝洫，均新疆當務之急，各局司事務求曉事之人，明者自己鑒及。”
左宗棠人雖已到京師，最放心不下的還是新疆。左宗棠在善化會館住了五日，感覺精神略可支持，這才依例移住賢良寺，安排進宮麵聖的事。五月二十八日，左宗棠抱病隨文武大臣進宮麵聖。兩宮太後照例是簾內端坐，前麵坐著的是年僅十一歲的小皇帝光緒。
問話自然都是慈禧太後發起，不過是新疆以前怎麼樣，現在怎麼樣，一路是否還安靜等話。左宗棠一一作答。
慈禧太後最後才道：“左宗棠啊，你在外麵待久了，現在來到京城，每天上朝都要起得很早，你又有病，想必多有不便吧？”
左宗棠忙答道：“回太後話，臣自到陝甘，身體一直不怎麼好，但每天隻睡到五更必起床視事；大軍出關以後，臣每日睡得更少，有時三更天起床，有時四更起床，那才真叫早啊！”
慈禧太後忙笑道：“你能這樣就好。你很能辦事，我們和皇上都知道，你跪安吧。”
左宗棠下來不久，聖旨便頒下：“大學士左宗棠，管理兵部事務，在軍機大臣上行走，並在總理各國事務衙門行走。”
左宗棠接旨的當日就上折以“宿恙舉發，手足拘急痛楚，頭暈耳聾”為由，懇請開缺各差回籍養疾。上自然不準，但賞假三個月在京師調理。
左宗棠在賢良寺養病期間，大內總管、慈禧太後身邊最得寵的太監李蓮英，來看望他。
李蓮英為了能給左宗棠留個好印象，特命人從江南運來野山茭一竹筐，又在京城命人精選上等紅辣椒兩串，作為給左宗棠的見麵禮。
但左宗棠並沒有見李蓮英，他讓身邊的侍衛傳話給李蓮英：“老夫此次患的是羞症，不能見生人，更不能吃山茭和辣椒。李總管的心意老夫心領了。”
李蓮英離去許久，左宗棠仍大罵閹奴不止。但李蓮英畢竟不是安德海，他自有對付左宗棠的辦法。
李蓮英是直隸河間人，綽號皮硝李，鹹豐時自閹為宦。李生來性狡黠，最會見風使舵，又梳得一手好發髻，頗得慈禧太後歡心。安德海被丁寶楨誅殺後，慈禧把他從梳頭房太監拔擢為總管太監，漸漸開始紅起來。他從此以後便仗著慈禧的後台，開始廣植私黨，賣官鬻爵，並時不時地在慈禧太後麵前幹預國政，竟能累累得逞，連恭親王都要敬著他。
一日，李蓮英看慈禧太後心情不是很好，便借機說道：“老佛爺，奴才聽外麵的人說，左宗棠自打進京，整日戴著個黑黑的洋玻璃鏡子，逼著京官請他吃飯、看戲，還讓人送銀子給他花。奴才聽了這話，私下就想，這姓左的，不是要辜負老佛爺對他的那片心嗎？”
慈禧太後聽了這話，當時一句話也沒說，但私下裏，卻把恭親王傳進宮來，問道：“左宗棠究竟病得怎麼樣了？我聽人說，他進京以後，一直戴著個黑黑的洋玻璃鏡子，是不是真的呀？恭親王啊，你有時間去勸勸他。京官非比外任，做事啊，不能太跋扈。他對大清的功勞，自己不說，朝廷都記著呐。”
恭親王一時不知如何回答，隻能連連稱是。
三個月後，左宗棠病情雖見好轉，但仍不能理事，奏請續假繼續養病，上準。左宗棠養病期間，慈安太後因病歿於宮中。