劉錦棠接到左宗棠的書信不久，即向朝廷遞上一折，提出新疆建省的具體方案。
遭太監戲弄
病中的左宗棠得知劉錦棠就新疆建省一事拿出了具體的方案，也急忙把起稿師爺傳到榻前，口授《新疆行省急宜議設，關外防軍難以遽裁》一折。
該折這樣寫道：“查新疆地周兩萬裏，與陝甘督臣、陝西撫臣治所均相距甚遠。從前分設將軍、都統、參讚、辦事、領隊、幫辦、協辦大臣，換防總兵各員，布置不為不密。然治兵之官多，治民之官少，已有偏重之勢。”又說：“夫福建之台灣，僅海外一島耳。由省垣至彼，輪船一晝夜可達，其地延袤千有餘裏，較之新疆十分之一耳。其文職有道、有府、有廳、有縣。而日本事宜，議者尚有移駐巡撫之請。況新疆為陝甘、山西各邊及京師屏蔽，關係綦重，非僅台灣之比。且地大物博，承平時牛羊、麥麵、蔬果之賤，澆植、貿易之利，金礦、銅礦之旺，徭役、賦稅之簡，哈薩克茶馬、布匹、絲緞互市之利，又皆什伯內地，逐漸經理，可望與腹省腴地齊觀，於度支亦非有所耗也。”
折子拜發，左宗棠因連日勞累病勢增劇，不得不奏懇開缺回籍。聖旨下，照例不準，隻賞假三個月，命其在任所調理。
左宗棠此次發病卻大異於前，竟一直調理到光緒九年（公元1883年）三月份，仍未見好轉，於是不得不再次陳情於上，奏懇開缺回籍。
但朝廷此次並未依例賞假，而是下旨就海防一事詢問布置機宜，蓋因此時法國正對大清屬國越南實行大肆侵犯，並逼迫越南與之訂立了《順化條約》，獲得對越南的“保護權”。此時的大清國朝廷，眼見自己的屬國硬被法國奪走，卻並未派出重兵去與法國在越南軍隊交戰，但又擔心法國趁勢在海上對大清國實行攻擊，故有此一議。
左宗棠接旨不久，即抱病上了《籌辦海防會商布置機宜》一折，對南洋海防提出自己的看法，認為“將白茅沙視為長江總要門戶，在此安設堅船大炮，力扼此津，並在江陰加強防守”“自古談邊防者，不外守、戰與和，而就三者言之，亦有次第，必能守而後能戰，能戰而後能和。和局可暫不可常，其不得已而出於戰，乃意中必有之事。”
左宗棠上此折時已年高七十有一，又累受病痛折磨，但仍頭腦清醒，反應敏捷。這大概也正是朝廷不肯輕易放他回籍的原因。
左宗棠隨後又給李鴻章急函一封，指出：“法國侵略越南，其意並不在越南，實欲通過越南，進窺我滇粵矣。”函後又讚揚劉永福“在河內大捷，足寒賊膽而快人心”。
信函發走，左宗棠開始全身心地關注起法越戰事，不知不覺中，病勢竟然減輕，竟很快能下地走路了。病魔一撤，精神自然就好，他馬上又給朝廷拜發了《敬籌南洋應辦邊務機宜》一折。
在折中，左宗棠堅稱：“唯越若不存，剝床以膚，將成西南巨患；劉永福一失，越南全境無與支持，倘為法人所用，更貽滇、粵之患。事機紛乘，間不容發。及今為之，已苦其緩；若再置之不理，西南之禍豈有窮期？”又向朝廷表示：“臣當於巡勘崇、寶海後，率新募各營回湘繼進，以赴戎機，斷不敢置身局外，致負恩知也。”左宗棠的豪氣再次衝天而起。
折子拜發後，左宗棠不顧家人及屬員的勸阻，第再次乘船東下，巡視江海防務，直至崇明、寶山。船過上海租界，左宗棠為示自己身體健康，仍能督兵再戰，竟下船與各國領事見麵。各國領事見左宗棠談起戰事來神采飛揚，無不稱奇，皆曰大清之左爵相，真乃戰神轉世也。一時觀者如堵，紛紛傳頌。
左宗棠乘船南返途中，不期突遇特大暴風。一時間，舟在浪尖上跳躍，似野馬脫韁，好像在空中飛舞。船上一幹人眾無不東倒西歪，無法把持，左宗棠亦暈倒過去，風息後方醒。醒來後，左宗棠不僅舊患悉數盡發，左眼亦從此失明。