左宗棠回到督署，連夜上折，向朝廷彙報自己的病情及左目失明的情況；在奏懇準予開缺回籍的同時，又附片請擇裕祿、楊昌浚、曾國荃三人中一人出任江督。
光緒十年（公元1884年）正月十二，聖旨遞進兩江總督衙門：“左宗棠著準其開缺，賞假四個月，回籍安心調理。曾國荃署理兩江總督，兼辦理通商事務大臣。”
越六日，左宗棠又接一旨：“內閣學士周德潤奏勳臣不宜引退，請旨責以大義，令其在任調理等語。左宗棠勤勞懋著，朝廷倚任方殷。當此時局艱難，尤賴二三勳舊之臣竭誠幹濟，豈肯任其功成身退，遽賦歸田？隻因該大學士目疾增劇，而兩江地大物博，政務殷煩，又難靜心調攝，是以降旨準其開總督之缺，仍賞假四個月回籍。原欲其安心調理，俾得早日就痊，出膺重寄。該大學士素著公忠，諒不至稍耽安逸，著即趕緊調治，一俟稍愈，不必拘定日期，即行銷假，以副委任。”聖旨隻給左宗棠賞假四個月回籍養病，仍不準開缺。
左宗棠於是讓孝寬督促家人打點行裝，料理回籍各事宜。曾國荃很快來到江寧接印。
從鹹豐十一年（公元1861年）十二月左宗棠署理浙江巡撫算起，左宗棠與曾國荃已經二十三年沒有見麵了。相見之下，兩個人竟然抱在一起，許久不肯放手。
曾國荃抱著左宗棠，一邊流淚一邊說道：“好哥哥，沅甫一直想著您啊！”
左宗棠哽咽著說道：“九弟，您要對我還有氣，就罵我一頓吧。有些事情，我不是有意的呀！我三年前回籍省墓，特意到滌生的墓前磕了三個響頭。我對滌生說，我左宗棠能有今天，全是他一手托起來的。可他臨走的時候，我竟然沒有和他說上一句話！九弟，我左宗棠對不住你曾家兄弟呀！”
曾國荃一邊替左宗棠擦眼淚，一邊說：“我們是兄弟！我們永遠都是兄弟！過去的事，就不要再想了。您的身子骨可不能大意呀。您哪，聽我一句勸，先不要忙著回籍。我明兒找個好些的洋醫生給您瞧瞧。等病好了以後啊，您再回籍也不遲。”
左宗棠鬆開手，讓人給曾國荃放了座，這才說道：“在京期間，我發現，得罪誰也不要得罪小人！否則他們會絞盡腦汁使壞，像蒼蠅一樣煩人。現在，我已經病入膏肓了，熬不幾天。九弟，我離開後，您也要注意自己的身子骨啊。我聽說，劼剛賢侄的身子骨不大強壯？”
曾國荃答道：“都是讓俄國人氣的！”
當晚，有消息紛傳，說法國遠東艦隊有可能襲擊南洋水師。鑒於這種情況，左宗棠第二天便抱病與曾國荃辦了交接，並就南洋海防的情形，對曾國荃做了一番交代。
交印的第五天，左宗棠即率家人抬著棺櫬乘船南返，曾國荃率一應僚屬親自護送至碼頭方回。船行中途，左宗棠忽接一旨，言稱越事愈棘，命左宗棠快速入京覲見。
左宗棠隻得與家人分手，改道進京，仍居賢良寺。左宗棠的棺櫬單放進寺裏的一間空屋子裏。
稍事歇息便陛見，陛見的當天便有旨下來：“左宗棠仍在軍機大臣上行走。該大學士卓著勳績，年逾七旬，加恩毋庸常川入直，遇有緊要事件，豫備傳問，並管理神機營事務。所有應派各項差使，均毋庸開列，以示體恤。”
左宗棠接旨以後，認為朝廷是準備讓其終老京師了，許多王公大臣也有此觀點。但李蓮英卻還沒有把左宗棠戲耍夠。
閏五月初七，左宗棠因用內閣印行文讓提督黃少春率所部赴鎮南關抗法，遭禦史參劾。
慈禧太後本打算把禦史的折子留中不發，但李蓮英卻對慈禧太後說：“奴才聽外間傳說，左宗棠此次是藐抗祖製，不重處無以服人。外間還說，左宗棠在陝甘的時候啊，就是想怎麼著就怎麼著。奴才有時就想啊，左宗棠功勞是大，但他功勞再大，還能大過曾國藩嗎？曾國藩就從來不做違製的事。奴才是真怕外間誤解朝廷啊！左宗棠也真是的，他怎麼就不知道朝廷對他的好呢？”