胡拜爾爆炸事件發生以後，沙特什葉派與沙特政府之間的休戰狀態結束。胡拜爾爆炸事件實際上為沙特當局拘捕什葉派反對派提供了一個大好機會，沙特政府和什葉派的關係變得緊張和相互猜忌。1996年8月初，沙特安全機構在王國的東方省展開了一係列的拘捕行動。據英國的阿語日報報道，共有300名不滿1993年沙特什葉派組織與政府達成和平協議的什葉派反對派被捕。1993年的和平協議旨在使沙特政府放鬆對什葉派活動的限製，允許什葉派獲得重要的政府職位，但很明顯這次和平進程宣告失敗。沙特政府與什葉派的關係處於波動之中。2000年4月，納季蘭地區又發生了沙特情報部門和宗教民兵突襲什葉派清真寺的事件，他們在清真寺中逮捕了一名什葉派宗教教師，沒收其宗教手稿，開槍射死一名什葉派穆斯林。大約60名什葉派穆斯林聚集在該地區總督的住處抗議對這名宗教教師的逮捕。政府派遣軍隊，並調集 20輛美國製造的坦克和其他的戰鬥車輛來鎮壓反抗活動，2名什葉派抗議者死亡，數十名受傷並遭監禁。對納季蘭的軍事占領持續了一周，其間600名什葉派在街上被捕，一些人受到重擊。
1996年的胡拜爾炸彈事件以後，沙特民間伊斯蘭主義者的暴力活動轉入低潮。2000年以後，沙特阿拉伯國內的暴力活動暫時以一係列小的對外國人的攻擊為主要形式。從2000年11月到2001年5月，沙特國內共發生了6次炸彈襲擊事件。第一次炸彈事件發生在利雅得，殺死一名英國的工程師。2000年12月15日，胡拜爾發生炸彈爆炸，一名英國可口可樂公司的經理受重傷。2001年5月2日，胡拜爾又發生炸彈爆炸，一名美國按摩師受重傷。另外有7人在2000年11月23日和2001年3月15日的另外2次炸彈事件中受傷。“9·11”事件之後，美國發動了全球範圍內的反恐怖主義戰爭，其重點則是增強對“中東-穆斯林”地區的統治，而沙特國內激進傾向反對派的活動也因此加劇。2001年10月6日，胡拜爾的一個商業區發生爆炸，導致一名美國工程師死亡。由於歐薩瑪·本·拉登及其聖戰派伊斯蘭主義者的暴力活動對沙特政府和美國造成巨大威脅，歐薩瑪·本·拉登成為美國和沙特政權的首要敵人，聖戰派伊斯蘭主義者成為美國和沙特政權打擊的首要對象。據估計，有數千名聖戰派伊斯蘭主義者流亡到阿富汗。2001年美國發動對阿富汗的戰爭，據估計有超過45名沙特人被殺，至少240人被捕，其他的沙特聖戰派伊斯蘭主義者則逃往巴基斯坦和也門。
二、“阿拉伯半島基地組織”的暴力活動
2001年美國入侵阿富汗以後，沙特阿拉伯國內出現了“阿拉伯半島基地組織”，構成世界基地組織網絡的一個重要組成部分。這個組織以推翻沙特家族的統治為目標，在沙特阿拉伯發起了針對沙特政權和西方人的暴力攻擊。盡管“阿拉伯半島基地組織”隻有數百名成員，但它在沙特民眾中獲得了很大的支持，一些具有激進傾向的宗教學者還頒布費特瓦，為“阿拉伯半島基地組織”的行動提供宗教政治合法性。許多激進的宗教學者都來自布拉達，例如胡穆德·本·歐基拉·舒艾比。也有一部分伊瑪目穆罕默德·本·沙特伊斯蘭大學嘎西姆分校的學生退學並加入到“阿拉伯半島基地組織”中，其中最著名的是阿卜杜勒·阿齊茲·歐馬裏，他是9·11劫機者的“伊瑪目”。大多數“阿拉伯半島基地組織”的成員都是忠誠的瓦哈卜派信徒，他們的信仰與沙特官方瓦哈卜派不同的是，他們認為沙特家族的統治是非法的，而沙特官方瓦哈卜派則竭力維護沙特家族政權的宗教政治合法性。
沙特阿拉伯政治反對派的活動通常也利用宗教作為意識形態的工具，以證明其反對沙特政權的宗教政治思想和行動的正當性。最極端最暴力的組織擁護一些最極端的宗教經文解釋，並且根據現實需要發展了一係列相應的宗教政治理論。“9·11”事件發生後不久，沙特宗教學者胡穆德·本·歐基拉·舒艾比就因為支持塔利班而變得著名。他頒布了一份費特瓦，強調所有穆斯林在與美國軍隊對抗時，都要加入塔利班組織。這份費特瓦在沙特阿拉伯國內引起了激烈的討論，最終結果是受沙特政府控製的歐萊瑪長老委員會做出決定，規定隻有“官方的”穆夫提才有權力頒布費特瓦。然而，胡穆德·本·歐基拉·舒艾比代表著沙特宗教學者中的一種更廣泛的傾向。2002年初胡穆德·本·歐基拉·舒艾比去世以後，許多年輕學者繼承了他對沙特國家支持美國中東政策的批評。這些年輕學者包括阿裏·庫代爾、阿哈馬德·哈立德和納斯爾·法赫德。他們的思想和主張廣泛參考沙特阿拉伯各曆史階段瓦哈卜派學者的重要著作，這些學者包括伊本·瓦哈卜、蘇萊曼·本·阿卜杜拉·謝赫、哈馬德·本·阿提克、胡穆德·圖瓦吉裏、穆罕默德·卡塔尼、穆罕默德·本·易卜拉欣·謝赫和胡穆德·本·歐基拉·舒艾比。