2003年11月8日，利雅得的穆哈亞住宅區發生一係列爆炸事件，共有18人死亡，至少122人受傷，兩名自殺式投彈者死亡，另外兩人逃走。穆哈亞住宅區居住的主要是其他阿拉伯國家的僑民。沙特內政部於12月6日公布了一份新的名單，包括26名恐怖主義者。盡管到2004年6月，沙特當局已經成功地拘捕了以上名單中的大多數恐怖主義者，但沙特政府的威望和沙特國家的可信度及其在國際上的地位已經遭到很大的破壞。2003年12月，沙特國家的電視播放了阿伊德·卡拉尼與6月被捕的聖戰派謝赫阿裏·庫代爾及其兩名同僚的會麵。聖戰派謝赫阿裏·庫代爾公開宣布放棄以前的思想和聖戰運動。2004年，沙特政府成功地吸納和動員了許多以前的反對派謝赫站在政府一邊，包括穆辛·阿瓦加和薩法爾·海瓦裏，因此削弱了民間宗教政治反對派的力量。
2004年4月21日，阿卜杜勒·阿齊茲·馬迪西什駕駛一輛滿載炸藥的汽車進入利雅得秘密警察大廈完成一次自殺式任務。這次攻擊中共有6人死亡，144人受傷。這是沙特阿拉伯民間宗教政治反對派對沙特政府機構的第一次直接攻擊，是對政府反擊穆哈亞係列行動的報複。隨後，聖戰派重新發起對外國人的攻擊，恢複了以社會“墮落”的源泉和政權經濟支柱的主要來源為攻擊目標的戰略。4月30日，4名反對派分子在重要的石油工業城市延布的大街上橫衝直撞，殺死瑞士-瑞典的ABB公司辦公室的5名外國工程師和1名沙特人，另外有20名沙特人受傷。
5月2日，4名攻擊者殺死了延布的許多西方工人。5月29日，在胡拜爾發生了一次暴力攻擊事件，在24個多小時中，一群恐怖分子見到外國人就殺，還扣押了許多外國人作為人質，總共有22名外國人死亡。接下來的幾周，沙特政府的聲譽遭到進一步破壞，許多外國人在利雅得被殺害，其中最著名的是美國軍事專家保羅·約翰遜。許多僑居在沙特阿拉伯的外國人宣布他們將離開沙特阿拉伯。直到2004年6月，沙特當局才控製住了“阿拉伯半島基地組織”的行動。6月18日，沙特政府處決了三名聖戰派重要人物，他們是阿卜杜勒·阿齊茲·穆克林、費薩爾·達裏勒和特爾其·本·法赫德·穆泰裏。之後的幾周，沙特警察襲擊了大多數反對派成員，殺死了許多與殺害外國人有關的反對派成員。
2004年下半年，直到2005年4月，沙特阿拉伯經常發生激烈的戰鬥，多數發生在吉達、利雅得和嘎西姆的保守派聚居區，這些地區是“阿拉伯半島基地組織”的主要基地和最後的立足點。最激烈的戰鬥發生在嘎西姆地區。2004年11月，在布拉達和阿尼匝的武裝衝突持續了18個小時，在拉斯的武裝衝突持續了60個小時。
2004年11月和12月，在吉達的薩利赫·阿瓦菲基地發生了三次較大規模的衝突。“阿拉伯半島基地組織”采取報複行動，12月6日，吉達的美國領事館遭到攻擊。
2004年12月，利雅得發生多次槍戰，許多聖戰派成員死亡。12月29日，聖戰派對沙特內政部和安全部隊辦公室發起炸彈攻擊。2005年，聖戰派和安全部隊之間的衝突時常發生，其中在達曼發生了一次最激烈戰爭。許多人在聖戰派和安全部隊的對抗中因為被懷疑是對方的成員而被殺死。4月3日至5日，共有15名聖戰派成員喪生。從2004年6月到2005年4月底，共有約50名聖戰派成員死亡。
2005年3月，沙特政府宣布大約有700名反對派成員在押。
“阿拉伯半島基地組織”主要通過攻擊外國人和基礎設施來毀壞沙特阿拉伯脆弱的石油經濟。該組織的主要目標是：破壞沙特的經濟、破壞沙特政權的穩定、分裂沙特政權的精英和損害沙特政權的安全力量。“阿拉伯半島基地組織”是一個有固定結構的分等級的組織，在被稱為“沙裏亞理論家”的知識分子和餘下的被稱為“步兵”的人員之間具有明顯的區別。位於宗教知識分子集團的最頂峰的是5名大學畢業生，他們是該組織的沙裏亞委員會成員。這些“理論家”具有為該組織及其運動提供宗教意見和宗教政治合法性的重要職責。而處於下層的“步兵”則主要是在阿富汗接受過軍事訓練的聖戰者。因此，該組織可以看做是沙特阿拉伯新一代激進傾向的聖戰派知識分子與阿拉伯阿富汗人的聯合體。“阿拉伯半島基地組織”有一個固定的領導集團，當其中一名領導人死亡時，另一人就會立即取代他。另外，它還有一個擁有許多成員的顧問委員會，負責提供伊斯蘭教法、軍事、宣傳和財政等方麵的信息。在軍事委員的領導之下是一個具體負責運作的部門，它控製著基層的組織。這些組織包括“聖城中隊”、“兩聖地營”。根據不同的情況，當官方采用通緝和鎮壓措施時，基地組織就會分化為一些獨立行動的組織。“阿拉伯半島基地組織”的成員具有年輕化的特點，他們大都是80年代或以後出生的“年輕的城市貧民”。沙特政府公布的多個名單中，基地分子的平均年齡都在20幾歲，其中“哈裏迪亞基地組織”成員的平均年齡隻有19歲。“阿拉伯半島基地組織”的領導人年齡稍大，3名主要頭目優素福·阿以裏、阿卜杜勒·阿齊茲·穆基林和哈立德·哈吉的年齡都是30歲，位列第四的領導人薩利赫·阿瓦菲是38歲。該組織的成員普遍缺乏正式的教育背景，多數成員都隻是接受了非正式的宗教教育和具有高度意識形態色彩的教育。4名領導人都沒有完成中學學業，大多數成員都是在十幾歲時就離開沙特阿拉伯去往阿富汗參加聖戰。“阿拉伯半島基地組織”大多數成員普遍很低的教育水平和沒有穩定職業的狀況加劇了該組織在沙特社會中的孤立地位。