“阿拉伯半島基地組織”的目標是動員沙特民眾反對“非伊斯蘭”的政權。雖然2003年美國和沙特政府已經宣布，大多數駐紮在沙特阿拉伯的美國軍隊將移往鄰近的海灣國家，主要是巴林和卡塔爾，但是，一些美國的軍事基地仍然留在沙特阿拉伯。聖戰派的宗教政治思想及其對暴力行動的合法性論述，主要是引用《古蘭經》和“聖訓”，號召穆斯林將異教徒驅逐出阿拉伯半島。然而，該組織對沙特政府機構發動的一係列暴力攻擊標誌著聖戰派計劃的轉向，標誌著聖戰派的目標轉移到兩座聖寺所在的土地。2004年12月，歐薩瑪·本·拉登在“阿拉伯半島基地組織”宣布為多起沙特暴力事件負責以後發表演講，論述了他相對於沙特政權和官方歐萊瑪的地位。根據這次題為“特別是兩座聖寺所在土地上的穆斯林和整體的穆斯林世界”的演講，歐薩瑪·本·拉登指出，沙特政府一直在犯罪，從小的罪惡到嚴重的罪惡，現在則是違反了十條伊斯蘭信仰的原則。歐薩瑪·本·拉登和“阿拉伯半島基地組織”開始將聖戰的矛頭從西方的非穆斯林轉移到沙特政府。
“阿拉伯半島基地組織”的鬥爭策略根據沙特社會民眾的反映而不斷變化。在美國剛入侵伊拉克時，“阿拉伯半島基地組織”的策略是針對外國居民區的自殺式攻擊，希望能調動沙特民眾反對外國人。然而，該組織對穆哈亞居住區的攻擊是一次失敗的計劃，穆哈亞居住區的居民主要是穆斯林和其他國家的阿拉伯人。對穆斯林的攻擊導致“阿拉伯半島基地組織”的宗教政治合法性遭到極大削弱。此後，“阿拉伯半島基地組織”試圖通過2004年4月攻擊利雅得的政府建築來重新獲得沙特民眾的支持。但是這次爆炸並沒有嚴重地影響政府的基礎設施。此後可能由於沙特安全機構繳獲了該組織囤積的資源和武器，該組織未能再次發起大規模的攻擊。“阿拉伯半島基地組織”的行動震驚了沙特統治者以及與沙特阿拉伯結盟的國家，但是它卻未能徹底破壞沙特政權的穩定和摧毀沙特的經濟，也沒能廣泛地動員沙特民眾。該組織的暴力傾向和政府的鎮壓措施阻止了“阿拉伯半島基地組織”從90年代興起的溫和傾向民間宗教政治反對派中獲得支持和建立聯盟。然而，通過“阿拉伯半島基地組織”的行動，沙特政府的宗教政治合法性遭到很大的削弱，沙特政府在國內外的形象和地位受到極大破壞。沙特阿拉伯呈現出緊張的局勢，主要城鎮中的暴力事件大大增加。2003年至2004年的暴力行動的確導致大量人員的傷亡、基礎設施的嚴重破壞和王國中嚴重的騷亂。
麵對“阿拉伯半島基地組織”的攻擊，沙特國家呼籲沙特人民保持理智和對沙特政府的信任，同時試圖以盡快摧毀“阿拉伯半島基地組織”來顯示政府的效率。在打擊“阿拉伯半島基地組織”的過程中，沙特政府采用分化和孤立的政策，集中力量對付最極端的聖戰派成員。沙特政府還通過吸納和收買的政策，利用溫和傾向的宗教政治反對派來攻擊激進傾向的宗教政治反對派，由此來打擊民間宗教政治勢力。沙特政府與官方宗教政治權威緊密合作，指責極端傾向的反對派是異教徒、“伊斯蘭教的異端”、“狂熱者”和“恐怖主義者”。政府還不斷公布“恐怖主義者”名單，大肆搜捕和屠殺民間宗教政治反對派。到2005年，“阿拉伯半島基地組織”已經遭到嚴重的削弱。沙特國內大規模的暴力性反政府運動基本停止，但是小規模的暴力事件仍時有發生。2006年2月24日，沙特阿拉伯東部城市阿巴奇克發生了一次針對一個大型煉油廠的自殺式襲擊。沙特安全部隊采取有效措施阻止了劇烈爆炸的發生，兩名襲擊者駕駛的汽車在煉油廠外發生爆炸，兩名襲擊者在爆炸中身亡，一條輸油管道在爆炸中遭到破壞。同年6月，國王阿卜杜拉提出赦免主動向沙特當局自首的激進分子，基地組織在互聯網上發表聲明，拒絕向沙特當局自首和接受國王赦免的提議。2006年下半年，沙特政府在全國範圍內開展行動，共逮捕136名激進分子嫌疑犯。沙特政府持續地拘捕激進分子嫌疑犯，引起激進派的反擊。2007年2月，許多法國旅遊者在沙特境內被殺害。4月，沙特內政部就法國旅遊者被殺害一事發布公告，宣布已經拘捕了172名激進分子嫌疑犯。同年8月，沙特安全部隊在吉達與基地組織交火，共逮捕34名基地組織嫌疑犯。2008年春，沙特安全機構共逮捕56名基地組織嫌疑犯。配合安全機構的打擊行動，沙特宗教事務部和國家對話中心宣布，將啟動一項對40000名沙特伊瑪目進行再培訓的項目。沙特政府試圖通過培訓鼓勵宗教信仰的節製和寬容，抑製一些沙特宗教人士對全球聖戰行動的支持和煽動。2008年6月，據沙特官方報告，701名激進分子嫌疑犯被扣押至少6個月。2009年1月，沙特當局宣布逮捕9名前沙特政治犯，罪名是從事伊斯蘭聖戰主義的複興計劃。沙特當局懷疑這些人在計劃進行恐怖主義攻擊，以及重新加入基地組織。同年4月，沙特安全機構宣布，他們在鄰近也門邊境的山區中逮捕了11名恐怖主義組織成員。5月，一名持槍者在朱拜勒向一輛載有5名外國人的公共汽車開火。7月，沙特特別刑事法院正式宣判對330名基地組織激進分子嫌疑犯的裁決，其罪名是支持和資助恐怖主義、去往有衝突的地區戰鬥，陰謀導致混亂和破壞治安。大多數人被判處監禁、罰款或者是限製旅行，其中一人被判處死刑。8月，沙特內政部宣布，安全機構繳獲372支遙控爆炸物和大量槍支，逮捕44名密謀發動武力攻擊的基地組織嫌疑犯，其中有大約30名嫌疑犯具有研究生學曆。