第二階段：“租賃、承包經營”。尤其在1987-1989年期間，幾乎全部的國有商業企業都實行租賃、承包經營製。國有商業企業改革是根據政企分開、兩權分離的原則進行的。
兩權分離的主要標準是：①財產關係明晰，保障國有資產保值、增值，同時確保企業經營者對資產的占有權、使用權和處置權；②權責利三者相結合，將資產所有者、經營者、勞動者三者的權責利劃分清楚，並讓它們緊密掛鉤；③在國家宏觀調控下將企業推向市場，使之成為真正的市場主體。
多年實行租賃經營和承包經營責任製，對於促進政企分開，兩權分離取得了一定效果。但並未解決企業製度這一根本問題。從租賃經營看，這種經營形式是承租者以一定的資金(或財產)作抵押，經雙方協商由承租者在一定時期內支付一定的租金，從而取得經營權，其優點為：能夠保證資產的增值；承租者有經營自主權，能夠精心組織職工努力工作獲得較好的經濟收益；風險機製和激勵機製並存，不再吃國家大鍋飯，企業經濟效益高的承租者可獲得比一般職工高出幾倍的收入。同時，租賃經營不足的地方為：承租期的有限性及承租人不承擔企業發展責任使得企業缺乏後勁；抵押金與企業資產不成比例，承租者難以真正負虧；租金定額化使資產所有者不能參加超額利潤分配，使企業經營成果在積累和消費分配上，缺乏相互製約，形不成自我約束機製；租賃經營雖理順了國家與企業關係，但承租人與職工關係難以處理，職工主人翁地位有所削弱。可見，租賃經營一般隻適用於小型零售企業和飲食服務業。
再從承包經營責任看，這種經營形式是用經濟合同規定承包經營者確保上繳國家稅利為主要責任，使國家對企業的責任約束，就是將企業應繳的所得稅和利潤確定一個基數，實行“包死基數，確保上繳，超收多留，歉收自補”的原則。企業保證完成，否則用自有資金補足，並相應扣減經營者的工資和獎金。企業稅後留利還必須按照規定提取發展基金，新增資產仍屬國家所有。同時，賦予企業相應經營自主權。其長處為：①初步改變了企業對行政的依附關係，在一定程度上企業成為自主經營的經濟實體，向兩權分離的方向發展。②促進企業責權利相結合。一是承包基數是國家和企業利益的結合點，企業的責任明確；二是在企業內部，承包經營者又將承擔的經濟責任層層分散落實到各個部門和崗位，實現企業內部責權利相結合；三是承包經營者作為首席責任者，能夠行使經營管理自主權，比一般職工具有較優的經濟利益。③促進企業自主權經營、自負盈虧，有利於逐步建立和完善企業機製。④承包經營者大都經過招標招聘方式競爭產生，激勵有才之士脫穎而出，有利於提高企業經營管理水平。但承包經營責任製也存在一些問題：①承包經營實現了所有權和經營權的初步分離，但這種權能分離缺乏客觀的依據。因為政府代表國家擁有企業財產所有權，企業則因政府授予經營管理責任而獲得財產的占有權及使用權，如此的兩權分離也隻是一種行政性分權。“放權時便埋下收權的種子”，因而它塑造不出一個麵向市場的獨立商品經營者，也難以避免政府對企業的幹預。②承包經營企業沒有獨立的財產所有權，企業難以發展，也無法實現負虧，由於企業財產所有權屬於國家，在企業外部，其贏利除了按規定的留利外都不歸企業所有，這樣企業缺乏“造血”機能。比如贏利的國營大中型商業企業必須繳納55%的國家所得稅和25%的調節稅，在剩餘的20%中還要繳納能源交通建設基金、預算調節基金、農業基礎建設基金、承包風險基金以及購買特種國債，支付糧油肉價補貼等，企業實際留利水平隻有10%左右。企業發展所需資金往往得從銀行貸款取得，由於利息高，企業往往猶豫不決而坐失良機。這種狀況真實反映出發展能力與商品經營者位置很不相稱。再說，隻要國家不願讓虧損企業破產整頓，企業就可以獲得新貸款、減稅讓利、財政退庫、追加撥款，從而企業在積累和分配上普遍存在短期行為，缺乏自我約束機製。③實行承包經營的企業，在企業內部實際上無法解決勞動用工和收入分配等方麵的問題。工資是大鍋飯，獎金是小鍋飯，幹好幹壞一個樣，國有商業企業職工的身份成為最保險的鐵飯碗。傳統的經營模式仍禁錮著企業和職工思想，對勞動力使用缺乏重點，許多大型批發企業推銷人員不到職工總數的10%，習慣於坐門等客，按合同開票等。可見，實行承包製隻是一種在沒有可能進行根本改革的條件下給予企業某些自主權的過渡辦法，而不是國有商業企業的根本出路。