第13師團山田支隊：師團編成於仙台，但這個支隊是以兩角業作（日本陸軍士官學校22期，長野縣人）為聯隊長的第65聯隊和野炮兵第19聯隊（橫尾闊中佐）為基幹拉起來的，士兵來自福島縣的會津若鬆，支隊長山田栴二少將（第103旅團長）。在向南京進攻的途中，第13師團先陷落江陰要塞，再陷當時的江蘇省會鎮江，破城後屠殺3000多中國平民，最後第13師團主力和第11師團天穀支隊渡江圍攻揚州，留下山田支隊沿長江南岸向烏龍山、幕府山進攻。
第3師團第68聯隊：師團編成於名古屋，這個聯隊的士兵主要來自岐阜縣，就是在上海打寶山的那個聯隊，聯隊長鷹森孝大佐，轄金田長雄少佐第1大隊、勝屋福茂少佐第2大隊、中島嘉喜少佐第3大隊。上海陷落後，第3師團跟第9師團打下了蘇州，隨後該師團主力和鬆井石根的華中方麵軍司令部屯駐下來，隻派出了鷹森孝的部隊作為先遣隊協同第9師團作戰，繼續向南京追擊。
第101師團騎兵第101聯隊：編成於東京，以第1師團騎兵聯隊的預備役士兵為主體，聯隊長大島久忠大佐。這個騎兵聯隊協同第16師團作戰，向南京的行軍路線也跟第16師團一樣。
日軍的騎兵聯隊由兩個騎兵中隊（每個中隊120匹馬）和一個機關槍小隊組成。往騎兵裏放機關槍小隊，是日本人的創造，第一個這樣搞的是秋山好古（幫東鄉平八郎打敗俄國艦隊的參謀秋山真之的哥哥）。當時，秋山好古的這個創造，使他的騎兵在跟沙俄哥薩克騎兵的會戰中取得大勝，好古後來也被稱為“日本騎兵之父”。但所謂的機關槍小隊，實際上隻有兩挺機關槍。進入現代戰爭後，從戰鬥力上來講就非常薄弱了。所以，後來日軍就不怎麼重視騎兵了，騎兵的任務也就從秋山好古時代的陣地突擊，變成了打下手的搜索、警戒、從側翼掩護步兵進攻，或臨時彌補步兵間的空當。
海軍第3艦隊第11戰隊：轄八重山號、比良號、勢多號、熱海號、安宅號和鳥羽號等戰艦，司令官是近藤英次郎，率艦逆長江而上，向南京下關碼頭進攻。
前麵講到過，日軍師團平時隻有12，000人左右，戰時達到約22，000人。考慮到第114師團為戰爭爆發後新編的特設師團，兵力是少於第6師團、第9師團和第16師團的，而且上述幾支部隊尤其是第9師團在上海作戰時傷亡慘重，多次補充仍沒達到定額，所以直接進攻南京的日軍，在七八萬人左右，不會超過10萬人，而並非很多人認為的15萬人。
南京圍城
上海開打後，決定全麵持久抗戰的中國進入了緊張、悲壯又倔強的大遷移中！
當然不隻是政府機關向華中、西南內地遷徙，還有文化、教育和工業的遷移。
1933年初，山海關失陷後，北京天津暴露在日本人的槍口下，南京將故宮的文物裝了一萬多箱分批南運。中日開戰前，這批瑰寶從上海秘密運往南京朝天宮庫房。為保護國寶的安全，上海開打的轉天，政府派專人在軍隊押解下將其分批運往大西南：第一批80箱文物精華經長沙入川；第二批7286箱走隴海鐵路經陝西入川；第三批文物的運送最為驚險，在12月5日南京陷落前一周，一共9369箱文物走水路經武漢入川。
故宮的文物是華夏五千年文明之精華，可謂名副其實的無價之寶。漫長的護送途中，一路上的緊張與驚險，是我們萬難想象的。
這些華夏文明之血脈的轉移入川，實際上比天津東局子飛機場之戰中用大刀砍日機的場麵更悲壯：中國人，為民族血脈之生存，為文化血脈之延續，跟企圖亡我而後快的軍國日本，真的拚了。
上海、南京、杭州等東南沿海城市的工業大遷移也在緊張進行中。
戰前經國民政府十年建設，現代工業、金融、教育尤其是大學教育初現成就。有人對所謂“黃金十年”不以為然，但實際上，如果想想那個年代的中國是在怎樣的背景下搞建設的，就應該對十年中工業增長率平均6.7%的數字懷有敬意。
在工業建設中，南京最看重交通建設，因為無論是現在，還是在那個年代，交通除了關係經濟外，更關係國防。開戰前，中國的鐵路有平漢、粵漢、津浦、正太、膠濟、同蒲、浙贛、隴海等十多條大動脈，新建鐵路超過2萬公裏。蘇、浙、陝、湘、桂、川、黔、滇、粵、閩等多個省份的公路網也已經通車，新建公路則超過8萬公裏（“八一三”前後，確實發揮了不錯的運兵效果）。
上海開打後，軍政部長何應欽牽頭搞戰略資源的轉移，其中工業資源是重頭部分。怎麼把沿海的工業遷到大後方，是政府必須考慮的。在那個年代，中國的工業主要集中在沿海城市，1937年中國的3800家現代工廠，有3300家在沿海城市，其中上海又占了1200多家。
人要走，買張火車票就行了，但遷個工廠可不是幾句話就能解決的，尤其是重工業廠。按資源委員會委員兼工業聯絡組組長林繼庸回憶，當時遷一個廠，必須做到這些：動遷、選擇、拆卸、裝箱、報關、運輸、保險、設站、檢驗、接收、未複工前工人安置，此外還要麵對臨時出現的各種問題。