但就是這樣，經萬水千山而又克服了重重困難，中國工業星夜兼程地向大後方遷移著，為中國的現代工業保留了最寶貴的薪火。但也有很多工廠不願意走，無論怎麼動員，他們就是聽不進去，這些工廠主的想法是：就算日本人來了，他們不也得需要這些工廠嗎？他們就不吃飯，不用商品了啊？
總之，該走的，能走的，都在向著華中和西南大後方轉移，因為日本人已經追過來了。
上海跟南京間的太湖北岸有兩道國防線：第一道是吳福線，第二道是錫澄線。按新上任的軍令部部長徐永昌（接替去山西幫助閻錫山的黃紹竑）和作戰組組長劉斐的想法，上海退下來的軍隊，利用這兩道國防線作有次序的撤退。
軍令部擬訂的撤退計劃是：陳誠的左翼軍殿後，張發奎的右翼軍和中路軍先撤。但操作起來卻有一定的困難，也就是說兵敗如山倒的事情發生了。
在上海苦戰3個月的中國第3戰區的士兵們擁擠在通往後方的公路上，信息不通，指揮混亂，很多士兵找不到長官，隻好各行其是，過完橋就炸橋，也不管後麵還有沒有友軍。天上有日機跟蹤轟炸，地麵上的日軍跟進速度又非常快，往往是中國軍隊撤退到一個陣地後還沒喘口氣，日軍的前哨就已經跟過來了，不得不再一次撤退。
即使有的部隊比較鎮定，想利用這兩道國防線抵抗，但由於他們大多是從別的省份趕過來的，不熟悉江蘇的這兩道國防線，手裏也沒有地形圖。更要命的是：這兩道國防線，主要由碉堡和各種掩體構成，但碉堡的鐵門鑰匙掌握在當地保長手裏，仗一打起來，很多保長就找不到了，拿不到鑰匙，碉堡也就成了廢物。有些碉堡終於打開了，跟日軍一接火發現：碉堡基本上建在了陣地正麵，忽略了側麵，建在正麵的都高出地麵一米多，目標過於醒目，以致一些部隊長認為：這些碉堡在機動性和安全性上還沒散兵壕來得實用。
吳福線和錫澄線終成影子防線。
中國軍隊退一步，日軍進兩步，僅從心理角度上講，這樣的戰鬥已經沒辦法打下去了。尤其是柳川軍團，鬼得很，數路並進，多點迂回，而且時不時地叫日軍化裝成難民，在迂回中進行迂回，搞得民心大亂，比如要地平望鎮還沒失守時，在平望後麵（以西15公裏）的震澤鎮就被日軍便衣隊襲擊了。
在這種態勢下，上海、南京間的重要城市先後淪陷：1937年11月19日蘇州失守，26日無錫再陷，29日日軍開進常州！南京的氣氛，一下子緊張起來。
上海開戰後的第二天，木更津航空隊的20架“九六”式轟炸機從長崎基地起飛，長途奔襲了********的首都南京。從那一天起，南京終於也聞到了戰爭的氣息。在當時，南京被日本視為反日中心。在大街上，到處寫著這樣的標語：破壞抗日活動即是反革命！
上海陷落後，日軍加大了對南京的轟炸。在空襲南京時，刺耳的防空警報不時響起。上海開戰後，中國空軍雖然打得很好，出了不少王牌飛行員，但無奈飛機數量有限，損失一架就少一架，開戰一個月後中國這邊的空軍力量就不行了。此時分散在句容、揚州和筧橋的三個大隊殘餘的飛機已全集中在南京光華門外的大校場機場（此時來了一批蘇聯誌願飛行員）。日機不僅天天來南京轟炸，還開始嘲笑起中國空軍，轟炸完了不立即飛走，而是做起了飛行表演。見此情景，劉粹剛大怒，鑽進2401號戰機，幾個回合下來，在南京上空擊落了新田慎一海軍少佐（鹿屋航空隊飛行隊長）的座機。
上海陷落當日，政府發表了《告南京市民書》，講述當前的緊急局勢，開始疏散南京居民。
此時南京有人口一百萬出頭。疏散工作進展緩慢。陸續離開南京的，除了各政府機關的公務員和家屬外，就是有權或有錢的。他們主要順長江而上撤往武漢。所以下關碼頭天天船來船往。很多南京人想走，但對平民來說，這時候自然是一票難求。其實，直到這時候，不少市民仍不相信日本人會打過來。還有一小部分人的想法是：就算日本人占了南京，又怎麼樣呢，咱還過咱的日子。
說到南京的防禦，實際上早在1934年，政府就搞了“南京防禦計劃”，預想日軍攻擊南京的幾種可能：日艦炮擊南京、空襲南京、海軍特別陸戰隊登陸進攻南京、日軍沿京滬鐵路和京杭公路或沿江北地區進攻南京。防禦計劃裏，從敵情判斷，到所采取的軍事對策，都特別齊全，而且細化到在某個局部需要多少船用跳板和麻繩（甚至連跳板和麻繩的長度都作了規定）。別光看著華北的幾個協定，以為南京那邊滿腦子糨糊，過一天是一天，其實還真不是，什麼最壞的打算，南京政府都想到了。當然，這也再正常不過了，如果一個國家的政府連這些都想不到或者不去想，那也就沒存在的必要了。
同樣從1934年起，南京大規模地開始修建針對日軍的永久性防禦工事。當時抓這事的是南京憲兵司令兼警備司令穀正倫。說到南京防禦，穀正倫是有發言權的，因為當年北伐軍打南京時，穀正倫就是先鋒，在日本陸軍士官學校學炮兵的他，親自放了幾炮，就拿下了雨花台，然後進了南京。有這樣的經曆，穀正倫在主持南京防禦工事時，特別注意雨花台高地的工事。