進中華門後，就是中華路。中華路上聚集著大量市民，街上的情形一片混亂，他們想經中山路、中山北路，出挹江門，到下關渡江。而另一個方向，從中山門，經中山東路，到中山路、中山北路，也聚集著大量市民。
1937年12月13日上午9時，中華路上的南京市民發現：從中華門方向過來一支部隊，這支部隊的士兵身材矮小，戴著鋼盔，端著上了刺刀的步槍，背著行軍包，穿著土黃色軍服，為首的幾個軍官，拎著狹長的戰刀。再近點，看到他們都留著胡子，雖然麵貌跟中國人無異，但舉著的太陽旗卻如血光般刺眼，旗上橫七豎八地寫著一個個簽名。
市民中有人突然喊了一嗓子：日本鬼子！
馬路上的人群頓時失控。
陷落中華門後，負責主攻的第6師團緒方敬誌大隊被調到城外休整，聯隊長長穀川正憲派吉岡賴勝第2大隊、江島虎雄第3大隊率先從中華門殺入南京。
最初進入南京的第6師團的日軍士兵，還是比較緊張的，他們端著槍，每往前推進一步都小心翼翼。他們在大街上東張西望，但很快就肆意妄為起來。
與此同時，第16師團助川聯隊、野田聯隊一部（繞過紫金山從城北沿京滬鐵路）和第6師團竹下聯隊（沿長江從西麵上新河方向）向下關江邊合擊過來，大野聯隊則沿南京城牆開始“掃蕩”。
殺戮最先出現在南京城牆上。
南京陷落後，從中山門到光華門、通濟門陣地上被俘的中國士兵，被大野聯隊（第3大隊第10中隊，中隊長古北光太郎大尉）集體刺殺。
13日南京陷落，我從中山門路過，在中山門的城牆上看到極其恐怖的情景：當時，中國俘虜們在25公尺寬的城牆上被排成一列。在他們麵前，是端著上了刺刀的步槍的日軍士兵。下令後，士兵們齊聲大吼，衝著中國戰俘的胸口或腹部猛刺。那些中國戰俘一個個地被挑落城下，從身體中湧出的鮮血噴向空中……（《東京日日新聞》隨軍記者鈴木二郎回憶）
此時下關情景極為混亂。退下來的士兵和難民的人數還在不斷增加。但依舊沒什麼船隻，這一道長江已成生死線！
逃難的市民們得知日軍已經進城，正往下關殺來，人心大恐，秩序更亂，江邊呈現出一幅末日圖景：哭泣聲、咒罵聲、無望的呼喊聲。南京市民抓住一切可以漂浮的東西跳入冬天的江中，江中人頭點點，更有絕望者直接跳江自盡，以免受到日軍的淩辱和虐殺。
12月13日午後，助川聯隊已追擊到下關江邊，親自率領這個聯隊的是第30旅團長佐佐木到一。
退到江邊的南京市代市長、代憲兵司令、警察廳廳長蕭山令（保定陸軍軍官學校3期，湖南蓋陽人）中將，指揮憲兵部隊在江邊與日軍展開激戰。
南京戰開始前，憲兵司令穀正倫離開南京到武漢治病，蕭山令以參謀長身份升任憲兵副司令，代司令職，後又代任南京市市長和警察廳廳長，率3個憲兵團（羅友勝第2團、陳烈林第10團、周競仁教導第2團）和警察部隊協助衛戍部隊抗擊日軍。光華門危急時，教導第2團曾緊急增援，血戰光華門，寫下憲兵部隊南京保衛戰光輝的一頁。
撤退開始，憲兵部隊也湧向挹江門，但由於城門被沙袋堵塞，大家都出不了城。這時候，教導第2團第3營第9連代連長向斌在緊急中想到：這裏有地道啊！第9連曾擔任過南京城防檢查的任務，所以對這一帶地形很熟，向斌知道挹江門裏的城道附近有條明代時修建的秘密地道。於是，他悄悄地帶著全連士兵摸進地道，從地道出得城去，因為時間早（12日午夜），所以僥幸登上一艘渡輪。
蕭山令中將沒能走脫。
在撤退令下達後，蕭中將布置憲兵3個團的撤退方案，一切安排停當後，作為南京代市長，他又帶人將市政府所有機密檔案燒毀，當趕到下關時已經是12月13日中午！此時助川聯隊已經攻到江邊，蕭山令和憲兵教導第2團團副黃觀濤（黃埔軍校6期，湖南寧鄉）帶身邊的憲兵與日軍死戰，此時江中衝來日軍汽艇，亂行掃射，蕭中將身中數十彈而殉國。在下關之戰中，殉國的還有黃觀濤和掩護總隊撤退的教導總隊第3旅副旅長雷震（黃埔軍校2期，四川蒲江人）。
南京陷落後，下關江邊的一隊中國士兵決定冒死向上遊的上新河方向突圍，12月13日淩晨5點遭遇日軍第6師團竹下聯隊小原重孝第3大隊第11中隊攔截，激戰3小時，斃殺中隊長大園莊藏大尉，但中國士兵也死傷不少，前麵提到的第87師旅長劉啟雄就是在此戰中被俘的。跟陳頤鼎分手後，他本想回城藏起來，但沒能如願，隻好跟著這隊人馬往上新河突圍，至此成為上海、南京戰中中國方麵被俘的最高軍官，後變節。
殘餘的士兵跟隨難民轉奔水西門方向，途中又遭小原重孝大隊主力截殺，被圈在了一個麵粉廠前的廣場。人群中有第156師士兵駱中洋。此時已是13日上午。按駱中洋判斷，幾乎有2萬人被日軍包圍。因為作為士兵，在平時訓練出操列隊，對集中在一起的人數是非常敏感的。