日軍持槍，三麵包圍，當年作為“櫻會”分子之一的小原按刀上前，問中國軍民想怎麼死，是刺殺、砍頭、焚燒，還是槍決？翻譯將其譯成中國話後，人群中一片哭號。這時候，小原的一個部下走到人群前，摸了摸一個青年的頭，衝他招手：你，過來。
那名青年不知所措地剛往前走了幾步，那名日軍軍官猛地反手一刀，將他的腦袋砍飛，血柱直射天空。
人群頓時炸了營。
此人就是小原大隊的第12中隊長田中軍吉，這個鹿兒島人現年32歲，官至大尉，有一把軍刀，名為“助廣”，當他得知第16師團片桐聯隊的兩少尉野田毅、向井敏明搞“百人斬競賽”，殺到南京後“成績”是105比106時，不禁大笑。因為此魔自杭州灣登陸到現在，已連續劈殺300多名中國人。而且，在南京，田中保持著單個日軍屠殺中國軍民的最高紀錄。
小原決定對中國軍民進行刺殺。從前麵開始，每10人一組，開始殺戮。後麵的人群頓時騷動起來，有人試圖奔逃，隨即引來製高點日軍機槍的掃射。混亂中，駱中洋藏進了附近的茅草房，深夜僥幸脫險！
1937年12月13日下午2時，日軍第3艦隊第11戰隊主力進至下關，國崎支隊控製了長江北岸的重鎮浦口；中華門、光華門、中山門上的日軍士兵張開雙臂進行狂呼；在東京本土，百萬東京市民舉著鯉魚燈籠進行大遊行，“祝賀南京陷落”。
這一天，留守在南京的美國人費奇在日記中寫道：“我們在南京曾經度過的那些愉快、平靜而有秩序的時光，我們曾擁有的對未來的美好憧憬，就此結束。”
南京陷落後，城南一度發生巷戰，一些沒逃出南京而又不願當俘虜的中國士兵對日軍進行了阻擊。在13日下午，國府路上甚至有中國守軍的坦克炮擊一隊搜殺而來的日軍。零星的巷戰一直持續到14日。
就在這時候，鬆井石根在蘇州發出“分區掃蕩敗殘兵”的指令。朝香宮鳩彥對上海派遣軍下達的命令則是：“不留戰俘。”這個命令是極端殘忍的長勇起草的。長勇同時還兼著華中方麵軍參謀的職務，所以柳川平助那裏也收到了殺掉全部戰俘的命令。
南京城內的掃蕩，主要由第16師團的助川、野田兩個聯隊負責（後來包括第9師團伊佐聯隊）；城外的掃蕩主要由第9師團主力負責。由於受阻光華門，第9師團的報複性行動十分殘酷。僅12月14日一天，光華門外，該師團伊佐一男第7聯隊下屬的一個不到180人的中隊（第3大隊第11中隊，中隊長中野壽一大尉），就分批刺殺了1700名中國戰俘。在《金澤第9師團作戰史》中更有這樣的記載：“師團以右翼聯隊（伊佐聯隊）為主力，在城內進行掃蕩，殲滅敗殘兵7000多名。”而且，伊佐聯隊曾第一個闖入“安全區”捕捉中國“便衣兵”。
末鬆茂治第114師團則在雨花台刺殺了1300多名中國戰俘。
漢西門外，第6師團則屠殺了7000多名中國戰俘、警察和平民。
在郊區的麒麟門，第16師團片桐護郎的聯隊屠殺了4000多名中國戰俘。日軍用機槍把中國戰俘和平民環圍起來，逼迫他們將炮彈炸開的坑繼續挖大，有人意欲逃跑，當即被射殺。後來，日軍的工兵隊也加入挖坑的行列。幾個大坑被挖好了，活埋開始了：中國戰俘和平民被驅趕到坑裏，日軍開始填土，很多人身子被埋到一半，就已氣絕身亡；有的埋到脖子時，人的麵部已變成紫紅色的，嘴裏和眼裏淌出鮮血。活埋後，日軍士兵開始圍著圈跑步，把土踩實，在有關南京夢魘的電影紀錄片中可以看到這個鏡頭。
第16師團大野聯隊第4中隊的中隊長阪清，和四方藤造同時登上中山門。他有一幅渾身掛彩的照片，曾被登在東京的報紙上。但由於四方被地雷炸死，阪清就成了第一個登上中山門的日軍。南京陷落後，他一瘸一拐地指揮自己的中隊，在玄武門外射殺了300多名中國戰俘，由於射殺時距離不到50米，所以血肉橫飛，場麵殘酷至極。為了對比日本“三八”步槍和中國“中正”步槍的性能，這名中隊長叫30名中國戰俘縱行排成兩隊，日軍士兵分別抵住每隊最後一人的後背，然後同時扣動扳機，於是兩隊人倒下去，實驗結果是：“三八”步槍洞穿12人，“中正”步槍洞穿14人。
日軍之屠殺，開始變為遊戲。
第16師團野田聯隊在太平門外屠殺了1300名以上的戰俘，其中800多人被活埋，500多人被焚燒而死。該聯隊士兵大澤一男記述如下：
敗兵被集中起來，用鐵絲網圍在城牆一角。城內的防空壕也擠滿了人。我們拿來汽油，從城牆上向敗兵的頭上澆去。中國人似乎都死心了，一動不動……（鬆岡環：《南京戰：尋找被封閉的記憶》）
到了12月15日、16日，日軍的暴行更甚：
水西門外，第6師團岡本鎮臣聯隊屠殺了2000多名中國戰俘。
在漢中門外和煤炭港，第16師團將在司法院難民區搜捕到的南京警察、平民5000多人一同射殺。