前麵說了，在城外幕府山下，山田支隊俘虜了14，777名中國士兵。這些士兵是被兩角聯隊第1大隊（大隊長田山芳雄）的135名士兵捕獲的。說起來令人不可思議。山田支隊共俘虜了23，000多名戰俘，15日、16日屠殺了10，000多人，還剩下13，000多人，最後被圍殺於上元門外的大灣子。
12月18日，長江邊的草鞋峽發生了整個南京大屠殺期間最大的一起暴行，57，000多名中國戰俘和平民遇難。
草鞋峽大屠殺是經過精心策劃的。實施這次屠殺的依舊是山田支隊。該支隊在南京陷落後一直沒進城，就駐守在江邊，負責“處刑”。按該支隊分隊長栗原利一回憶：他們整個部隊在南京一共“處決”了70，000多名中國人。這個數字跟魚雷營兩次屠殺（10，000多人）、大灣子屠殺（13，000多人）、草鞋峽屠殺（57，000多人）的總數基本上是相符合的。魚雷營的兩次屠殺和大灣子的屠殺，死難者基本上為中國戰俘。而草鞋峽屠殺，除了一部分戰俘外，還有大量南京平民。
中國軍民被反綁了雙手，然後被勒令排成四隊，向江邊走去。長江浩浩蕩蕩，望不到邊。當他們到達江邊時已是夜間。草鞋峽冷風吹麵，早已經埋伏好的日軍的機槍響了。在瘋狂的掃射中，中國軍民血花飛濺，一片片倒下。
多少年後仍無法想象，57，000餘人一次性被屠殺的場麵是怎麼樣的。南京，已是活地獄。
屠殺中，日軍使用了6挺重機槍。日軍的重機槍有70多公斤重，一次可以發射800發子彈，每打完1600發子彈後，槍管就會變得通紅，必須更換新的。由於這個特點，在作戰時，日軍一般在打完子彈後，就會拋下重機槍撤到後麵取子彈，然後再帶著子彈回來重新戰鬥。在這次屠殺中，三個日軍負責一挺機槍，兩人輪流射擊，一人負責裝輸子彈。在這場超級殺戮中，可以想象日軍更換了多少重機槍的槍管。
山田支隊以來自會津若鬆的步兵第65聯隊為主體，聯隊長為兩角業作大佐。該聯隊有4個機關槍中隊，至於當時的大掃射由哪個或哪幾個中隊執行，已不得而知。但在這裏可以把這4個中隊中隊長的名字列出：寶田長次郎中尉、片岡俊郎中尉、三木正明中尉、針岡壽大尉。
伴隨屠殺而來的是大規模的強奸。
用日本隨軍記者的話，在南京的日軍，不強奸的，幾乎沒有。在金陵大學的操場上，17個日軍****一個中國少女。在另一個地點，一戶人家不滿10歲的女童和她的母親以及70多歲的祖母同時遭到日軍****。這樣的例子，在南京司空見慣。拉貝認為，南京浩劫期間，日軍至少強奸了2萬名婦女。拉貝這一數字還是比較保守的，最高可能達到8萬人。
其中，天野鄉三和他的中隊在南京的暴行最有代表性，此人時任中島第16師團野田第33聯隊第2大隊第8中隊長，雖然是個中尉，但由於上過陸軍大學，而且南京戰後，所在中隊又當了上海派遣軍司令官朝香宮親王的親兵，所以在軍中表現十分之驕橫。此人多次親自帶士兵進行強奸，曾對部下說：“在南京，搶劫、強奸、殺人，你們想幹什麼都行。”
南京又成了搶劫者的樂園。
對搶劫，日軍是避而不談的，他們用了另一個詞：“征發”。一路上，由村至鎮，由鎮至縣，由縣至城，由小城至大城，日軍都有一種破壞狂的心理，衝進住宅和機關後，拿不走的東西，就摔在地上，再用腳亂踩。到了南京，這裏是九朝古都，曆史文化悠久，珍寶典籍無數，雖然南京陷落前中國方麵有組織地向大後方轉移了一大部分財產，但還有不少財產無法或來不及運走。日軍入城後，大掠奪開始，在南京，沒有空著手的日軍，無數住宅、商店、機關和其他場所被洗劫一空。陷城後，日軍搶掠了大量珍貴文物。為使洗劫更具有針對性，日本專門派出典籍、古物專家和特別行動隊，有計劃地對中國的名貴文物進行掠奪。
1937年的南京之冬，白日寒風慘慘，大街上到處是廢墟和魔鬼般遊蕩的日軍士兵；晚上，由於供電係統遭到破壞，殘存的市民更不敢點燈招來日軍，使往昔繁華的古都猶如黑暗的地獄死城。陷城初期，在南京活動的媒體人士，除日本隨軍記者外，還有少數美國和英國的記者，其中包括《紐約時報》的狄丁、《芝加哥每日新聞》的斯蒂爾、美聯社的麥克丹尼爾、路透社的史密斯以及攝影師門肯。12月17日之前，他們陸續離開南京，前往上海。離開南京時，他們目睹了江邊的屠殺：一邊是跪在地上等待被處決的中國人，一邊是嬉笑的日本人。正如麥克丹尼爾所說的那樣：“我對南京最後的印象是，死亡的中國人！死亡的中國人！死亡的中國人！”
美國傳教士麥卡倫當時留守南京，他在寄給家人的信中這樣寫道：
這是一段令人極端恐怖的事，我不知道從哪裏說起，也不知道在哪裏結束。