拉貝終於意識到事情不像他想象的那麼簡單。
費奇則痛苦地寫道：
現在一切很清楚，他們（日軍）將要做什麼。這些人（中國戰俘和平民）排列成行，都被繩索捆綁，約一百人一組，由手持刺刀的日本兵監視；戴帽子的人，帽子被粗暴地扯下扔在地上，憑借汽車前燈的亮光，我們看見他們正走向死亡。整個隊伍不聞一聲，我們心情沉重。那四個跋山涉水來自廣東、昨天勉強把武器交給我的士兵也在其中嗎？還有那個來自北方、滿身繃帶的中士，那個在決定自己命運時用渾濁的眼光盯著我看的人也在裏麵嗎？
日軍的暴行讓安全區國際委員會的委員日夜難安，他們每天都向日本大使館和日本軍司令部進行抗議，要求日軍停止屠殺。上海總領事岡崎勝男、南京代理總領事福井淳以及大使館工作人員福田篤泰等人一度答應向日本軍司令部轉達安全區委員們的意見，但不見效果。福井淳告訴他們，已有一支憲兵部隊在維持南京的秩序了。當詢問這支憲兵部隊的人數時，日本人告訴委員們：17名。
17名憲兵維持湧進城中超過5萬名已喪失軍紀的士兵，這一切看起來多麼荒唐。
南京的25個收留所已聚集大批難民，進入金陵大學的人最多，接近3萬。其次是金陵女子文理學院，這裏和金陵大學宿舍難民所一樣，以收留婦女和兒童為主。該學院的校長已在12月初隨政府機關西撤，留下教導處主任魏特琳女士任代校長。12月初，美國大使館通知魏特琳希望她離開南京，但被這位堅強、勇敢而善良的美國女士拒絕。
由於金陵女子文理學院的難民以婦女為主，所以也就成為日軍頻頻騷擾的地方。魏特琳在學院的門口插上美國國旗，但被日軍扯下來丟在地上。在白天，日軍用卡車把這裏的漂亮女生帶走，有的轉天送回來，有的一去無消息。晚上，更多的日軍散兵，或單獨，或三五成群地翻過院牆，進入難民所強奸婦女。
為了保護中國婦女不受日軍的傷害，魏特琳和委員們作了不懈的努力。費奇、米爾斯和史密斯專程來到金陵女子文理學院值夜班，徹夜地守在樓門口；貝茨則負責金陵大學的值班；麥卡倫負責鼓樓醫院的值班；拉貝甚至把自己的住所騰出來，收留了600多名婦女、兒童和老人，並一次次轟跑日軍。
1937年12月的南京，無論是中國難民還是外國友人，都度日如年。
從日本國內來的各種“慰問團”一個接一個抵達南京，其中包括由東京12所學校組成的“學生慰問團”。永富浩喜等日本學生一到南京，就被邀請去“參觀”。先是開來一輛卡車，車上裝了8名中國戰俘，一名日本少尉軍官提著刀，讓東京來的學生上車，隨後軍官帶著4個士兵也上了車，卡車出城開往下關江邊。在車上，日軍士兵叫中國戰俘坐下，然後拿鋼盔猛擊他們的腦袋，把東京來的學生嚇得夠嗆，那個少尉軍官則哈哈大笑，說：一會兒你們開開眼界！
下車後，是江邊的一塊空地，少尉軍官對東京的學生們說：現在，你們可以按自己喜歡的方式隨意處置這些中國人。
開始的時候，東京的學生們有點怕，但後來就開始肆無忌憚，他們當中的一些人是學柔道和空手道的，於是衝過去對中國戰俘拳打腳踢，反複地摔著。
少尉軍官走到一個戰俘背後，對學生說：看！隨後抽出軍刀，猛地砍向戰俘的脖子。
南京浩劫的深處，包含著日本士兵對中國人的極度輕蔑，這種輕蔑自1894年以後在日本人的心中迅速彌漫，在1937年的南京被最大限度地釋放出來。日軍的主要殺人方式包括：斬殺、射殺、刺殺、活埋、焚燒……當然不止這些，當把殺人變成一種娛樂時，各種花樣便出現了，比如用鐵鉤子將中國人的舌頭鉤出，然後拉著奔跑；比如用刀將中國人的耳朵削下串在一起，這樣的例子不勝枚舉。
很多日軍在單個殺戮時，其隨心所欲的程度令人發指，具有一種“突然性”。藤原審爾回憶：他們幾個日軍士兵和一個為他們挑行李的中國農民在火堆旁烤火取暖，烤著烤著，一個叫川忝的士兵大叫一聲：“我要幹啦！”隨後，這個士兵一把抱起那個中國農民，扔進火裏。
當時的日軍對一個中國生命的消失，根本不當一回事。在殺戮中，他們心頭不曾有一絲驚悸；相反，體驗到了快感，再到後來，他們進行的殘忍殺戮，甚至隻是出於“無聊”，日軍士兵田所耕三（第114師團）記錄：
為了使俘虜有所畏懼，（我們）把他們的耳朵削下來；或把鼻子砍掉；或用刺刀****他們的口腔，順勢把嘴切開；或是在眼簾下橫著****一刀，白眼球就像魚眼一樣黏糊糊地垂下來，足有五寸。從登陸以來，好久好久才有這點消遣，這些玩意兒都不幹的話還有什麼樂趣呢？
殘暴就這樣像瘟疫一樣在1937年冬天的南京蔓延著。