誰下給第10軍司令部的呢？
再看看上海派遣軍的屠殺令。該軍下屬的第16師團士兵澤田正久回憶：“（在南京戰中我所在的部隊）俘虜了1萬多名中國兵，遂報告軍司令官，司令部命令立刻予以槍決。”在這裏，提到了上海派遣軍司令部的命令。師團長中島今朝吾在陣中日記（1937年12月13日）中則說：“因為采取了大體不留俘虜的方針，故決定全部處理之。據知，僅佐佐木旅團就處理掉約15，000人，守備太平門的一名中隊長處理掉1300人，現集中在仙鶴門附近的中國兵約有7000到8000人，不過，要處理這七八千人，必須有相當大的壕溝……”
山田支隊在烏龍山、幕府山周圍俘虜了數以萬計的中國士兵。山田栴二曾向上作過“請示”，得到的答複是：“按軍司令部的責任去幹。”“責任”指的是什麼？顯然是按照命令去屠殺。
命令最初是從哪下的呢？
長勇。長勇是上海派遣軍情報主任參謀，同時還兼著華中方麵軍的參謀。向第10軍下達屠殺命令，用的是他後一個角色。向上海派遣軍下達命令，用的是前一個角色。長勇後來在日本駐朝鮮軍中做聯隊長，曾跟田中隆吉有一次對話，稱自己以司令部的名義將“不留戰俘”的命令下達到了各部隊。
作為“櫻會”二號人物長勇，是最激進的昭和軍閥之一，在殘忍暴躁上甚至超過他的老大橋本欣五郎。這個福岡縣人跟挑起七七事變的一木清直是同學，1944年任駐衝繩第32軍參謀長，戰敗後與軍司令官牛島滿一起自殺。
提到長勇的，還有鬆井石根的副官角良晴，他在《七生賦》中這樣記載：當時下關聚集了13萬中國軍人和平民，欲渡江而無船。
第6師團的人詢問如何處理，長勇回答：攻擊。
按角良晴的說法，當時他將此事稟告鬆井，隨後有這樣的對話：
鬆井：13萬中國人，都殺了不好吧，隨他們去吧。
長勇：裏麵可能有敗殘兵。
鬆井：也許有吧，但放了他們，可避免我軍軍紀太過混亂吧。
長勇：是。
但當第6師團再次詢問如何處理時，長勇依舊說：攻擊。
角良晴作為鬆井的副官，在對話的記錄中，有意為主人開脫罪名（當時鬆井應在蘇州或上海），但卻從側麵記述了長勇之殘酷。而且，這個事件並非角良晴單方麵記載，在日本貴族院慰問團團長德川義親那裏也有類似的記載，按德川的描述，麵對軍民夾雜的人群，日軍機槍手“有些猶豫”，但長勇抽刀親自把機槍手砍了，又換了別的機槍手。這個描述雖然誇張，但有一點是肯定的，那就是：多個人在回憶中都提到長勇。而且，長勇自己也承認命令是他下達的。
當然，長勇之外，朝香宮鳩彥、柳川平助、塚田攻、飯沼守、武藤章、田邊盛武等人對屠殺令的發出也有著不可推卸的責任。而華中方麵軍司令官鬆井石根，應負總體上的責任。
進入南京後，鬆井也確實對不執行整肅軍紀命令的中島今朝吾、武藤章等人進行了“訓斥”，並專門召開會議說軍紀問題。
會議上，鬆井說：這所有的努力，就因為這暴行，一切都完了。
鬆井說完後，被召集起來的中島今朝吾、穀壽夫等人都笑了。中島還說：那是應該做的。
但無論鬆井在當時的日記中對發生的事情感到“失望”，還是戰後受審時流露出的“懺悔”，都無以挽回1937年冬天南京的慘烈場麵。作為當時的一軍最高統帥，鬆井不能約束自己的部下，他罪責難逃。
可以得出如下的結論：
鬆井石根應為南京大屠殺在總體上負責；
朝香宮鳩彥、柳川平助、長勇，則是南京大屠殺最高責任人，即下命令者；
塚田攻、武藤章、飯沼守、田邊盛武等參謀則推波助瀾；
中島今朝吾、穀壽夫、山田栴二、吉住良輔、末鬆茂治、草場辰巳、佐佐木到一以及諸多聯隊長是南京大屠殺的直接責任人。
在大屠殺中，哪支日軍部隊暴行最重？
幾乎所有的文章都習慣這樣入筆：“在鬆井石根和穀壽夫的指揮下，日軍開始了長達6周的大屠殺。”當時，之所以這樣定義第6師團，是因為該師團是第一個殺入南京城的，而且它的師團長穀壽夫在戰後於南京接受了審判並被執行槍決，為人們所熟知，所以給很多中國人留下第6師團是南京大屠殺首犯，甚至是唯一施暴部隊的印象。
第6師團罪行罄竹難書，自不必說。在大屠殺中，下關江邊是第一大屠場，第6師團駐紮的雨花台、中華門排在第二的位置上，從南京陷落到12月21日第6師團開向蕪湖，在這八九天裏，每天都有中國戰俘和平民被帶到這裏屠殺。
但第6師團並不是南京大屠殺中殘殺中國軍民最多的日軍師團，殘殺中國軍民最多的師團是中島今朝吾的京都第16師團。
因為這個師團是南京警備部隊，駐紮南京時間最長，12月21日以後的暴行，都可以計在第16師團的名下。這些暴行加上21日以前該師團的暴行，就可以判定，在整個南京大屠殺期間，這支來自京都的部隊屠殺中國軍民最多，這個數字有可能超過10萬人。