1945年戰爭結束後不久，中島得病而亡，僥幸躲過了審判。當時，在南京，中島對部下的屠殺所持的態度，不是默許而是鼓勵。中島甚至對前來“整肅軍紀”的東京來人（陸軍參謀本部情報部部長本間雅晴）說：“中國人算什麼？有多少殺多少。”
中島的殘暴一度讓東京“感到為難”，擔心這樣下去會影響“皇軍的形象”，指出“中島君所部的行為，有失人道”（陸軍省要員阿南惟幾語）。
鬆井石根在日記中也寫道：“（暴行）果然是第16師團長以來的表現引起的。”
對很多南京大屠殺的幸存者而言，日軍給他們留下三個深刻印象：個子矮、都留著長長的胡子——中島部隊。
除第16師團和第6師團外，山田支隊的屠殺也非常凶暴。在過去，該支隊在南京的行為一直被忽略。山田支隊在南京陷落後一直駐紮在江邊的上元門一帶，實施了大屠殺期間最大的一起暴行，即草鞋峽大屠殺。在這次屠殺中，中國軍民共計57，000多人遇難（以平民為主）。加之在大灣子和魚雷營的屠殺（以戰俘為主），遇難於山田支隊槍口下的中國軍民至少有8萬人（該支隊士兵稱超過7萬人）！這一數字排在中島今朝吾第16師團之後，排在穀壽夫第6師團之前。
南京陷落後不久，鬆井石根、柳川平助和朝香宮鳩彥，被昭和天皇召見，賜予三人以鑲有皇室菊花的銀瓶；對穀壽夫、中島今朝吾、草場辰巳、佐佐木到一、牛島滿五人，則進行了嘉獎。
當然，南京浩劫還有隱秘的內因。
1937年身在南京的日軍士兵，在屠殺時沒有什麼負罪感。他們在國內時，都是平常得不能再平常的年輕人，可踏上中國土地後，這一切都變了。
關於日本的民族性格，最矛盾的一點是優越感與自卑感並存，也就是所謂的畏強淩弱。回顧曆史，日本在20世紀的盟友相繼是英國、德國和美國。日本人對作為強者的西方人懷有自卑感，對多年來被他們連續戰勝的中國心存不屑。
日本人對中國人的輕視，直接表現在以殺人為娛樂、以殺人為遊戲、以殺人為比賽上。但對待歐洲人和美國人，他們就是另一張麵孔了。在安全區內，幾個日軍正在屋裏****中國婦女，被拉貝看到，他朝那些日軍揮動著德國國旗。日軍看到後，麵色驚慌地說：“啊，德意誌！德意誌！”說完，扔下中國婦女，灰溜溜地跑了。費奇把在一寓所裏將強奸婦女的日軍轟走後說：“看到這些‘勇敢’的士兵在我們的驅趕下竟翻越裝有倒刺的圍欄而逃，我們隻有嗤之以鼻。”1937年的南京，在日軍的刺刀下，中國人人人自危，西方人雖然天天往返於日軍麵前，但沒一個人受到傷害。後來，馬吉牧師這樣回憶道：“我們都感到意外，我們竟無一人被殺。”
日本700年武士爭鬥史，使他們養成一種複仇文化。1937年，日軍在上海傷亡慘重，向南京追擊途中，沒後勤保障的行軍令士兵們“苦不堪言”，而且又遇到中國軍隊的步步抵抗，終於兵臨南京城，第9師團首戰遇阻光華門，凡此種種，使日軍在陷城後產生了報複心理。第16師團第30旅團長佐佐木到一在回憶時說：
（掃蕩暫時結束）俘虜接連不斷地前來投降，達數千人。態度激昂的士兵毫不聽從上級軍官的阻攔，對他們一個個地加以殺戮。回顧許多戰友的流血和10天時間的艱難困苦，即使他們不是士兵，也想說：都幹掉！
鬆岡環女士在《南京戰：尋找被封閉的記憶》中實錄了很多日本士兵的回憶，其中第16師團第33聯隊士兵吉川定國這樣說：
有幾百個中國俘虜被集中在一起，望著俘虜，我產生了憤怒的情緒，認為我們之所以這樣辛苦，都是因為你們的緣故！於是，我們把俘虜一個個地刺死。
士兵三本木一平說得更為直接：
看到自己的戰友和同一個村的人戰死，便懷恨在心，覺得（在南京）殺死中國人是理所當然的事情。
日本的島國環境，讓他們養成在毀滅和殘忍中發現“美”的習慣。在日本的文化中，殘忍不是作為被憎恨的對象存在的，而是作為一種審美標準存在的。最極端的例子是日本人切腹時追求的那種精致和程序。具體到軍隊，便形成以殘忍為核心的集體要求：對自己殘忍，表現在平時的訓練中，如用冷水澆身、互相抽耳光、以木劍刺殺、大雪中站立、烈日下暴曬；對他人殘忍，這自不必說，在1937年的南京已被日軍發揮到頂點。如果說德國人在奧斯維辛對猶太人的屠殺充滿了“工業味道”，隻是把一批批人趕進毒氣室，那麼日本人在南京的屠殺方式就複雜得多了，他們花樣百出，讓中國人在死之前得到肉體上最大的痛苦。山田支隊的士兵在“處理”一批中國戰俘時發生了衝突，有的士兵希望用刺刀刺，有的士兵則建議用機槍掃射，有的士兵則認為砍頭更“過癮”。在一陣吵嚷後，最後終成協議：分批采用不同方式處置，結果日軍“皆大歡喜”。