諸葛亮向以賞罰嚴明著稱，可是他也區別對象，並不是對誰都嚴格要求。像對劉備的鐵哥們兒關羽，就格外遷就姑息，使他愈加驕傲自大，把誰也不放在眼裏。馬超歸漢之後位列“五虎上將”，關羽很不服氣，寫信給諸葛亮，問馬超“人才可誰類比？”對於這種不利於團結的言行，諸葛亮不僅不加批評教育，反而無原則奉承關羽，說馬超“當與翼德（張飛）並驅爭先，猶未及髯（關羽）之絕倫逸群也！”關羽得了這頂高帽，愈加目中無人，大意失了荊州，造成千古之恨。
還有，諸葛亮無視部屬之間的矛盾，明知有礙工作也不管不問。最明顯的要算魏延、楊儀這對搭檔。他倆一文一武，才能都很出眾，可是兩人互不買賬，鬧得不可開交。對此，連東吳的孫權都看得很清楚，預言他倆相處日久必為禍亂。諸葛亮對此睜一隻眼，閉一隻眼，既不加以調解，又不批評教育。在他死後，楊、魏二人終於火並，魏延被人冤殺，並夷滅三族，楊儀也遭流放。這種自相殘殺，比打敗仗還要可怕。
關於諸葛亮的敗績及其原因，在學術界引起了爭議。有人認為盡管這些敗績是難以否定的曆史事實，但要放到當時的客觀環境下進行具體分析，諸葛亮是人不是神，要充分考慮各方麵的因素，力求作出比較公正的評價。
關於對局勢把握的問題。《隆中對》是千古奇策，不論前期後期都沒大的問題。三國初期的益州是大有用武之地，荊州是進軍基地，兩者地位如同鳥之雙翼，車之兩輪，缺一不可，諸葛亮並未主觀地顛倒輕重次序。對策中關於主力出秦川、偏師出宛洛的鉗形攻勢，是基於荊、益二州的實際情況作出的決策，但是劉備沒有很好地落實這一戰略方針，加之關羽發生的重大失誤，導致《隆中對》後期難以實行。把諸葛亮的整個戰略方針放到三國時期特有的戰爭環境中考察，是蜀漢統一天下所能采取的最佳方案，隻是由於在具體環節（如失荊州、失街亭等）上出現了差失，才使整個形勢發生逆轉，但不能因此說成是戰略方麵的錯誤。同時，諸葛亮對於形勢的把握和判斷也無可指責。對形勢判斷錯誤並因感情用事導致慘重失敗的是劉備（如東征之役）。諸葛亮屢屢北伐，是為了完成先主之托，且有成功希望，對形勢的分析判斷是有分寸的。
關於過於謹慎小心，不用奇謀妙計之失。諸葛亮確實事事小心謹慎，從本身原因來說是性格使然。從客觀上說，蜀漢國小民少，兵員有限，經不起大的損失，諸葛亮不能不謹慎行事。他不用魏延提出的“子午穀奇謀”，是認為此計太“懸危”了。在此之前，曾發生過孟達掉以輕心而被司馬懿所擒之事，使諸葛亮好不容易進行的策反工作付之東流。魏延提出的設想，“懸危”處是過低估計了對手，若是夏侯閉城拒戰、以逸待勞，蜀軍則必敗無疑。諸葛亮明白自己的實力，清楚後勤保障情況，在沒有絕對把握的情況下決不冒險。再說，“子午穀奇謀”效果究竟如何，沒有經過實踐檢驗，後人多是分析評論而已。不能以為可以僥幸成功，就埋怨諸葛亮過於謹慎小心，或指責他“奇謀為短”。相反，惜兵慎戰，不打無把握之仗，正是諸葛亮作為政治家、軍事家的難能可貴之處。
關於選賢任能之誤，不善於使用人才問題。諸葛亮執政時期同劉備在世時相比，確實是人才較少，英才尤其少，這是不爭的事實。這不是諸葛亮選賢任能有誤，也並非他不善於使用人才，主要是與他用人的指導思想有關。劉備去世之後，諸葛亮侍候的是懦弱無能的劉禪，一方麵他自己以“相父”的身份小心輔佐，另一方麵他怕有才能的人不忠於平庸的劉禪，必須防止在他百年之後有人篡權奪位。所以他在用人方麵的主觀傾向是寧用奴才，不用人才；多用文士，少用武將；重德有餘，用才不足。像劉備的養子劉封，“有武藝，氣力過人”，是個可以統攬全局的人物。因為他瞧不起劉禪，難免做點出格的事情。“諸葛亮慮封剛猛，易世之後終難製禦，勸先主因此除之。”殺了劉封，劉備痛哭流涕，可是為劉禪除了一大禍患。諸葛亮的敗仗雖然與人才不足有關，但也有另外好處，終劉禪之世，蜀漢沒有出過篡逆之人。平庸無能的阿鬥，卻能安坐天下，這不能不說得益於諸葛亮的算計。隻要穩住大局，打幾個敗仗又算什麼？
還有人批評諸葛亮自以為高明，聽不進不同意見，這也是站不住腳的。為了廣泛聽取部下意見和建議，諸葛亮特意設了“參署”機構。他說：參署的作用就是“集眾思廣忠益”，有了問題，要反複討論，以求得正確的決策或結論，這就好比丟掉破草鞋而撿了珍寶，何樂而不為？成語“集思廣益”就是從這裏來的。同時，有了過失，諸葛亮也能主動承擔責任。如街亭之失以後，在總結教訓時他提出：“自今已後，諸有忠慮於國，但勤攻吾之闕。”希望大家經常指出他的缺點錯誤，以便吸收眾人的忠慮良策。打敗仗有多種原因，不能說諸葛亮聽不得不同意見。
這些觀點和看法有其一定道理，既不是為諸葛亮的敗績開脫，也指出了他存在的一些問題。評價諸葛亮的軍事才能，也和評價他別的方麵一樣，一定要實事求是，還其曆史本來麵目。擺一擺諸葛亮的這些敗績，並不損害他的智者形象，是把他由神變為正常的人。諸葛亮有這麼多敗績，為什麼難以察覺，反而認為他是用兵如神的常勝將軍呢？這與羅貫中的那支生花妙筆很有關係。他在《三國演義》中寫諸葛亮六出祁山，實寫一次次具體戰鬥的勝利，詳寫無比高明的預見，細寫調兵遣將的過程，活寫對手的虛弱狼狽。而對於每次戰爭的結局，則是一筆帶過。就是諸葛亮的失敗，也寫得令人欽佩。或演“空城計”，化險為夷；或增灶設疑，敗中取勝；或突然撤退，神鬼莫測。這種有詳有略、有虛有實的春秋筆法，掩蓋了諸葛亮的一次次敗績，於是一個完美無缺的近乎神仙的諸葛亮就這樣一代一代傳下來了。