周敦頤對於易學特別是道教的易學理論有深入的研究。在道教所傳的易圖中，有一《太極先天之圖》，次序是自下而上，指示成丹的方法。周敦頤從道士手中接過此圖，改稱《太極圖》，次序為自上而下，展示太極衍生陰陽五行以及萬物人類的過程。作《太極圖說》來說明其中道理，又作《易說》、《通書》加以發揮。反對他的人以為，周抄襲道教文獻，道理也說不通，有損儒家聲譽。朱熹等擁護他的人則認為，圖與圖說道理深刻，是前所未有的，地位可以排到孔孟之間。現在來看，周的學說雖然帶有明顯的道教痕跡，與後來的理學著作相比顯得不夠成熟，但是它創造性地將儒學思想與經過改造的道教思想結合起來，構築了新的理論框架，改變了人們的思維方式。
朱熹等理學家在評價周敦頤的貢獻時指出，他用理學的道理統一了天、人，批判了佛老與俗學兩種錯誤的人生道路與價值取向，高揚了儒家精神。佛、道二教中人，很注意求天道和修身養性，但是對於齊家治國平天下，忠君孝親，仁義禮樂完全沒有興趣，修養的目的是得到解脫或長生久視。所謂俗學是俗人的原則，他們追求事功以及物欲享樂，齊家治國平天下對於他們來說隻是達到功利目的的手段，他們根本不求天道也不進行身心的修養。在周敦頤看來，這兩種人有一個共同的特點，即是將天道與人事，修養與治國，內聖與外王分為兩截。世俗的一套是自私自利的，汙濁的；佛道看起來高雅，實質也還是自私自利。所以如此的原因，在於人們千百年來受佛道和功利思想的影響，拋棄了儒家聖人的教導，走上人生的歧途。要改變這種情況，使人人向善，使國家大治，就要恢複儒家的地位，重建儒學理論。新的儒學理論是與佛道、俗學都不同的，貫穿天人，既教人修養，又教人治國平天下的聖人之學，這就是理學。一方麵，它要追求天道，追求人的身心修養，成為“內聖”；另一方麵，它還要講究治國平天下，實現“外王”。它的修養是與治國平天下相聯係的修養，它的治平是在修養指導下的治平。因此，這個學說真正避免了佛道與俗學兩方麵的片麵性，是內聖與外王的完美結合。這是整個理學的精神，周敦頤的功績就在於首先揭示了這個精神。
雖然天理就在人心，但人並不是生來就知道什麼是天理，什麼不是天理。朱熹認為要想認識天理，必須依照《大學》的教導格物、致知。他說，天地萬物都有理，所謂格物就是即物而窮理，針對一事一物講明、探索其中包含的天理。人心都有知(這裏的知是指對儒家倫理的了解)，但這知開頭總是片麵的、膚淺的，要想把這一點知擴展開去(致知)，必須借助於格物。今日格一物，明日格一物，積累到一定程度，就會豁然貫通，“眾物之表裏精粗無不到，而吾心之全體大用無不明矣”(《大學章句》)。他的知雖不從格物來，但格物可以對致知起啟發和輔助作用，這種對格物的肯定，多少有利於自然科學的研究，清末人們把自然科學稱為格致，與他是有關係的。另外，朱氏所謂豁然貫通並非感性認識向理性認識的飛躍，乃是一種對於本體——理或性的神秘頓悟。朱熹生前由於政治的原因，他的學說曾被朝廷稱作偽學，一度受到壓製打擊。但他死後不久情況就根本改觀了。北宋以來，《大學》、《中庸》、、《孟子》的地位逐漸提高，經朱熹表彰，影響更大，編為四書，重要性幾乎超過五經。朱熹的《四書集注》從元代到清代，一直是士人的必修教科書，科舉考試的標準答案，反對它會遭到嚴厲的懲罰。一種學說處在這樣的特殊地位，不可避免地要走向僵化，明代以後朱子學正好走了這條路。
在鬥爭中，三教逐漸實現了融合。佛教本不敬王者，不盡孝道，但在中國封建宗法君主專製國度，這些是行不通的，於是它改變態度，向儒家三綱五常靠攏，申明自己忠君尊王，維護世俗政權；宣傳佛徒須遵行孝道，唐代高僧宗密把孝說成貫通古今儒釋的根本大道；並且盡量把儒佛兩家道德觀相比附，如以慈悲與仁道相比附，以佛家戒律與儒家德目相比附等等。道教一方麵繼續效忠王權，依傍儒家，同時吸收佛教的宗教理論、儀式、製度來充實自己的理論，改進自己的儀式、製度等等。從儒家方麵說，也有越來越多的人對佛、道采取寬容態度，認為都是傳統文化的一部分，佛道也都是勸善化俗之道，有輔助政教之功。另外也有人看到佛教哲學理論高深豐富而予以肯定。因此三教殊途同歸論，三教同源論也應運而生了。
魏晉時代，儒道兩大思潮繼續融合，產生了中國哲學史上的一朵奇葩——玄學。漢代哲學講宇宙論，談天地萬物、人類社會如何產生。玄學則不同，它改變思路講本體論，說明萬物存在依賴於跟它們完全不同的本體。萬物是現象，它們是相對的、暫時的，不能自存，它們是由於有絕對的永恒的本體才能存在。現象是由本體決定的，它們之間是本末關係。那麼本體究竟是什麼呢？玄學家王弼認為，本體具有現象的全部規定性，但又不能說它具有任何具體的規定性，它是無形無名的，因而可以稱本體為無。他主張天地萬物以無為本，他的理論被稱為貴無論。在哲學領域，貴無論要解決的不僅是末依賴於本，而且是本決定末。王弼認為從地位上說，要“崇本息末”(把末看作被決定的、第二性的東西)；從功用上說，要“崇本舉末”(抓住一本而統禦、運用眾末)。在社會政治領域，貴無論要解決的是自然與名教的關係問題。所謂自然是道家理想的原始狀態，名教即儒家政治倫理、三綱五常。王弼認為，自然是本，名教是末，自然狀態結束，必然產生長官治理民眾的局麵，而有尊卑之名。另一方麵，名教雖然必要，但不能過分強調，還應盡量體現自然的精神，否則便失了“治之母”，形成嚴重的對立和爭奪。王弼本體論哲學在中國哲學史上占有重要地位，它引導人們透過現象進入本質，通過雜多把握世界的統一性。這是漢代宇宙生成論哲學包括董仲舒和王充的哲學，無法與之比擬的。但是王弼本體論又有重要缺陷，由於他把本體規定為無，就使它和現象始終有兩截之嫌，二者之間是鬆散的外部的關係。其實本體應該是有無的統一，首先是有——真實無妄，其次才是無——無名無形。北宋程頤懂得這個道理，所以在談本體現象關係時說：“體用一源，顯微無間”(《程氏易傳·序》)，較好地解決了這個問題。其次，受這個看法的影響，王弼對自然與名教的關係，也處理成外部關係，按照他給名教尋找本體論根據這個目的來說，是不成功的。宋代儒者把王弼的自然換成天理(內容為抽象化了的仁義禮智)，以天理作為名教的本體，就實現了王弼想做而沒有做到的事。王弼貴無學說的缺陷，其他玄學家曾設法予以彌補，如裴頠〔wei尾〕提出崇有論，郭象倡導玄冥獨化理論等等，但這些理論又有自己的缺陷。總之，包括王弼及其他玄學家，都沒有超出時代的局限，提高理論思維水平還有待於後人的努力。
先天易是一種象數理論，與以往象數學家所搞的後天易不同，它以乾坤坎離為四正卦，以數的變化決定象的變化。邵雍用《八卦次序圖》、《六十四卦次序圖》來說明數由一(太極)開始，加一倍地向前發展，在卦象上就表現為二，即動靜兩儀；四，即陽
陰
剛
柔
四象；八，即乾?兌?離?震?巽?坎?艮?坤?八卦，然後是十六，三十二，六十四——六十四卦；這樣說明八卦與六十四卦的生成。同時，這種發展在宇宙論上表現為：太極生天地，天地生陰陽剛柔(在此是四種事物)，陰陽剛柔又生出日月星辰、石土火水、暑寒晝夜、雷露風雨、皇帝王霸、易詩書春秋。總之，現實世界是由太極按加一倍法的數學原則生成的，抓住這個原則就能統禦世界。
三教融合繼續發展，融合的層麵由外至內逐步深入，宋明道學就是這個大趨勢的產物。早在唐代中葉，思想家、文學家韓愈提出儒家道統說，以為堯舜、禹、湯、文武、周公、孔子以來的儒家道統，因受二氏(老、佛)的影響，自孟子死後即不得其傳，現在應該把道統接過來傳下去。這種思想代表了相當一部分儒家知識分子不滿意儒家思想僅能在政治、道德、民俗領域裏依舊章實行，但缺乏理論深度與魅力，不能在意識形態領域中占上風的狀況。他們要重振儒學雄風，戰勝佛、道，取得思想領域的統治權。韓愈雖然提出了目標，但他的辦法不可取，他主張對佛道要用行政手段取締，“人其人，火其書，廬其居”(《原道》)，就是使僧道還俗，焚毀其經書，廟宇改作民居。他以後的儒者為解決他提出的也是時代提出的課題，進行了長期的探索。後來人們體會到，必須融合、吸收佛道哲學理論，把儒家倫理道德觀念加以哲理化，隻有如此，才能有所成就。這就是宋明道學的思想路數。創立理學的北宋儒者如周敦頤、張載、程顥、程頤以及邵雍，幾乎人人“出入佛老”，經曆從讀儒書到讀佛老，有所體會之後再跳出佛老，回歸儒家的過程。經過這番洗禮，理學家們理解的儒家已經不同於先秦的原始儒學、漢代的神學、經學，他們大講孔子沒有講或講不清楚的性與天道，原來普普通通的儒家德目仁義、禮智變成天理、人性，萬物的本體。因此人們依儒家倫理而過的道德生活，不僅體現人與人的關係，而且體現人與天的關係，不僅有社會意義，而且有超越意義即準宗教的意義。