每當人們走在右峰之間，走完深狹的溶溝和統接的回廊，看完晶瑩的溶蝕湖和迷宮般的地下洞之後，就會提出石林的成因問題。關於石林的成因，既有神話故事，也有岩溶工作者的科學考證。
傳說在很久以前，彝族的創世神哥自天神，來到路南一帶，看到這裏彝家的撒尼人身穿羊皮褂，天天吃包穀飯、老苦蕎，甚至過年過節，也隻在包穀飯裏摻人幾粒大米，心裏很難過。於是，天神決心要讓彝家的撒尼人種上稻穀，吃上大米，過上好生活。天神打算把長湖水堵起來淤成平壩，讓這裏的高山變成能種稻穀的良田。為此，天神回去立即趕著一大群石頭，挑著一擔土，趕往路南而來。小毛驢馱著土，緊跟在他的身後。天神為爭取在天亮前趕到長湖，不斷揮動著手中的鞭子，吆喝石頭快些滾動。
在天神趕石頭的路上，有一位撒尼老婆婆半夜起來磨豆腐，她突然聽到屋外轟隆轟隆的聲音，由小到大，由遠及近，把磨房茅棚震得咯吱咯吱的作響。老婆婆覺得奇怪，便湊到門縫向外張望，這一看嚇了她一大跳。在灰蒙蒙的月色下，隻見漫山遍野的石頭一齊滾了過來，眼看前邊的石頭快要衝撞到小茅屋了，她心急如焚。轉身連忙呼喚女兒，可女兒早就找村裏的年輕人談情說愛去了，家裏隻剩下她一個人，老婆婆心慌意亂，在磨房裏轉來轉去。突然，她想起女兒臨走時說過的話：“大公雞二拍翅膀，我就回來了。”於是趕忙拿起一個大簸箕，站在雞籠外麵用勁地拍打起來，想讓女兒快些回來。誰知這一拍簸箕驚動雞籠中的雞群，大公雞以為是別的雞扇翅膀了，就“喔喔，喔喔喔”的叫了起來。
滿山遍野滾動著的石頭們，突然聽到這“喔喔，喔喔喔”的叫聲，一下子被嚇壞了。它們個個停了下來，仔細地辨認著這到底是什麼聲音。這時大公雞又叫開了，石頭們以為是公雞在罵它們“可惡，太可惡”，感到憤怒和可怕。天神看到石頭不再滾動，氣得舉起鞭子，向它們狠狠地抽去，一鞭子打在青石上，青石留下了傷痕。石頭們頑強地堅持著自己的看法一公雞叫了就不能再走了。於是幹脆在地上躺了下來。天神的小毛驢，也被公雞的叫聲嚇破了膽，站在那裏呆若木雞，一動不動。天神很生氣，他大喊了一聲，致使自己肩上的擔子一閃，扁擔“喀嚓”一聲折成兩節，兩筐土隨即倒在地上了。
轉眼間，眼前的一切都變了。那些石頭變成今天人們看到的石林。挨了天神一鞭子的大青石，腰間的鞭痕清晰可見。小毛驢變成了獅子山，站在石林旁邊。那兩筐土則變成了雙肩山，陪伴著石林。
天神的行動失敗了，沒願望有實現，但撒尼人永遠都忘不了哥自天神。因為天神給他們留下了這世間少有的石林。從此以後，撒尼人每年都要聚集到石林的草地上，舉起火把，盡情的喝歌跳舞，過著節日般的生活。
然而，從地質科學上來說，石林景觀是怎樣形成的呢？趙樸初有詩曰：“高山為穀穀為陵，3億年前海底行；可惜前人文罕記，石林異境晚知名。”在距今2億多年以前，地質時代為二疊紀時，我國西南地區是一片汪洋大海，沉積了巨厚而質純的石灰岩。後來，在距今7000萬年時，發生了巨大的地殼運動，叫燕山運動，在燕山運動中西南地區漸漸抬升為陸地。大約在2000萬年以前，路南地區氣溫高而多雨，雨水中溶解有大量的二氧化碳和有機酸，因此，加速了石灰岩的溶解；另一方麵，由於地殼運動，石灰岩產生了稀疏的裂隙，沿裂隙向下溶蝕，逐漸形成峰頂與四壁成“V”型峽穀狀的溶蝕裂隙，隨著溶蝕作用的進行，裂痕逐漸加深，並向側方擴大，形成石芽。石芽進一步發展，彼此脫離並增高，形成離大的石林型石芽(圖8)5第三，由於石灰岩層麵平緩，傾角在0。~10。之間，所以石芽分離後也不墜地，開始形成石林；第四，石林形成後，又被老第三紀地層覆蓋，保護了石林，在以後漫長的地質歲月中繼續受到溶蝕，待到距今50萬年的第四紀時，地殼回升，雨水將老第三係地層衝刷殆盡，於是得天獨厚的石林露出新顏，成為天下第一奇觀。
科學工作者從石林的石灰岩中，找到了海生動物化石。這些化石充分證明，形成石林的石灰岩是厲於钜今二億七千萬年以前的古生代，二疊紀深海裏形成的岩石，經過各個財期的造山運動和地殼變化，慢慢形成了現在的石林。雨水沿灰岩的兩端垂直下滲溶蝕灰岩繼續溶化逐漸形成石芽。
靈芝石林甲路南
20世紀70年代初期，在路南石林東北方向約20千米處，發現了一個石林新秀，比路南石林更加壯蘭奇特。區內石柱多呈蘑菇狀，遠眺猶如靈芝叢生，故人們稱它為“靈芝石林”。靈芝石林聳立在一個巨大的淺碟形溶蝕窪地中央。林區內陡壁如削，峽穀幽澗、深邃曲折，還有兩個通往地下的溶洞口，洞下水流潺潺，四季常盈，洞內石筍、石鍾乳、石柱琳琅滿目，洞長3千米，時寬時窄，曲折相通。
在靈芝石林中，最惹人注目的是位於站屯、團結水庫和寺背後村之間的那片石林。當人們從水庫大壩的右肩步行，沿著崎嶇小路，來到靈芝林深處，隻見一片巨石頭大莖細，一棵挨著一棵排列著，仿佛一片巨大無比的蘑菇群，這就是人們稱道的“靈芝林”了。又行500米左右，就好像走進了羅馬城的大街。西看，街道兩旁一排排三四米高的巨大石柱，勝似鱗次櫛比的高樓大廈，十分宏偉。北望，高高的山頂上好像有一群青年男女翩翩起舞，錒娜多姿。南眺，幾個頭戴鋼盔身穿鎧甲的武將，高高地站在海岸上，忠實地守衛著東海前哨，被人們譽為“海岸衛士”。
再沿“大街”西行，一尊西天佛祖映入聯簾，其形象逼真，令人暇想。再往前，是高聳的凱旋門和直指天空的巨劍，讓人望而生畏。折向南，沿一條羊場小道進入兩壁如削的幽澗，沿途怪石嶙峋，洞穴成群。如果有人站在洞口發出不大的音響，洞內立刻就會發出一連串的回音，很是有趣。
走出深澗，登上高處，天地豁然開朗，一個個形如飛禽，狀似走獸的離奇古怪的石柱接踵進人眼簾，令人目不暇接，如群象漫遊、羚羊格鬥、鸚鵡學舌、猛虎撲食……不一而足。還有奔流於石灰岩頂麵上的小溪，穿越石柱的石洞，令人百思不得其解。在岩溶學上，這透過石牆的石洞叫窗欞構造，而懸在岩壁上的石洞叫懸洞。小溪是後來的水流溶蝕石灰岩頂麵形成的。
過了高地，是一座藍如天、明如鏡的長條狀水塘。再遊覽靈芝地下溶洞，更別有另一番情趣。溶洞有上下兩層，下層流水潺潺，叮咚有聲；上層有兩三千米長，洞身時寬時窄，彎彎曲曲，仿佛遊廊迂回，每隔一段，就有大廳、石筍、石鍾乳、石柱，潔白如玉，琳琅滿目，還有如水簾瀑布的石瀑，奔流直下，遊人們麵對這天然美景流連忘返，給予靈芝石林甲路南的美譽。