以曾國藩的湘軍為代表的漢人武裝集團強勢崛起，幾乎掌控了中國南方最精華、最富庶的地區，清朝中央反而成了可憐巴巴的弱勢群體。
曾國藩本人想做千古名臣，沒有什麼造反搞事的興趣，還主動裁撤湘軍，自己削弱自己。
但有些事卻並不以個人意願為轉移。
在平定太平天國的戰爭中，大量的湘軍官兵立功受賞，他們或身居軍隊高層，或執掌地方行政，或成為民間豪強，已經形成一張遍布江南各地的權力關係網。不管曾國藩願不願意承認，他的“湘係”已經成了讓清朝中央寢食難安的存在。所以當朝廷挺過了最艱難的時刻後，第一時間想到的就是“削藩”。
而馬新貽這個兩江總督，就是來幹這個活兒的。甚至還有傳言說馬新貽是奉慈禧的密旨，要暗中調查湘軍上下私吞太平天國寶藏的事。[3]
其實此前清政府已經兩次試圖把曾國藩調離兩江，但都因時機不成熟而沒辦成。公元1868年，清政府調兩江總督曾國藩為直隸總督，以閩浙總督馬新貽補授兩江總督。直隸總督雖然名義上比兩江總督地位高，但其地處京畿地區，上有中央政府，下有順天府尹，位尊而權輕，更遠離湘軍的大本營，這是典型的明升暗降加調虎離山。
僅僅兩天之後，負責長江水師的湘軍元老彭玉麟也被免除職務，退休回家。江蘇巡撫丁日昌轉交了江南士紳請求曾國藩留任兩江總督的請願書，卻被朝廷劈頭蓋臉罵了一頓，可見朝廷“削藩”的意願有多強烈。
馬新貽接任兩江總督後，忠實執行了清政府“強化中央，削弱地方”的既定政策，雷厲風行地做了幾件事，包括裁撤湘軍，編練新部隊，追查曆年戰爭中的貪腐和假賬，嚴肅軍紀，嚴厲打擊退役後從事黑社會活動的湘軍士兵，等等。
裁軍是砸飯碗，查賬是掏錢包，掃黑是要你命。
馬新貽做的每一件事，都讓朝廷開心，也都讓湘軍上下不開心，然後他就被刺殺了。
站在清政府的角度上來看，我精挑細選派來“削藩”的得力幹將，剛剛取得了一點工作成果，然後人就沒了，你跟我說這裏麵沒事？
所以一直以來都有觀點認為湘係勢力才是“刺馬案”的幕後元凶，目的是幹掉馬新貽，重奪兩江總督，這就是“湘係奪權說”。
但這還沒完。
“刺馬案”背後不隻涉及中央與地方的鉤心鬥角、滿漢之間的猜忌防範，甚至還牽扯到中外矛盾和土洋衝突。
簡單來說，就是洋人、洋教和洋務。
自鴉片戰爭以來，中國的大門被迫開放，西方的宗教和科技也跟著進入中國。尤其是西方傳教士在堅船利炮的威懾下在中國強行傳教，必然會引發民眾的不滿，進而產生對立情緒和衝突。
馬新貽對曾國藩、李鴻章搞的洋務運動沒什麼熱情，但他對洋教和洋人的態度卻很友好。
馬新貽就任兩江總督後，隆重接待了天主教江南教區的主教郎懷仁，甚至在第二天回訪了天主教堂，這讓在中國屢屢碰壁的外國傳教士感動不已。
據當時生活在中國的神父們說，馬新貽曾在鎮壓小刀會起義時受傷，在教會的董家渡醫院接受了治療。撿回一條命的馬新貽甚至接受了洗禮，信奉了天主教。
這個傳言聽起來有點匪夷所思，但馬新貽相對於曾國藩和李鴻章而言，的確對傳教士更加友好。
1869年，安慶府出現了民眾搗毀傳教士住所的反洋教運動，史稱“安慶教案”。馬新貽的處理方式是全盤答應列強提出的賠償要求，並且聯合安徽巡撫發布告示，阻止百姓自發的反洋教行動。
後來南京一帶又出現了傳教士用嬰兒煉製邪藥的傳言，差一點就掀起新一波的反洋教浪潮。馬新貽第一時間派遣新上任的南京知府馮柏年檢查天主教堂，證明並沒有所謂的“死嬰”存在。然後馬新貽立刻宣布南京全城戒嚴，並派遣軍隊保護天主教堂，張貼告示，全力辟謠，這才成功避免了危機。
馬新貽對洋教很保護，但別的地方官就未必是這個態度了。
1870年，“天津教案”爆發，法、英、美、俄、普、比、西七國聯合向清政府提出“抗議”，並調集軍艦至大沽口進行威脅，清朝方麵緊急派出直隸總督曾國藩與列強交涉。
曾國藩隻能捏著鼻子卑躬屈膝求原諒，又是處死凶手，又是賠償損失，又是派人道歉，希望能緩解一觸即發的緊張局勢。
和大多數主張對洋人強硬的同僚不同，馬新貽則主張嚴懲導致教案發生的中方官員。然後沒多久，他就被刺殺了。另據當時在華的傳教士記載，馬新貽死後沒兩天，和馬新貽一樣對洋教抱有好感的南京知府馮柏年也在辦公室離奇自殺。
連續兩位對洋教持保護態度的高級官員相繼喪命，以至於當時的外國傳教士們都認為馬新貽就是被那些反對洋教的勢力給弄死的。
這就是“刺馬案”的第六種版本——“反洋教排外說”。
但這個版本可不興說。
要知道當時北邊的“天津教案”已經讓清政府焦頭爛額，如果南邊的“刺馬案”再調查出來背後的真凶也是針對洋人和洋教的，消息傳到列強耳朵裏，那清政府可真是吃不了兜著走了。
就是這種自相矛盾、投鼠忌器的心情讓清政府很糾結，既不能不調查，又不能真調查。所以清政府對待“刺馬案”的態度和策略隻能是外緊內鬆，虛張聲勢。
如果我們複盤一下整個“刺馬案”的調查環節，就會發現很明顯的敷衍之處。
八月三日，清政府得知馬新貽遇刺，立刻諭令正在處理“天津教案”的曾國藩回任兩江總督。“天津教案”是曾國藩為官生涯的最大汙點，但他卻以處理教案重任在身及眼睛疼為借口，極力推辭回任兩江總督的任命，寧肯在“天津教案”裏挨罵，也不想去蹚“刺馬案”的渾水。
但清政府卻堅持要求曾國藩南下，認為“但得該督坐鎮其間，諸事自可就理”，寄希望於曾國藩湘係領袖的特殊地位和崇高名望，以此來穩定住兩江的局勢。
九月二十三日，曾國藩在朝廷的千呼萬喚中到達北京，剛好趕上曾國藩和慈禧相繼過生日。於是慈禧先給曾國藩慶生，曾國藩再給慈禧祝壽，這麼一來一去兩個月的時間就過去了。
不是急吼吼地要求曾國藩南下兩江嗎？怎麼又不著急了呢？
這就是政治的藝術了。對清政府而言，隻要曾國藩回任兩江的消息確定，就能鎮住那些企圖搞事的魑魅魍魎，至於曾國藩本人是不是真的到位，反而不重要了。
換句話說，查案不重要，借曾國藩的名頭保平安才重要。
曾國藩一直在北京待到快過年，實在沒理由繼續耗著不走了，隻能選擇動身。在南下之前，他受到了慈禧的接見。
對於“刺馬案”，兩位晚清時代的超級大佬有這麼一段既簡單又不簡單的對話。
慈禧問：馬新貽這事豈不甚奇？
曾國藩回答：這事很奇。
慈禧又說：馬新貽辦事很好。
曾國藩馬上回答：他辦事和平精細。
這白開水一樣平淡的四句話看上去平平無奇，卻隱藏了慈禧對“刺馬案”的態度。
慈禧問“馬新貽這事豈不甚奇”——奇，就是奇怪、離奇，不應該發生而發生的事。“豈不”是反問表肯定，前麵再加一個“甚”字，意思就是這背後肯定有事，你可別糊弄我。
曾國藩回答“這事很奇”——是的，這背後當然有事，但您想要大事還是小事？
慈禧第二句說“馬新貽辦事很好”——先給整個案子定個調子，馬新貽必須是正麵形象，不能寒了給朝廷辦事的人的心。