袁世凱稱帝的鬧劇失敗以後，馬敘倫應蔡元培先生的邀請，再次回到北大任教授，並動手寫《說文解字六書疏證》，同時寫了《老子校詁》、《莊子義證》等書。
在北大任教期間，正當馬敘倫埋頭著書施教的時候，五四運動爆發了。北京大學成立了教職員會，支援學生運動。同時，由北大教職員會發起組織北京中等以上學校教職員會聯合會。這兩個組織都推舉馬敘倫為書記，隨後任主席。所有代表教聯會同政府當局談判都推馬敘倫出麵，對外發表文字，也大都由他執筆。
在北京大學，馬敘倫與文科學長、共產黨創始人陳獨秀既是同事，也是新文化運動誌同道合的戰友。此時馬敘倫雖沒有參加共產黨的創建，卻從思想上同情陳獨秀等革命者並盡力提供幫助。1920年1月的一個傍晚，馬敘倫得到軍閥政府要在當夜逮捕陳獨秀的消息，為避開監視，他機智地打電話給住在陳獨秀附近的沈士遠教授，不直接說出名字，隻稱：“告前文科學長速離叔雅所。”陳獨秀得此報告，連夜化裝乘騾車離開北京，逃過一劫。
五四運動以後，北京大中小學教師發起“索薪”運動，組成“北京小學以上各校教職員會聯合會”，又推馬敘倫為主席。除索薪外，還提出教育基金和教育經費獨立的口號，實行罷課罷教。
1921年6月3日，北京上萬名教職員工和學生，前往總統府要求麵見徐世昌，馬敘倫走在隊伍的最前列，遭到徐世昌派出的軍隊毒打，頭部受傷很重，被送進醫院。馬敘倫不顧個人安危，作為代表前往獄中探望被捕學生，同學們急切地希望了解外麵的形勢，由於軍警在旁監視，馬敘倫便改用文言向大家介紹時局。愚昧的軍警聽不懂文言，隻好站在一旁幹瞪著眼。
被打事件之後，馬敘倫回到杭州養病。正值浙江第一師範鬧學潮，浙江省教育廳再三請馬敘倫出任該校校長。馬敘倫就把北大教授治校的辦法推行到一師，得到全校師生的擁護。1922年，經李大釗、蔡元培等多方推薦，馬敘倫被任命為浙江省教育廳長。不久，北京政府改組，他兩次擔任教育部次長，並代理教育部部務。當時有人認為他當北洋軍閥政府的官不合適，而他表示“教育部關係革命，不應放棄”。
由於國共合作，全國革命形勢日益發展，在北京從事地下工作的國民黨員逐漸公開活動，馬敘倫被任命為國民黨北京特別黨部的宣傳部部長。馬敘倫與共產黨早期創始人李大釗成了摯友。1924年秋天，內政部給教育部的一份密件說，根據情報“共產黨首領李壽常在各校活動”，要教育部馬上查辦，馬敘倫馬上意識到所講之人正是李大釗的字“李守常”的諧音，便甘冒風險把此件壓下不辦，並立即通知李大釗迅速轉移，使李大釗脫離一次被捕的危險。李大釗犧牲後，馬敘倫灑淚寫下了“唯物史觀論較新，李君物望冠人倫；縱教柴市成仁去，無限青年從理真”的詩篇。
1924年冬天，孫中山先生為了與段祺瑞商談召開國民會議事宜，扶病來到北京，馬敘倫老清早趕到前門車站迎接。孫中山先生養病期間，他經常去看望。在病重那些天，他同楊杏佛等人輪流守護。
1925年，五卅慘案的消息傳到北京，馬敘倫當即聯合各界人士組成“五卅慘案後援會”，他每天到會辦公。這年冬天，北京學生界、文化界、工商界民眾組成聲討段祺瑞聯合會，馬敘倫被推為主席。兩萬多人在天安門前聲討段祺瑞的罪行。散會後，群眾分隊示威遊行，給了段祺瑞沉重的一擊。段祺瑞十分驚慌，如臨大敵，次年便發生了三一八慘案。這天，有一兩萬人浩浩蕩蕩地包圍了段祺瑞的執政府，北京各大專院校的教授，尤其是北大的教授參加的很多。段祺瑞不顧人民的強烈反對，血腥鎮壓了愛國的學生和群眾，馬敘倫第二天就寫了辭職書，大罵段祺瑞，於是遭到段的通緝，被迫化裝離開北京回到杭州。
1927年，北伐軍占領江浙，成立浙江省政府，馬敘倫被任命為浙江政務委員會委員兼民政廳長。1928年底，蔣夢麟擔任教育部長，馬敘倫第三次被任為國民政府教育次長。他利用各種條件，積極營救被捕下獄的共產黨員。後來他在政府內又秉公辦事不買蔣介石、陳果夫的賬，深受國民黨當局嫉恨。在南京政府提出“馬敘倫不孚眾望，令其辭職”後，他憤然辭官，第四次再去北大教書。
九一八事變發生，馬敘倫痛感外敵入侵，山河破碎，民不聊生，內心鬱悶無法排遣，於是以寫詩抒發他對祖國大好河山淪亡的悲憤感情。到了1935年，日本帝國主義者侵略華北的凶焰更加囂張。在北大，馬敘倫和許德珩等幾位教授擁護中國共產黨的抗日民族統一戰線政策，積極主張抗日，聯合北平各校的抗日派，組織北平文化界抗日救國會，馬敘倫被推為主席。這時，各公私立大學中學的學生也組織起來，每天開演講會、座談會，馬敘倫日夜奔忙，終於累病了。
七七事變、八一三事變之後，馬敘倫因為貧病交迫，困居上海。他不得不更名鄒華孫，蓄起胡須，專事著述。他所著《說文解字六書疏證》30卷240餘萬字，是一部研究中國文字學極有價值的巨著，很大部分是在這個時期撰寫的。
（4）協商建國定國歌
抗日戰爭時期，留在上海的文化教育界進步知識分子馬敘倫、周建人、許廣平、趙樸初、雷潔瓊、鄭振鐸等，在敵偽的統治下，與中國共產黨人一起，堅持抗日救亡鬥爭。
抗戰勝利後，馬敘倫、鄭振鐸、柯靈等積極投入反對內戰、爭取和平、反對獨裁、爭取民主的愛國民主運動。經過充分協商，他們決定成立一個以“發揚民主精神，推進中國民主政治之實現”為宗旨的政治組織，定名為中國民主促進會（簡稱“民進”）。1945年12月30日該組織在上海正式宣告成立，馬敘倫擔任“民進”首任主席。
1946年5月，隨著內戰日益擴大，馬敘倫召集組織6個民主黨派團體，以站在國共之外的“第三方”身份，於5月5日召開了“上海人民團體聯合會”成立大會，向國共兩黨都發出了要求停戰的電函，馬敘倫擔任上海人民團體聯合會常務理事。
由上海的民主黨派、工人、學生等50多個團體組成的“上海人民團體聯合會”，發表反內戰、要和平的宣言，並發起組織上海人民和平請願團，推舉馬敘倫等10人為代表，赴南京向國民黨政府請願，上海各界竟來了10萬人相送。
作為上海人民和平請願團團長，馬敘倫率團赴南京呼籲和平。國民黨當局麵對這場多年未有的人民大示威，惱羞成怒，令特務機關也以所謂“民眾”身份對付。代表們於6月23日傍晚抵達南京下關車站時，幾百名一副流氓相、自稱“蘇北難民”的特務和地主還鄉團成員馬上包圍了馬敘倫等代表。這群家夥叫囂說共產黨搞土改把他們趕出家鄉，正盼政府出兵，上海和平代表應該去向中共方麵“請願”。馬敘倫等人當場嚴拒這種無理要求，接著在喊打聲中，暴徒們把代表們圍毆了5個小時，在場的大批警察憲兵一直袖手旁觀。馬敘倫、閻寶航、雷潔瓊、陳震中及新聞記者數人被打傷。這個事件被稱為“下關慘案”。
正在南京談判的中共代表團團長周恩來得知後怒不可遏，馬上向國民黨當局交涉製止逞凶，並組織人將傷員送往醫院。隨後，中共中央派代表周恩來專程到醫院看望負傷在身的馬敘倫。身負重傷的馬敘倫躺在床上，拉著前來看望他的周恩來的衣服激動地說：“為了和平，這是預料到的，中國的希望隻能寄托在你們身上了！” 周恩來嚴肅地說：“你們的血不會白流的！”
6月25日，毛澤東朱德聯名致電馬敘倫表示慰問，電文稱：“先生等代表上海人民，奔走和平，竟遭法西斯暴徒包圍毆打，可見好戰分子不惜自絕於人民。中共一貫堅持和平民主方針，誓與全國人民一致為阻止內戰、爭取和平奮鬥。謹電慰問，並希珍重。”
在南京下關車站所流的鮮血，更使馬敘倫和他所領導的“民進”在中國兩種命運的決戰中做出正確的選擇。他為報刊撰寫了百十篇戰鬥檄文，抨擊蔣介石的獨裁統治內戰政策。為了保護他們，中共在上海地下黨組織經過對路線、船隻、時間的周密布置，避開特務監視，於1947年底將馬敘倫和其他民主人士送上一艘德國貨輪，爾後前往香港。
1948年，馬敘倫代表中國民主促進會通電響應中國共產黨的“五一”號召，呼籲“全國學術界、文教界人士，緊緊地攜起手來，為我們自己和全國人民的生存自由而奮鬥，為迅速實現人民的政權而奮鬥”。11月23日，馬敘倫與郭沫若、許廣平等30多人，由中共香港工委副書記連貫陪同，乘坐挪威籍客輪離開香港，前往東北解放區。1949年2月，林伯渠攜帶周恩來寫給馬敘倫等人的親筆信，迎接他們進入北平。
3月25日，毛澤東率中共中央機關從西柏坡抵達北平，馬敘倫以中國民主促進會常務理事的身份，與在北平的各民主黨派負責人一起，前往西苑機場表示歡迎。這是毛澤東與馬敘倫的初次見麵。在陪同毛澤東一起閱兵之後，馬敘倫當場寫下四首七絕，其中一首寫道：“萬歲高呼毛澤東，與人衣食即春風。江南百姓皆昂首，何為遲餘解困窮。”
６月11日，馬敘倫與毛澤東、李濟深等24人，在北京香山雙清別墅毛澤東寓所舉行新政治協商會議籌備會的首次預備會議。在隨後的新政協籌備會第一次會議上，馬敘倫與毛澤東、沈鈞儒等21人當選新政協籌備會常務委員會委員。會後，他擔任了“擬定國旗、國歌及國徽方案”的第六小組的組長。7月10日，第六小組以新政協籌備會的名義發出了由周恩來簽發的《征求國旗國徽圖案及國歌辭譜啟事》。啟事在報紙上發表後，社會反映強烈。截止到8月24日，收到各種應征稿2000多件，其中國歌歌詞350餘件。