1996年2月15日，夏商周斷代工程領導小組召開第一次會議，審議“工程”可行性報告（草稿）、經費安排及專家組組成等情況。以鄧楠為組長的“工程”領導小組經過深入細致的審議、討論後認為，鑒於年代久遠，從商代武丁前至夏代無法排出每一個王在位的準確年表，因此，對“工程”難度要有足夠估計，不能期望通過四年研究解決夏商周斷代的所有問題。領導小組同意首席科學家確定的從曆史、天文、考古、14C技術測年等幾方麵相互配合，共同推進，得出較準確結果的技術路線。鄧楠在總結性的發言中強調，夏商周斷代工程是一項集自然科學與社會科學於一體，多學科聯合攻關的科研項目，類似課題不但在我國從未有人做過，在世界上也未有人做過，因而需要專家學者與管理部門通力合作，才能取得較好成果。
根據“工程”領導小組的指示和“工程”的特點，由首席專家提出，國家科委聘任相關學科的21名專家成立“工程”專家組，專家組下設精幹的課題組，聘任不同學科的專家進行聯合攻關。直接參與工程、來自社會科學和自然科學領域共9大學科的優秀學者達200多人，其人員主要來自中國科學院自然科學史研究所、生物物理研究所、上海天文台、紫金山天文台、陝西天文台，中國社會科學院曆史研究所、考古研究所、世界曆史研究所，北京市社會科學院曆史研究所，河南省社會科學院考古研究所，中國曆史博物館，故宮博物院，上海博物館，北京市文物研究所，河北省文物考古研究所，山西省考古研究所，河南省文物考古研究所，鄭州市文物考古研究所，陝西省考古研究所，北京大學，清華大學，北京師範大學，首都師範大學，南開大學，吉林大學，東北師範大學，哈爾濱師範大學，上海交通大學，南京大學，南京師範大學，煙台大學，四川大學，西北大學等單位。
工程專家組主要人員，除李學勤、仇士華、李伯謙、席澤宗四人外，分別是：
馬承源 專家組成員、上海博物館館長、研究員
馬福臣 專家組成員、國家自然科學基金委員會地球科學部副主任、研究員
朱鳳瀚 專家組成員、南開大學曆史係主任、教授
安金槐 專家組成員、河南省文物考古研究所名譽所長、研究員
嚴文明 專家組成員、北京大學考古文博學院教授
鄒衡 專家組成員、北京大學考古文博學院教授
辛德勇 專家組成員、中國社會科學院曆史研究所副所長、研究員
張長壽 專家組成員、中國社會科學院考古研究所研究員
張培瑜 專家組成員、中國科學院紫金山天文台研究員
陳久金 專家組成員、中國科學院自然科學史研究所副所長、研究員
陳鐵梅 專家組成員、北京大學考古文博學院教授
俞偉超 專家組成員、中國曆史博物館研究員
原思訓 專家組成員、北京大學考古文博學院教授
殷瑋璋 專家組成員、中國社會科學院考古研究所研究員
郭之虞 專家組成員、北京大學重離子物理研究所副所長、教授
彭林 專家組成員、北京師範大學國學研究所教授
裘錫圭 專家組成員、北京大學中文係教授
以上由21人組成的專家組，包括人文社會科學專家13人，其中曆史學家、古文字學家5人，考古學家8人；自然科學專家8人，其中測年技術專家4人、天文學家3人、地理學家1人。這個老中青三結合的專家隊伍，既具有科學的合理性，又具有學術界公認的權威性，並有能力起到“工程”領導小組所要求和期望的“起學術領導，把握研究方向的作用”。
“工程”課題、專題組部分主要成員：
楊升南 中國社會科學院曆史研究所研究員
羅琨 中國社會科學院曆史研究所研究員
廖名春 清華大學思想文化研究所副教授
鄭傑祥 河南省社會科學院考古研究所研究員
徐振韜 中國科學院紫金山天文台研究員
江曉原 上海交通大學科學史係主任、教授
胡鐵珠 中國科學院自然科學史研究所副研究員
吳守賢 中國科學院陝西天文台研究員
方燕明 河南省文物考古研究所副研究員
鄭光 中國社會科學院考古研究所研究員
楊育彬 河南省文物考古研究所研究員
杜金鵬 中國社會科學院考古研究所研究員
蔡蓮珍 中國社會科學院考古研究所研究員
張雪蓮 中國社會科學院考古研究所副研究員
宋國定 河南省文物考古研究所副研究員
楊錫璋 中國社會科學院考古研究所研究員
徐廣德 中國社會科學院考古研究所研究員
唐際根 中國社會科學院考古研究所副研究員
劉一曼 中國社會科學院考古研究所研究員
曹定雲 中國社會科學院考古研究所研究員
常玉芝 中國社會科學院曆史研究所研究員
王占奎 陝西省考古研究所副所長、副研究員
曹瑋 陝西省考古研究所副所長、副研究員
徐良高 中國社會科學院考古研究所副研究員
張立東 中國社會科學院考古研究所副研究員
劉緒 北京大學考古文博學院教授
徐天進 北京大學考古文博學院副教授
雷興山 北京大學考古文博學院副教授
吳小紅 北京大學考古文博學院副教授
劉克新 北京大學重離子物理研究所副教授
魯向陽 北京大學重離子物理研究所副教授
馬宏驥 北京大學重離子物理研究所副教授
趙福生 北京市文物研究所副研究員
王世民 中國社會科學院考古研究所研究員