經過兩百多位不同學科的專家、學者的努力，夏商周斷代工程預定的第一至第八個課題的結題工作，於1999年春季基本完成。由於八個課題的結果是根據不同的角度、不同的材料、不同的方法和路線多層次建構而成，就需對各項成果進行一係列分析研究，並進行整合、匹配，才能建立起整個夏商周三代的總體年代學框架。為此，“工程”在啟動之始，就專門設立了“夏商周年代研究的綜合和總結”課題，對各種成果進行收集、審查、分析、比較、研究，最後獲取一個盡可能相互趨同並合乎曆史真實的總成果。
這個“綜合和總結”的課題由“工程”首席科學家、專家組組長李學勤具體負責。其實施的主要步驟和方法是：
1.對課題結果彼此一致的，加以歸納和詮釋。
2.對各課題結果相互矛盾的，探索出一條合理的解決途徑。
3.對各課題結果中未能適當解決的問題，找出症結，重新研究，其中包括田野工作和年代測定。
4.對各課題結果中顯露的新問題，或在綜合各課題結果時發現的新問題，設立新的專題進行研究，將其成果吸收入項目的綜合結果之中。
5.對此項工作，組織第一至第八各課題的一部分專家參加，並適當安排若幹跨課題的學術研討活動，最後綜合形成夏商周斷代工程結題總報告和一份夏商周年代表。
1999年5月12日，夏商周斷代工程組織了“金文曆譜”“武王伐紂天象”“甲骨年祀”和“仲康日食”四個重要專題的大型聯合研討會，對相關的問題在總體上進行討論、分析、研究和整合。這次研討會，在標誌著各課題、專題的研究目標已基本達到的同時，也標誌著“工程”正式進入了計劃中的“綜合與總結”階段。
自1999年5月中旬起，各課題、專題成果基本得以彙總，以李學勤為首的“工程”首席科學家，一麵進行成果研究整合，一麵著手主持《夏商周斷代工程1996—1999階段成果報告·簡稿》（以下稱《簡稿》）的起草工作。為使《簡稿》盡可能全麵而又簡明扼要地反映“工程”的研究路線、方法和成果，“工程”專門成立了《簡稿》起草小組，由專家組成員彭林任組長，青年考古學家張立東、“工程”項目辦公室的徐鳳先、江林昌、孫慶偉、李勇等任小組成員，具體負責《簡稿》的起草任務。
前文已述，已得出的夏商周斷代工程中的課題、專題成果，常常需要多學科的交叉、互證和互驗，每一個年代結論，更需要有多學科交叉的互證、互洽。所以，就整個“工程”成果的整合而言，是在另一個更加廣博、複雜、深入的更高層麵上繼續攻關的過程，這個層麵所需要的學識和條件，以及所遇到的難題，遠非單個專題或課題所能比擬。早在“工程”啟動之初，在一次領導小組聽證會上，當一位領導小組成員問李學勤對“工程”最大的擔心是什麼時，李學勤回答說：“最擔心的就是多學科、多課題、多專題的成果拿出來之後，整合不起來。因為就單個學科的研究而言，過去許多前輩學者大都做過研究，並積累了相當的經驗，我們現在再來研究，顯然是站在前人的肩上往上攀登。在這種情況下，最糟的也不過是在原地踏步而沒有進步，前人的成果還在那裏擺著。但像‘工程’這樣多學科整合的工作，前人沒有做過，我們也沒有做過，可以說大家都沒有經驗，如果研究商代的出一個結果，研究西周的出一個結果，兩個結果拚不起來怎麼辦？比如說商末和周初中間差距是一百年，或者中間又重疊了一百年，這樣麻煩就大了。”
所幸的是，中國的古代文明是一個客觀存在，年代學是一門科學，而對年代學的研究有其客觀規律可循，雖然對這門科學的研究也許永遠達不到終極真理，但總是朝著真理的方向邁進。所以夏商周斷代工程實施之後，從工程各課題研究的結果來看，還沒有出現李學勤最初所擔心的那樣大的“麻煩”。盡管如此，各專題與課題之間、各課題與整個“工程”之間，小的“麻煩”還是不斷出現。在這種情況下，就要求研究者站在更高的角度，盡可能從各個方麵來加以分析、處理和整合現有的矛盾，使所得結果更好地朝著真理的方向靠近。
為了整合西周和商代後期年代學成果，“工程”首席科學家在組織用兩套思路反複推排金文曆譜的同時，又組織對武王伐紂天象計算結果進行複核，同時組織了由商末三王周祀譜推算年代，以及與商代曆日的對應關係等重點攻關。為解決夏商考古研究的缺環，以建立起完整的西周考古年代序列，“工程”又新增設“周原西周文化分期與研究”等專題，使整個“工程”下設的專題，由原來的36個增加到44個。而加速器質譜法測試過程對設備調試的研究，特別是骨質樣品製備專題對甲骨樣品的碳樣純化問題的研究，也伴隨著“工程”成果整合的過程，不斷得以改進和深化。由於不同學科成果的交叉、匹配，以及14C測年數據與考古信息的擬合等一係列難點的解決，西周至商後期17個年代支點才得以標定，夏商周年代框架才得以更堅實地建立起來。
就在“工程”對成果的研究整合不斷取得新的進展之時，由彭林等人組成的《簡稿》起草小組，在對各課題、專題的結題報告以及總體情況進行深入分析，對其論點、論據及其結論進行歸納、提煉的基礎上，又對“工程”整合的新成果及時地加以吸收，從而完成了《夏商周斷代工程1996—1999階段成果報告·簡稿》的初稿。
1999年8月，“工程”召開專家組會議，就以上《簡稿》進行審議。在長達七天的討論中，專家們對《簡稿》的部分內容和觀點提出了修改意見。隨後，“工程”首席科學家與起草小組對《簡稿》文本進行了仔細的推敲和修改，進一步形成了《夏商周斷代工程1996—1999階段成果報告·簡稿》（征求意見稿）。此稿就夏商周斷代工程的目標、研究途徑、實施情況，以及各課題、專題的研究成果等做了簡要而較全麵的介紹，並附有《夏商周年表》。該年表中，所列的幾個大的年代支點是：夏的始年為公元前2070年，商的始年為公元前1600年，盤庚遷殷之年為公元前1300年，武王克商之年為公元前1046年。在這個大的框架之內，還有商後期與西周各列王的年數。
在成果正式對外公布之前，根據夏商周斷代工程領導小組的指示精神，由中國史學會、中國考古學會、中國科技史學會，會同夏商周斷代工程項目辦公室，聯合舉辦了“夏商周斷代工程成果學術報告會”，就“工程”製訂的《簡稿》廣泛征求學界的意見。會議定於1999年9月24日至26日在北京召開，其間，正逢中國的傳統節日——中秋佳節，被邀請的兩百多位專家、學者，放棄了和家人共度良宵的團圓機會，滿懷期望與驚喜之情，紛紛從二十二所大學與三十多個科研單位趕赴首都。他們中，有年高德劭的學界泰鬥，有兩鬢斑白的中科院院士，更多的則是活躍在夏商周曆史學、考古學領域和天文史學界、科技史學界等各個學科科研、教學第一線的卓有成就的中青年學者。而這些學者，有的正在國外或即將赴國外訪學，有的正出差外地，進行著學術研究和交流。其中有相當一部分考古學家，正在高山大漠、荒野田疇，進行著艱苦的田野考古工作。他們得知信息後，立即收拾行李，征塵未洗、汗漬淋淋，懷著對“工程”成果的殷切企盼，從四麵八方雲集會場，聆聽“工程”報告並參加研討。其時，有的科學家所研究的領域本不屬於“工程”涉及的學術範圍，但他們聽到消息後，懷著對中國曆史和中華文明的滿腔熱忱，以及對“工程”科研人員和所獲成果的崇敬之情，主動和會議組織者聯係，要求旁聽“工程”報告。
李學勤（左）、金衝及在夏商周斷代工程成果學術報告會上做報告（作者攝）
盡管“工程”啟動三年來，已組織了大大小小三十餘次學術討論會，但大多數限於“工程”內部的直接參與者，而這次來自全國範圍內不同學科的一流學者會聚北京，既是學術界一次難得的中秋大團圓，也是對“工程”成果的一次空前檢閱。這次別開生麵的成果大檢閱，在讓與會者親自看到了“工程”所發揮的多學科聯合攻關的優勢的同時，在某種意義上更體現了科學與民主的學術風尚和嚴謹、求實的學術理念。正是在這樣一種濃厚的學術研討氛圍中，學者們在聽取了李學勤等四位“工程”首席科學家所做的學術報告後，才在研討中認真誠懇，又異常活躍地敞開胸懷，盡情地表達自己的感受和建議，並為“工程”成果的進一步完善提出真知灼見。