程潛六軍於南昌大敗，蔣介石認為南昌失守是第六軍無能，因此，其決計親自指揮人馬攻南昌。10月11日，北伐軍二、三兩軍和第一軍第二師強渡贛江，將南昌合圍。蔣介石親赴前線指揮戰鬥，南昌城甚為堅固，且位於江邊，北伐軍背水而戰。參謀長白崇禧認為蔣氏此舉犯了兵家大忌。然蔣剛愎用事，不聽白之言。白知無力挽回，乃密令工兵於贛江上遊搭浮橋二座，以便退路。
是夜，當北伐軍正作攻城準備之時，固守南昌城中之敢死隊自南昌城下水閘底爬出，殺向北伐軍，一時間，北伐軍人馬大亂。攻城之第六團被敵軍包圍，幾至全團覆滅。黑夜之中，蔣介石、白崇禧均無法指揮部隊。城內人馬又趁勢殺出，北伐軍大敗，虧得白氏於贛江中架了兩道浮橋，大軍才於黑夜得以安全退往贛江西岸。蔣介石二次攻打南昌，連攻3日，犧牲重大，均未果，不得不下令“暫撤南昌之圍”。
10月15日，廣州召開國民黨中央執行委員會各省和海外黨部聯席會，蔣介石給聯席會發去電報，自我檢討，其內稱：
“中正出師三月，北伐無功，對黨對國，罪累彌深。此後惟有服從黨令，向前奮鬥，鞠躬盡瘁。”
電報發出之後，蔣召開了前線高級將領會議。蔣道：“此次我軍對贛作戰之失敗，其原由為行動遲緩之故，行動遲緩之故又為聯絡不易，交通梗阻，而敵乘我之弱點利用敏捷之運輸，集中兵力，轉戰於各戰場，一兵可抵兩兵之用。”又道：“第一師不守奉新退至羅坊，王柏齡副軍長及繆斌黨代表，皆逃避未回，造成此等結果，皆餘用人不當，計劃多疏，平時不能專心訓練，戰時不能熟慮斷行，以軍隊為慶酬，以戰陣為等閑，雖欲不敗，焉得而不敗！”
再說北伐軍之右路軍。右路軍之譚延闓、朱培德兩路人馬，自入贛之後，連克萍鄉、宜春、分宜、蓮花、安福、上高各縣城。敵軍唐福山、張鳳岐、陳修爵、謝文炳各股不支，大敗而逃。北伐軍抵新喻附近時，鄧如琢之第一師至。鄧集聚唐、張、陳、謝等殘部，雙方激戰，聯軍得手，占領了新喻。是役北伐軍第二軍第十二團團長鄧赫績陣亡，其餘官兵，傷亡亦眾。北伐軍肉搏銳進，攻克清江城，遂向樟樹、瑞州，分途追擊。第十四軍向吉安攻擊。
孫傳芳在謝鴻勳戰死、鄧如琢棄守南昌後，悶悶不樂，於指揮艦船上踱來踱去，思退兵之計。鄭俊彥將程潛人馬殺得大敗，重占南昌後，孫精神又一振。其意欲由鄧如琢出任江西總司令，鄧急謂孫道：“聯帥萬不可此舉，如今時局如此嚴重，正待鄭出力之時，若如此，江西將不保矣！”孫從其說，遂任命鄭俊彥為江西省總司令。繼爾電令鄭俊彥進攻贛南；電令盧香亭乘勝追擊程潛人馬，按原計劃進占武漢。
然五省聯軍各部心態不一。當程潛被聯軍殺得“割髯棄袍”逃出南昌城外後，鄭一麵進城安民，一麵命楊賡和獨立旅跟蹤追擊，楊追至豐城就不追了，因楊於鄭前，總有寄人籬下之感，且視兵為自己的本錢，不願拚命作無謂犧牲，因而停滯不前，如此則使程潛有了收容部隊的喘息餘地。盧香亭亦不真心為孫傳芳賣力，盧的地盤在浙江，其杭州家中又養著嬌妻，盧愛之如掌上明珠，此嬌妻是盧討的小老婆，因此盧對打仗很討厭。盧為保存實力，下令其人馬不要離開鐵路線50裏，並謂其各將領道：“不管你蔣介石有千條妙計，老子有一定之規，老子不離開鐵道。”
當孫傳芳驅動人馬與北伐軍展開拉鋸戰之際，夏超看到孫後方空虛，決定叛孫。時夏有8000警察，都是新式裝備，並親自督練，將其當作資本。孫於九江督師時，怕夏超於後庭放火，為籠絡起見，特派其為浙江省省長兼全省警務處長並兼杭州守備司令。江西戰事正緊時，夏超認為時機不到，蔣介石派人密與其會晤，並以國民革命軍第十八軍軍長職許之，夏盤算一番，感到自己實力雄厚，更有地方士紳支持，可以一舉成功，遂宣布浙江獨立。孫傳芳聞訊，急令駐上海之宋梅村旅帶領全旅乘火車至杭州，雙方於嘉興激戰，而陳儀、周鳳岐亦不相助，隻數時，夏的警察大隊大敗，夏超見大勢已去，遂於10月22日晨將印信交省議會保管，帶少數人連夜奔杭州。