吳稚暉代表國民黨中央執委會致詞，接著，蔣介石代表各總司令致答詞：
“……統一後軍人惟有編遣始能自救救國。否則擁兵自相殘殺，徒取恥辱而已……”
口頭上冠冕堂皇，心底裏別有打算，儀式上宣誓忠誠，會議裏利己偏私，是這次會議的真實寫照。
宗教儀式般的開幕典禮過後，蔣介石首先發言：
“北伐大業現已完成，我們國家建設方在開頭，處處需要巨款，……我們的軍隊既不用以對外，就應盡量縮編，……至於按照什麼標準，本人沒有成見，大家可以從長計議。現在馮、閻兩位總司令都準備了一個提案，可以供大家參考研究。”
何應欽將馮、閻兩個方案讀了一遍，蔣介石接著說：
“大家仔細研究，這兩個提案讚成哪一個，或是另有提案，都可以盡量提出，發表個人的意見。”
與會者相繼發言，多數人讚成閻的方案，反對馮的方案，蔣介石見火候已到，便趁勢表態：“既是大家讚成閻總司令的提案，那麼原則上就采用這個提案。我的意思，在中央編遣區之外，再加上來北編遣區。”
馮玉祥見自己的方案被否定，就提議暫緩編遣。蔣介石也不好操之過急，提議先成立編遣委員會，委員會內先設一個經理組，管理財務，由閻錫山任組長，並說明“實施編遣，沒有足夠的經費是辦不到的，這個組非常重要，組長的責任重大”，閻錫山沉默片刻，便表示“一定勉為其難。”
會議結束時，馮玉祥怒容滿麵，氣衝衝地走出會場，回去以後就稱病請假，隻派代表出席會議。
第二天繼續開會，當與會的人陸續到會場而蔣還未到時，白崇禧就對閻錫山說：“經理組是個花錢的事，你當心左右為難”。未等閻錫山答複，馮玉祥的一個代表就接著說：“百川先生有辦法？”頗有諷刺之意。
不一會蔣介石走進會場，大家肅靜下來，立即開會。蔣介石首先發言說：“我想每一個集團軍作為一個編遣區，每區設一個編遣主任委員，專管本區的編遣事宜，隸屬於本會，集團軍總司令不自兼這個主任，可以由各集團軍總司令選次一級的人擔任。第一集團軍我選何應欽擔任。你們也可以想一想，今天先把各編遣區主任委員決定下來。”馮的代表立刻說，第二集團軍選鹿鍾麟，接著閻說，第三集團軍選周批。停了好一陣，李宗仁才說：“第四集團軍選白崇禧。”這樣，就把編遣主任委員定了下來，因而編遣會議便沒有什麼問題好研究了。
這時，閻錫山乘機提出：“如果沒有其他討論事項，可不可以暫時停會，因為現在已經離陰曆年不遠了。”蔣介石便順水推舟地說：“那麼咱們就休會，我給你們預備專車。”明爭暗鬥的馬拉鬆式的編遣會議，終於在１９２９年１月２６日草草收場。
編遣會議激化了蔣介石與各地方實力派之間的矛盾。地方實力派的首領們認識到蔣介石不把他們搞垮，是不能善罷幹休的。因此，不等會議開完，即紛紛返回原地，準備與蔣介石重新較量一番。
馮玉祥本想同蔣介石合作，在蔣的支持下保持自己的實力，在南京政府中占有重要地位。蔣介石在編遣會議期間的表演，使他看清了不可能再同蔣合作下去，因此，他會後繼續有“病”，不再去軍政部辦公了。
１９２９年２月５日，馮玉祥以“養病”為借口，向蔣介石、譚延闓請假離開南京，蔣親往送行。６日晨，馮玉祥抵達開封，後轉至豫北輝縣百泉村。
蔣馮此次分別，告別了他們彼此間的合作，盡管臉皮還沒有公開撕破，但是裂痕已經無法彌合，而且越裂越深越大，以至兵戎相見。