木曾義仲威名大震，正在關東剿滅平氏殘餘勢力，獨自坐大的源賴朝卻因此感到了危機。於是次年（1183年）三月上旬，賴朝興兵十萬，尋了個不相幹的罪名前來征討信濃。眼看源氏內部失和，骨肉相殘的戰鬥一觸即發，義仲隻得以大局為重，把兒子義高送去鐮倉做人質。賴朝也不是傻瓜，知道做事要點到為止，見好就收，立即就退了兵。然而賴朝和義仲這兩大源氏勢力從此產生了矛盾，刀兵相見已經是必然的結果了。
暫時穩定了後方局勢，木曾義仲大舉西進，殺向京都。平氏匆忙從關西調集兵馬，於壽永二年（1183年）四月，派小鬆中將平維盛、越前守平通盛、但馬守平經正、薩摩守平忠度、三河守平知度、淡江守平清房等六人為總大將，部將三百四十餘名，統兵十餘萬，浩浩蕩蕩地向北國挺進，以迎戰木曾的軍隊。
木曾義仲聞訊，絲毫不敢怠慢，立遣六千人馬在越前燧城布置作戰。燧城是通往越前腹地的門戶所在，城池堅固，地勢險峻。為了阻礙敵人進攻，木曾軍在適當的河流交彙點築起了堤壩，使燧城之前出現了一個龐大的人工湖。平氏大軍未曾料到麵前會出現茫茫一片汪洋，沒有準備船隻，隻好駐紮在高阜之處大眼瞪小眼地幹發愁。
負責防守燧城的齋明威儀師是個騎牆派，看見平氏勢大，就寫了封信捆在箭上射入敵營，告知此人工湖的水壩位置，並表示願為官軍內應。平維盛見信大喜，於是暗派精細士卒掘開水壩，排幹湖水，在威儀師的接應下攻破了城池。木曾殘兵向加賀方向撤退，平氏大軍順勢攻破林城和富樫城。平維盛就此看到了戰爭和自己功名利祿的光輝前景，立即寫了一封誇大戰績的書信快馬送入京中。一時間，平宗盛以下平氏一門無不歡欣鼓舞，以為天下行將太平。
然而平氏大軍因勝而驕，在越前耽擱了太長時間，使木曾義仲得以及時將散布在四方的部隊聚集起來，分成七路朝黑阪方向挺進。據說木曾軍總勢五萬，於是平維盛調派了七萬精銳部隊，準備翻越砥浪山與義仲決戰。
義仲識破了維盛以優勢兵力在開闊地區進行主力決戰的計劃，決定避其鋒芒，在無法排布大軍的俱利迦羅穀交鋒。他先命機動部隊趁黑夜趕在兩軍之前衝上黑阪的坡頭，在上麵插了三十麵軍旗，使維盛疑惑不已，不敢輕易在夜間爬過黑阪，木曾軍遂爭取時間布下了埋伏。直到第二天，維盛的部隊才翻過黑阪，出現在他麵前的，是盔明甲亮的二萬木曾軍……
●俱利迦羅穀的晚鍾
日本平安時代的戰爭模式非常死板，裝備也很簡陋。一般情況下，軍隊由大批騎馬或步行的武士為中堅，這些武士身披華麗的大鎧或相對粗糙的胴丸，手持短柄的太刀或長柄的小長刀、薙刀等武器，先以弓箭對射，然後再衝突交鋒。跟隨在武士身邊的是他們的家來，以及從領地上臨時調集來的少量農民，都是步卒，身穿隻能防護前胸後背的簡陋的鎧甲，光著腳，跟隨著主人衝鋒陷陣。
上級武士穿著大鎧，工藝複雜，甲上綴滿了各色絲線，頭盔上還高高豎立著名為“鍬形”的裝飾物，顯得非常華麗，下級武士則隻穿得起簡單的胴丸。但不管是大鎧還是胴丸，基本原材料都是竹木和皮革，因為日本產鐵量很少，所以很少用金屬加固和防護。相對的，日本的武士刀因為材料少而昂貴，曆代都精工打造，代代相傳，卻是相當鋒利的。以如此鋒利的武器，對抗如此薄弱的鎧甲，個人武藝是否高強，就是決定戰爭勝負的重要因素了。
連武士的鎧甲都如此薄弱，那麼普通步卒的鎧甲就更為低劣無用了，而這些步卒也用不起昂貴精良的武器，扛的恐怕都是竹槍。在這種背景下，當時日本根本無法發展出步兵集群作戰，戰鬥模式還停留在野蠻時代的重視個人武力的小規模對決上麵。
當然，即便如此，士氣的高低和智謀的運用，仍是決定戰爭最終結局的決定性因素。且說源平兩軍在俱利迦羅穀附近交鋒，木曾義仲不斷地派遣小隊武士進行挑戰，險峻的峽穀不允許平家大軍發動壓倒性的衝鋒，而且在義仲胸有成竹的挑動下，平家的年輕武士們憤然而起，一個個縱馬出陣同前來單挑的源氏武士廝殺。就這樣，一對一的角力進行了整整一天，當天色昏暗時，義仲早已埋伏下來的部隊趁著夜色繞到了平家軍的背後。
見到義仲發出的信號後，四萬源氏武士一起敲打著箭筒高聲呐喊起來，吼叫聲在山穀中產生回音，如同有數十萬人在同時喊叫一般。平家的武士們萬分恐懼，以為遭到了強大敵軍的合圍，於是四散奔逃。七萬部隊相互擁擠，許多人都被擠入了俱利迦羅穀，剩餘的更因為天色黑暗而無法辨認道路，以為前麵落下穀底的人是找到了一條通往穀外的道路，於是也一隊隊地在大將帶領下朝穀底跳去。源氏武士步步緊逼，俱利迦羅穀附近一片慘狀，淒楚的叫喊聲響徹山穀，如同人間地獄一般。到了早上，七萬平家武士幾乎全部摔死，骨肉糜爛，溪水變赤，平家的許多名將都死在了穀底，隻有維盛和通盛以下兩千人僥幸逃得性命。
此時，在誌保山率領一萬士兵阻擋平氏後續部隊的源十郎藏人行家派人前來，請求木曾義仲迅速救援。義仲聞報後，立刻在四萬士兵中挑選出兩萬人朝誌保山方向疾馳。大概是真的有神靈在佑護義仲，當大軍到達日比渡口時，連平日湍急的河水都變得又淺又平緩，使部隊得以安然渡過。誌保山方向，行家的軍團正在苦苦承受三萬平家部隊的猛攻，義仲見狀，立即帶著尚未從俱利迦羅穀的大勝中平靜下來的兩萬鐵騎衝入敵陣。已經惡戰一天的平家部隊遭到這阿修羅般的部隊猛烈衝擊，全線崩潰，連統軍大將平知度也戰死在了亂軍之中。
從各個方向敗退下來的平家部隊聚集起來，在加賀國的筱原紮下了營壘。追趕而來的義仲軍在五月二十一日辰時趕到筱原，發起了猛烈攻擊。源氏軍隊在一開始就占盡了優勢，而平家軍雖然已經完全處於下風，將領們也知道是必敗無疑，但連連的失敗卻喚起了他們非凡的勇氣，打了一場在這次戰爭中真正值得稱道的戰役。惡戰中，藤原實盛等許多有名的武士都奮勇當先，直至戰死，部下士兵也都紛紛戰至最後一人。戰爭結束後，連身為敵人的義仲也不禁為平家武士的勇氣所感動，從而潸然淚下。
最後能夠活著回到京都的平家士兵隻剩兩萬餘人，平安京中家家帶孝，孤兒孀婦盈街，尋夫攬子的哭號震天動地。平氏一門更是悲傷到了極點，因為他們知道，自己再也拿不出象樣的軍隊來了……
七月二十四日夜半，木曾義仲的大部隊襲近京都，附近各大寺院也一起響應。平氏在派出攻打各大寺院僧兵的部隊後，幾乎連可以用來防守京都門戶宇治川的士兵都拿不出來。內大臣平宗盛狠一狠心，索性集中所有可以調集的平家部隊，擁著隻有六歲的安德天皇和三種神器向九州逃去。
二十八日，義仲進京，解放了後白河院。後白河院欣喜若狂，立刻封義仲為朝日將軍，食邑備後（後來在義仲的授意下改成了伊予），其手下將領們也都得到了豐厚的賞賜。一個月後，後白河院決定立尚在京中的第四子為後鳥羽天皇。
然而，後白河院想要重開院政，麵前卻橫著大山一般的木曾義仲，義仲徹底掌控了京中的權力，後白河院依舊難逃傀儡的命運。掌握了皇室的義仲驕橫異常，部下也紀律敗壞，加上糧草無繼，所以在京都燒殺搶掠無所不為，群眾基礎非常之差。另一方麵，上了台的義仲既沒有給在朝的公卿們什麼好處，也未曾讓各地的豪族們得到任何實惠，結果使得朝野上下都對他側目而視。
出身微賤的義仲在禮儀方麵也是一竅不通，說話粗俗無理。據說他在招待公卿們吃飯的時候，居然使用鄉下人吃飯的大蓋碗，然後將飯盛得高高的，再在上麵鋪上菜，好象在招待家鄉來的窮親戚，這使得平日以風雅自居的公卿們極不高興，心中連番罵他：“鄉巴佬！”
木曾義仲是平安末期的名將，也是日本古往今來第一大老粗。
●宇治川之戰
木曾義仲進入京都後並沒有乘勝追擊，這給了平家以喘息的機會。平氏一門逃到九州，逐步削平與之為敵的地方豪族，重新控製了九州、四國以及一部分的關西地區。閏十月一日，平家展開反攻，並在水島等幾次戰役中，利用水軍的優勢大敗木曾義仲的部隊。義仲聞報大怒，一麵命令駐防部隊死守，一麵率領主力離開京都，前往迎擊。
義仲出擊關西後，早就不滿其所作所為的公卿們在後白河院的唆使下，立即控製了京都的駐防部隊，並頒發院宣，宣布義仲為朝敵。得知後方大亂，身在關西的義仲立率一支偏師返京，平息了這場貴族複辟的鬧劇。在動亂中，法皇和天皇全都逃離京都，正在氣頭上的義仲索性打算自己稱帝。但是，這傻瓜以為法皇要剃光頭，天皇要留茅蓋（最近幾代天皇都還是孩子，所以才要剃這種發型），因此最終還是放棄了，自作聰明的當了個不倫不類的法皇廄舍別當（為法皇養馬的馬夫頭，義仲見有“法皇”二字，以為是很大的官）。
聽說義仲在京都肆意妄為的源賴朝大喜過望，立刻點集兵馬，於第二年（1184年）的正月十一日出兵十數萬，以討伐朝敵的名義向京都殺來。義仲萬萬沒有想到這麼快就大難臨頭，隻好硬著頭皮將手上僅有的五萬部隊撒開在宇治川岸，準備主力決戰。
主持正麵作戰的乃是源賴朝的異母兄弟蒲將軍範賴，配合從側翼進攻的部隊，則由他另一個異母兄弟、源九郎判官義經指揮。這位源義經是非常具有傳奇色彩的人物，據說其母常盤禦前本是天下知名的美人，父親源義朝去世以後，常盤被清盛搶回家去，因此她所生的幾個兒子也都逃得了一條小命。義經本是常盤最小的兒子，當時尚在繈褓之中，等他成長到七歲，清盛勒令將其送去鞍馬寺出家。
平氏萬萬沒有料到，他們對義經的這種處置，為源氏一族培養起一位無與倫比的軍事天才、奇襲戰術的大師。在鞍馬寺，義經不僅得到了家傳的《孫子兵法》珍本，還遇到了鞍馬流兵法及劍術家鬼一法眼，從之修習武藝。
十五歲的時候，義經終於得知了自己悲慘的家世，於是他逃離鞍馬寺，雲遊四方，研修兵法武藝，尋機複仇。傳說其人身材嬌小，皮膚白晰，相貌如同漂亮的女孩一般美麗，在京都五條大橋上，他扮成美女，擊敗了攔阻旅客、為收集千把名刀而戰的惡僧武藏坊弁慶。弁慶以及其他很多在“平治之亂”後失去主家和財產的源氏殘黨，比如伊勢三郎義盛等人，紛紛聚攏在義經的身邊。
當然，這不過是傳說而已，當時的史料則記載說義經身短麵白，露著板牙。
義經後來流浪到了陸奧的平泉。此時統治日本東北廣袤領土的乃是藤原秀衡，是藤原清衡的後代，他依靠新開發的金山擴充財力，在源平兩家中左右搖擺，不肯明確站隊。義經到了陸奧後，據說得到藤原秀衡的熱情款待，還把世代重臣佐藤兄弟（三郎兵衛繼信和四郎兵衛忠信）都送了給他。