據說後醍醐天皇臨終時，左手持法華經，右手持寶劍，並且傳下遺言：“唯願消滅朝敵而致四海太平，縱使埋骨南山，魂魄也要遙望北闕。”他這種勢不罷休的精神，倒也是挺值得讚佩的。
南朝新帝登基，就是後村上天皇，年僅十二歲。且說當時天下局勢，南北朝各占三分之一，餘下三分之一朝秦暮楚，左右搖擺。南朝主要由脅屋義助經營北陸，北畠親房、顯信父子經營關東。興國元年（北朝曆應三年，1340年）九月，斯波高經攻破越前府中，脅屋義助經美濃、尾張，退往伊勢，不久後進入吉野，覲見了後村上天皇。
後村上天皇任命脅屋義助為西國、四國總大將，使其揮師從紀伊走海路挺進四國，在小豆島建立基地。四國豪族紛紛響應，義助很快便控製了大半個四國，同吉野朝廷及在九州奮戰的菊池黨遙相呼應。然而就在這一關鍵時刻，突如其來的疾病奪去了脅屋義助的生命，是為興國三年（北朝康永元年，1342年）五月——四國地區的分裂形勢一直保持到南北朝結束。
而這個時候，主張“東國經營”的北畠親房，正在常陸、房總等地陷入苦戰。先是高師冬率京方軍東進，在小田城下擊敗了北畠親房，隨即小田城主小田治久內通高師冬，迫使親房退往關城，其子北畠顯時退往大寶城。高師冬進攻關城，同時派小笠原貞宗進攻大寶城。興國三年（北朝康永二年，1343年）十一月，因為關東有力豪族結城親朝的策謀，最終兩城都被攻下，北畠父子逃往吉野。
戰火四處燃起，遙遙不知止期。到了正平三年（北朝貞和四年，1348年），楠木正成的兒子楠木正行在河內四條畷戰死，高師直長驅直入，攻陷了南朝的首都吉野，後村上天皇狼狽逃往穴生。到了這個時候，形勢對京方絕對有利，天下眼看就要太平，沒想到，足利幕府內部卻亂了起來……
●北朝觀應之亂
足利尊氏於延元元年（1336年）開設幕府以後，設置關東管領以統治關東地區，設置奧州探題以統治奧羽地區，設置九州探題以統治九州十一國，都派同族擔任。然而，幕府的實際權力卻操持在執事高師直和侍所頭人高師泰這對兄弟的手裏。
武士們擁護足利尊氏造建武朝廷的反，是為了把土地和政權重新從公家和貴族手中搶奪過來，建立一個全新的甚至比鐮倉幕府更為強大的武家政權。然而南北朝對峙開始以後，足利尊氏為了更大限度地維持內部安定，拉攏友方勢力，被迫對公家和貴族做了部分妥協，他延遲了地方上從莊園製向領主製的演進過程，限製豪族們的權力擴張，仍然擁戴京都朝廷，並且保護支持自己的公家和貴族們占有土地。
這種種舉動必然會引起相當數量激進派武士，尤其是僻遠鄉下，根本不在乎天皇和朝廷為何物的武士們的反感，而這一類武士的代表人物，就是高氏兄弟。
高師直仗著幕府所擁有的強大兵力，根本就不把皇室放在眼中，傳說他曾經講過這樣的話：“在京都有叫做天皇的，擁有大量領地，還有叫做內裏和院的禦所，讓他下台比較困難。如果一定要有天皇的話，那麼可以用木來雕，用金來刻，而把真的院和天皇流放到任何地方去，免得礙事。”高師直的弟弟高師泰則指示部下說：“嫌恩賞數量太少嗎？身邊如有寺社和本所的領地，可以越境占用嘛。”
受到高氏兄弟的支持和慫恿，許多幕府的有功之臣肆意妄為，惹得足利尊氏大為頭疼。比如美濃守護土岐賴遠某次來到京都，在大街上遇見了光嚴院的禦駕，衛士們高呼讓路，土岐賴遠竟然高呼道：“什麼院駕在此？或許你說的是犬駕。若是犬駕，我便射他一箭。”當真拉弓放箭，射掉了院駕的車簾，還命令手下把隨駕的公卿們暴毆了一頓。
身為最高統治者，足利尊氏對這種行為不能不聞不問，否則傀儡北朝就根本無法控製，自己也就失去了大義名分。然而當真處罰這些有功之臣吧，又怕會冷了武士們的心，終究打天下、滅南朝靠的不是院駕，不是公卿，而是這些不懂規矩的鄉下武士們。
足利尊氏能忍，他的弟弟足利直義可忍不了了，與高氏兄弟間的矛盾日益加深。直義跟隨尊氏起兵，論功勳不在高氏兄弟之下，論人望和名分更要遠高於高氏，所以尊氏對其頗為忌憚。可以這樣認為，雖然直義就立場來說是站在尊氏這一邊的，但出於政治利益考慮，尊氏想要除掉直義之心卻要強過想要製約高氏兄弟之心百倍。
且說北朝康永、貞和年間，高氏在關東戰敗了北畠親房，隨即在河內四條畷殺死楠木正行，攻陷了南朝的大本營吉野，功勳卓著，聲威煊赫。為了製約高氏的勢力，正平四年（北朝貞和五年，1349年）足利直義派養子直冬前往主持中國地區的軍事，就任長門探題，同時利用畠山直宗和上杉重能的讒言，把高師直從執事位置上扯了下來——這當然會引起高氏的強力反彈。
足利直冬本是尊氏與侍妾所生的庶長子，被直義收為養子，並下賜“直”字。他受命走到備後國的鞆津地方，突然遭遇高師直部下的襲擊，被迫遠遁九州。高師直兄弟本是天不怕地不怕的悍將，於備後襲擊了直冬後，回過頭來又聚集一族郎黨襲擊足利直義。在這次事件中，尊氏明顯偏袒高氏，結果畠山直宗和上杉重能被殺，直義被迫於當年十二月出家入道，聲稱遠離俗世的紛爭，放棄俗世的權力。
足利直義身在京都，不敢不暫時委曲求全，逃到九州的足利直冬可就沒那麼聽話了，他很快回歸中國地區，召聚黨羽，隨時有東進報仇之意。於是次年（1350年）六月，高師泰向足利尊氏求得了討伐直冬的詔書，親率大軍離開京都向西進發。
兩軍接戰，高師泰一時敗績，退回京都。當年十月，足利直冬統率大軍殺到京都郊外，其父直義趁機逃往大和，掀起了反旗。為了能夠在與高氏的對決中穩占上風，直義幹脆背棄兄長尊氏的陣營，主動提出歸降南朝。後村上天皇喜不自勝，立刻答應了他的請求——是年為正平五年（北朝觀應元年，1350年），幕府一分為二，史稱“觀應之亂”。
觀應之亂延續的時間並不算長，正平六年（北朝觀應二年，1351年）元月，直義派的桃井直常率北國兵馬南下，和足利直義兩麵夾攻京都，足利尊氏與高氏兄弟被迫逃往丹波和播磨。尊氏一看情況不妙，於是以勒令高氏兄弟出家為條件，提出和兄弟直義和談。高師直和高師泰在被押往京都的途中，於攝津被上杉能憲所殺——能憲是上杉重能的養子，他可算是為父親報了血海深仇了。
然而雖然送掉了高氏兄弟的性命，尊氏和直義間的和談最終還是破裂了。當年八月，足利直義被迫逃往北陸。十月，尊氏歸降南朝，並且取得了追討直義的詔命。次月，北朝崇光天皇被廢，莫名其妙的，天皇朝廷又名義上歸於一體了，史稱“正平一統”。
●南北朝的終結
足利直義重整旗鼓後，於正平六年（1351年）十一月殺回關東老家，奪取了鐮倉。足利尊氏與其子義詮匆忙調集大軍征討，於足柄山擊破直義軍，次年（1352年）元月收複了鐮倉，直義被擒。關於足利直義的下場，有兩種說法，一說是於本年二月被足利尊氏毒死，一說是次年（1353年）得急病而死。
足利尊氏一看幹掉了兄弟直義，再度翻臉不買南朝的帳。南朝以宗良親王為征夷大將軍，率領新田義宗、新田義興、脅屋義治等將東下，和尊氏反複爭奪鐮倉，鏖戰不休。當年八月，彌仁王繼立為北朝天皇，稱後光嚴天皇，一天兩帝局麵重現。
足利幕府經過觀應之亂後實力大損，相對的，南朝一度恢複統一號令，又得到足利直冬等直義殘黨的支持，開始逐漸占據上風，在山名時氏、楠木正儀、足利直冬、桃井直常等將統率下，南朝軍隊曾經先後兩次攻入京都。
正平七年（北朝文和四年，1355年）三月，足利尊氏、義詮父子擊敗南朝軍隊，收複京都。從這一年開始，南朝軍隊節節敗退，京方重新占據了優勢地位。三年後（1358年）四月，足利尊氏死於京都二條的萬裏小路邸，享年五十四歲，結束了他動蕩播亂的生涯。
足利尊氏子義詮接任征夷大將軍，繼續展開對南朝的進攻。此後的戰爭，混亂得幾乎無法理清脈絡，更無法用語言來形容，反正南北雙方都是外戰和內亂不斷——既然連幕府將軍都一會北朝一會南朝，那麼地方武士朝秦暮楚、朝降暮叛，也都可以理解了。計南朝方先後叛變的主要將領有大內弘世、楠木正儀等等，幕府方先後叛變的主要將領有仁木義長、細川清氏等等。
戰亂產生了大量失去土地和主家的武士，他們在日本再無立錐之地，遂淪為盜賊，甚至渡過蒼茫大海，前往朝鮮半島和中國大陸燒殺搶掠——這就是所謂“倭寇”的開端。正平二十二年（南朝貞治六年，1367年），高麗國王派遣使者來到京都，要求北朝和幕府恢複秩序，嚴禁倭寇。正平二十四年（南朝應安二年，1369年），剛剛建國的明太祖朱元璋派遣使臣七人來到九州，向南朝的征西將軍懷良親王遞上國書，國書內容主要是譴責倭寇，並希望通商友好。懷良親王殺死了使臣中的五人，扣留楊載、吳文華三個月後，才寫下一封言辭桀驁不訓的回書，交予兩人帶回。
這大概是受了文永、弘安之役元軍來襲的影響，一方麵懷良親王並不了解大陸局勢，不知道這個明朝和以前蒙古人所建的元朝有什麼關係，另方麵也基於前車之鑒，堅決不能向外來“侵略者”低頭服軟。朱元璋看了那封回書，大概會哭笑不得吧，於是他在次年（1370年）再派趙軼出使日本，說明自己所代表的並非蒙古人而是漢人，懷良親王這才恍然大悟，立刻好禮款待，並且上表稱臣。
不過關於倭寇問題，日本內部還在打個不休，哪有閑功夫去處理？況且，倭寇的起因正是因為戰亂，戰亂不止，就算嚴剿倭寇，嚴禁船隻下海，也是無法徹底解決這一問題的。倭寇對高麗和明朝的沿海騷擾日益嚴重，朱元璋大怒，遂於明洪武十六年（1383年）斷絕了和日本的貿易關係。
南北朝誰都吃不了誰，第二代幕府將軍足利義詮遂嚐試用和平方式完成統一，派人多次赴南朝談判。然而兩朝要並合為一，存在著一個極大的前提，那就是隻能剩下一位天皇，義詮當然支持北朝，而南朝的曆代天皇也都不願意讓出寶座，因此談判最終還是以破裂收場。
到了正平二十二年（北朝貞治六年，1367年）年底，足利義詮去世了，傳位給其子義滿，次年（1368年）十二月，足利義滿正式補任征夷大將軍。足利義滿時代，京方在軍事上又有了長足的進展，一度攻陷南朝的天野行宮，而南朝名將如宗良親王、北畠顯信等先後去世，楠木正儀降伏，已經日薄西山，再難複振了。
就在這種背景下，雙方的談判終於獲得成功，元中九年（北朝明德三年，1392年）閏十月，南朝後龜山天皇離開吉野，在將神器交付給北朝的後小鬆天皇後，體麵地遷往嵯峨大覺寺隱居——南北朝時代就此終結了。
●細川賴之和足利義滿