京方的足利幕府，所以能夠最終取得南北爭亂的勝利，很大程度上得益於足利義詮對在鄉武士和各地守護的妥協讓步。正平七年（北朝文和元年，1352年），足利尊氏以其子義詮的名義發布了“半濟法”，即允許守護以征收“兵糧米”為名，獲取屬於公家、貴族和寺社莊園的一半年貢。這一政策最早在近江、美濃和尾張三國執行，足利義詮當政時逐漸擴大到北朝所控製的所有領地。
根據這一法令，各國守護得以加強對領內莊園的控製，能夠更有效地把莊園武士征召從軍，同時更有效地把在鄉武士團結在自己身邊，軍事實力逐步增強。正是靠著這一點，京方軍隊才得以在義詮和義滿時代不斷取得輝煌戰果，最終把南朝逼得無路可走，隻好乖乖交出神器，讓出政權。
當然，這種莊園經濟向守護的領國經濟轉化的趨勢，強化的隻是作為整體的京方，而非足利幕府本身，這柄雙刃劍在消滅了“朝敵”以後，反過來也砍向足利幕府將軍，這卻是尊氏、義詮兩代都根本無法預料的。到了足利義滿時代，很多家族身兼數國守護，軍事力和政治影響力都足以威脅幕府統治，義滿費盡畢生心力，也終究無法徹底解決這一問題。
且說這位足利義滿將軍，倒也算是一代雄主，他繼任幕府將軍的時候年僅十一歲，掌握實權的乃是執事細川賴之。細川氏本是足利氏的同族，細川俊氏生公賴、賴貞兄弟，賴貞有三子，其一就是前文提到過的大名鼎鼎的細川定禪，公賴也有三子，並為足利尊氏麾下大將，是為細川和氏、細川師氏和細川賴春——細川賴之是賴春之子。
正平十六年（北朝康安元年，1361年），由於受到佐佐木高氏（道譽）的挑撥，細川和氏之子清氏投降南朝，隨即殺入京都，迫使足利義詮和後光嚴天皇逃往近江。次年（1362年）七月，細川賴之在讚岐白峰城大敗細川清氏——清氏或許就歿於是役，總之從此消失了蹤影。因為戰功，賴之節節攀升，最終成為幕府執事，並且足利義詮臨終前，也把年幼的兒子義滿托付給了他。
足利義滿前期的對南朝戰爭，基本上都是由細川賴之在指揮。他先是任命今川貞世（了俊）為九州探題，貞世在大內義弘的協助下，打敗菊池武朝等南朝武將，基本控製住了九州的局麵。其後，細川賴之誘降楠木正儀，隨即以正儀為先鋒，以弟細川賴元為總大將，突襲南朝的天野行宮，將南朝軍隊主力消滅殆盡。
細川賴之最強有力的政治對手是斯波高經之子斯波義將。斯波高經原本是直義派武將，後跟隨足利義詮，因此義將一度出任幕府執事，當時的斯波一門權勢熏天，這就引起了有“婆娑羅大名”（此處的“婆娑羅”，指特異而華麗的穿著）之稱的佐佐木高氏的憤恨。在高氏的讒言中傷下，正平二十一年（北朝貞治五年，1366年），足利義詮解除義將的執事職務，隨即發兵討伐斯波父子——是為“貞治之變”。斯波父子逃往北陸，不久高經病死，義將複歸幕府。
此後，斯波義將討平占據越中的南朝名將桃井直常，勢力逐漸恢複。到了天授四年（北朝永和四年，1378年），細川賴元等進攻南朝的領地和泉、紀伊，遭到慘敗，隨即代其為將的斯波派山名氏清、山名義理卻成功攻取上述兩國。從此細川賴之的聲望大跌，於次年（1379年）閏四月被趕下了台。斯波義將再任執事，發兵討伐細川賴之。
其實細川賴之的去職，並非僅僅因為斯波派的打擊，很大原因在於將軍足利義滿已經成年了。義滿亟待擺脫細川氏的陰影，樹立自己的權威，把幕政完全掌握在自己手中。執事斯波義將的能力和威望都不如細川賴之，從此義滿就可以敞開手腳，進行自己的政治改革了。
一方麵，足利義滿繼續打擊南朝的勢力，並最終完成了南北統一，另方麵，他想盡辦法提高將軍家的威信的實力，壓製在長年混戰中日益龐大的地方勢力。可以說，如果沒有足利義滿執著不懈的努力，或許南北朝的亂世還將無休無止地延續下去，而足利將軍家將隻是北朝諸侯們名義上的盟主，室町幕府根本就無法被稱為是一朝完整意義上的武士政權。
●明德之亂
天授四年（北朝永和四年，1378年），幕府將軍足利義滿在京都的室町地方修建了一所華麗的宅邸，因為院中遍植花卉，人稱“花之禦所”——這就是足利幕府又被稱為室町幕府的緣由。
元中九年（北朝明德三年，1392年），南朝體麵地交出神器，結束分裂局麵，是基於以下四個條件：一、後龜山天皇向北朝小鬆天皇讓渡三種神器，其儀式不是投降，而是授予；二，今後的皇位仍由持明院和大覺寺兩統交替繼承；三，諸國國衙由大覺寺統管理；四，長講堂領由持明院統管理。
條件非常優越，今後兩統不要再搶著當天皇，仍然大家有份，並且就算你暫時沒能輪上，也還有自己的領地，吃穿不愁。既然麵子有了，裏子也有了，勢窮力蹙的南朝又有什麼理由不答應呢？
然而，足利幕府最終卻並沒有兌現自己的承諾。到了應永十九年（1412年），後小鬆天皇讓位給年僅十二歲的東宮實仁親王，是為稱光天皇。十六年後，稱光天皇去世，沒有子嗣，於是大覺寺統的小倉宮謀為天皇，因為得不到幕府允準而遁往伊勢，在大名北畠滿雅的支持下舉兵叛亂。最終叛亂被平定下去，持明院統的彥仁親王被擁上寶座，是為後花園天皇。大覺寺統從此就與皇位無緣了，此後的曆代天皇都屬於北朝光嚴、崇光天皇的嫡係後代。
後話暫且不提，且說足利義滿的所謂“治世”。本來京方早有機會吞滅南朝，偏偏京方內部紛爭不休，各國守護日益坐大，時常發動叛亂，威脅幕府統治，甚至一個搞不好還倒向南朝，導致局勢瞬間扭轉。足利義滿畢生都在和這些守護勢力做鬥爭。
首先是元中七年（北朝明德元年，1390年）的“土岐氏之亂”。土岐氏出自源氏，一門總領土岐賴遠曾任美濃守護，因為衝撞了光嚴院的禦車而被足利直義下令斬首。但是賴遠本人功勳卓著，因此在他被處刑後，諸將求情，幕府允許其侄賴康繼承家業。到了足利義滿時代，土岐賴康擁有美濃、尾張、伊勢三國守護職，聲威煊赫，這當然會引起義滿的警惕。
土岐賴康沒有兒子，就撫養侄子康行和滿貞作為繼承人，等他死後，年長的康行成為一門總領。土岐滿貞心懷不滿，就向足利義滿進讒言說康行有謀反的企圖，義滿正中下懷，於是下詔討伐土岐康行。
可惜足利義滿並沒有胃口一舉將濃、尾、勢三國吞下，戰爭的結果，隻是勒令土岐康行將美濃守護職交給其叔父賴忠，把土岐氏一分為二，暫時遏止了其勢力的發展而已。
第二年（1391年），擁有七國守護職，在四國和山陽道都舉足輕重的細川勢力卷土重來，斯波義將被迫辭去執事，讓給細川賴之的養子細川賴元。這是當年四月的事情，隨即十二月就爆發了“明德之亂”。
“明德之亂”的主角是山名氏。山名氏本是新田氏的分支，但他們沒有追隨新田義貞，而是跟了足利尊氏，屢立戰功，到了山名時義當家的時候，全族執有丹波、丹後、因幡、伯耆、美作、但馬、出雲、隱岐、備後、和泉、紀伊等十一國守護職，因為全日本才不過六十六國，故此人們都尊稱山名時義為“六分之一殿”。
元中六年（北朝康應元年，1389年），山名時義去世，其子時熙繼承了一門總領之職。山名氏同族的丹波、和泉守護氏清與丹後、出雲守護滿幸為了爭奪家督之位，在足利義滿麵前進時熙的讒言。於是義滿遂於次年（1390年）命令山名氏清、滿幸討伐山名時熙及其弟氏幸，並且承諾說：“如果成功，就將時熙兄弟的守護國賞賜給你們，但馬給氏清，伯耆和隱岐給滿幸。”義滿很想趁著這個天賜良機一舉擊垮山名本家，所以還給蟄居讚岐的細川賴之寫了密信，要他從四國出兵，協助平定備後。
山名時熙兄弟猝不及防，戰敗被迫隱居，足利義滿削弱山名氏的計劃完成了第一步，而細川賴之也因此功勳，得以重新參與幕政，其子賴元繼任為將軍執事。下一步，足利義滿準備把下野的時熙兄弟再扛出來，反過來利用他們去打擊得勢的山名氏清和山名滿幸。於是元中八年（北朝明德二年，1391年）十一月，借口山名滿幸侵奪後元融院在出雲橫田莊的禦料地，突然解除其丹後守護一職，並下令追放。山名氏清、滿幸被迫舉兵叛亂，於十二月間率領五千兵馬直逼京都。
足利義滿親率直屬武士“奉公眾”及在京各大名的軍隊，總數估計近萬，前往討伐。在大內義弘、細川賴之、畠山基國等守護的奮戰下，山名軍很快就全線崩潰，山名氏清戰死，滿幸逃亡——是為“明德之亂”。戰後，造反的山名氏被全數剝奪了領地，而站在幕府方的山名時熙兄弟隻討回了但馬、伯耆、因幡三國——“六分之一殿”的後代，勢力萎縮了七成還不止。
北畠親房和《神皇正統記》
北畠親房出自村上源氏，鐮倉初期的政治家源通親是其祖先。後醍醐天皇初繼位時，就有三位重要的臣子輔佐他並推進複興皇室、推翻鐮倉幕府的改革，此三人即為吉田定房、萬小路宣房和北畠親房。後醍醐天皇召禪僧玄惠入宮講解朱子學，北畠親房也就拜在玄惠門下，他可以說是推動日本朱子學發展成型的重要代表。
後醍醐天皇非常信任北畠親房，他有意立次子世良親王為嗣，就把世良親王托付給親房教導。然而元德二年（1330年），世良親王突然病逝，北畠親房因此引咎出家，法號宗玄。
元弘三年（1333年），鐮倉幕府滅亡，六月，後醍醐天皇回到京都，隨即任命北畠親房的兒子、年僅十六歲的北畠顯家為陸奧守，輔佐義良親王鎮守東北地區，親房也跟隨其子去到了陸奧。足利尊氏發動叛亂，南北朝開始以後，親房提出“東國經營”的策略，親自前往關東地區，想要分化瓦解跟隨足利尊氏兄弟起兵的關東豪強們。
從延元三年（北朝曆應元年，1338年）直到興國四年（北朝康永元年，1342年），北畠親房一直轉戰關東各地。然而他的努力卻是徒勞的，建武新政早就寒了地方武士的心，關東豪強紛紛內通足利氏，親南朝的據點被逐一拔除，北畠親房最終被迫回歸吉野。此後他跟隨在後村上天皇身邊，繼續指揮對京方的戰鬥，正平九年（北朝文和三年，1354年）病歿於賀名生，享年六十二歲。
就在轉戰關東的那五年中，北畠親房完成了他的重要著作《神皇正統記》。這是一部以朱子學為指導思想，以朱熹的《通鑒綱目》為模本的史書，記述從所謂“神代”直到南朝後村上天皇繼位這千餘年間的曆史，更明確點說，是這千餘年間的天皇史。親房在書中宣揚“大義名分”，筆誅“亂臣賊子”，主張天皇必須擁有三種神器，並且具備神器所對應的正直、慈悲、智慧這三種道德，而公家、武士們則應當遵守傳統秩序輔佐天皇，這樣才能使政治穩定，社稷安康。
《神皇正統記》係統地闡明並且發展了傳到日本的朱子學，將許多神道內容也糅合其中，宣揚日本“肇國悠久”、“皇位神聖”。可以說，北畠親房的這種思想是近世日本神國體係以及在此基礎上產生的軍國主義思想的濫觴。