左宗棠盡心盡力地輔佐駱秉章，度過了近六年的幕賓生活。在這六年的時間中，他協助駱秉章辦了三件大事：
第一大事，是為湘軍作戰出謀劃策，並籌措後勤供應。
在湖南巡撫衙門，左宗棠協助駱秉章\"內謀守禦，外籌軍實\"。當時，廣東、廣西都有天地會農民武裝暴動，而太平軍則在湖北固守武昌、漢陽。為穩固湘南，左宗棠通過巡撫調湘勇五百人會合遊擊周雲耀駐軍江華，以防廣西之敵；另調李輔朝率楚勇九百人會同知府王葆生駐紮宜章，以防廣東之敵。後又增派江忠濟赴臨武，會同李輔朝防守郴州、桂陽州，王錱部會同周雲耀防守永州，從而加強了湖南南部的防務。
同時，又奏調貴東道胡林翼駐防嶽州，以固北路。除調兵遣將，穩固防守外，左宗棠另一個著眼點就是軍械建設，經過籌劃，長沙開始設局製造船炮，實際負責人是黃冕等，左宗棠則代表巡撫親自督促。製造局除造船外，還創製了一種熟鐵炮，共鑄成百尊，炮彈有半斤重，射程達四五華裏，被稱為\"利器\"。
八月二十三日，湘軍占領武昌，並順流而下，攻占興國、大冶、蘄州，再敗太平軍於田家鎮，十一月中旬，直抵九江城下。此時的曾國藩躊躇誌滿，大有飄飄然之概，而在後方的左宗棠則頭腦比較清醒，多次給曾國藩寫信，讓他小心謹慎，戒驕戒躁，但曾氏不以為然。後來左宗棠寫信給王錱說：\"東征大局為天下所仰望。自複嶽州以後，直搗潯陽，節節得手，軍威大振，然將士之氣漸驕，主帥之謀漸亂，弟嚐貽書戒之，而不我察也！\"
果然，形勢很快就發生了變化。為挽回不利局麵，太平天國翼王石達開率援軍兼程西進，並抓住湘軍\"將士皆驕\"\"兵力分散\"弱點，封鎖湖口，把湘軍水師截為兩段。十二月二十五日，就是1855年2月11日夜半，太平軍輕舟逆流而上，在九江江麵擊毀湘軍戰船百餘艘，連曾國藩的座船也被俘獲，幸虧曾國藩當時在另一艘舢板船上，得以幸免。
鹹豐五年秋，就是1855年，太平軍三萬人自安慶西上，進援武昌。十月，石達開由湖北入江西，連克多座縣城，並於六年二月中旬占領戰略要地樟樹鎮，該地在當時被稱為\"兩岸之關鍵，省城之咽喉\"，曾國藩固守南昌，惶惶不可終日。
為了解救曾國藩，左宗棠向駱秉章建議：
賊不得誌西北，欲且逞於東南，江西一有蹉跎，則江、浙、閩、廣皆為賊有，而湖南亦危，東南大局不可問矣！以時局論，固無有急於援江西者。
駱秉章完全讚同這一意見，於是，左宗棠提出了一個\"三路援贛\"的計劃：
南路由酃縣、茶陵攻吉安；中路由瀏陽、醴陵攻袁州；北路由平江攻義寧，就是後來的江西修水，取瑞州，就是後來的江西高安。
這樣全線出擊，是考慮到當時湖南的兵力不足以支撐三麵出擊的狀況，是想迅速打開局麵，避免戰鬥曠日持久。駱秉章隻能抽調五千人援贛，這支援軍由即選道劉長佑指揮，兵分兩路：以州同蕭啟江之\"老湘營\"出瀏陽，劉長佑自率\"楚勇\"出醴陵。
援軍於鹹豐六年正月二十三日，就是1856年2月28日，從長沙出發。此時的左宗棠也因\"接濟軍餉功\"，晉升為五品的兵部郎中，賞戴花翎。
二月，劉長佑攻占萍鄉。四月底，蕭啟江攻占萬載。十一月底，劉長佑軍在圍攻五個月後占領袁州，就是後來的宜春。此時，駱秉章又按照左宗棠的三路進兵之策，開辟南線戰場。命曾國藩之弟曾國荃率四千人自萍鄉取道安福，南趨吉安。隨後又調蕭啟江部將劉培元一軍交其指揮。十二月，複命趙煥聯一軍自茶陵攻永寧；佘星元自酃縣攻永新；劉拔元、胡兼善等攻崇義、上猶。
當時，太平天國正值\"楊韋事變\"之後，元氣大傷，但石達開回朝輔政後，基本上穩定了不利的軍事形勢。石達開深知江西在戰略上的重要性，要求各部\"謹守江西\"。
太平軍以瑞州、臨江、撫州為進攻南昌的三大據點，這三座城市分別位於南昌以西、西南和東南方向，控製錦江、袁水、旴江三條水路，再加上贛江上遊的吉安被稱為掌控江西的四座軍事重鎮，瑞州、臨江更被視為江西的根本。
所以左宗棠認為援贛湘軍的主攻方向應該是臨江、瑞州一線：\"攻臨、瑞乃顧江西大局\"，\"為江西起見，原為天下大局。為天下大局起見，則江西不可不援，為江西大局起見，則臨江不可不複\"。
鹹豐七年正月，就是1857年，劉長佑出新喻，蕭啟江出上高，合擊臨江。但劉長佑在臨江西南太平墟遭大敗，將士死傷甚多，劉長佑走投無路，想引刀自殺，被部下劉坤一阻止，收拾殘部退守分宜。
左宗棠認為此役事關重大，不僅江西大局難保，就連湖南也處於危急之中。為挽回頹勢，在左宗棠的策劃下，駱秉章一麵調江忠義所練新軍千人充實劉長佑部；一麵急調王錱部\"湘勇\"三千人入贛。為遊擊之師。五月，王錱部東渡贛水，援吉安，與太平軍戰於永豐、寧都、廣昌一帶。
湖南派出的援贛之師總數不過一萬六千餘人，兵力有限，且又分道出擊，戰線太長，很難取得成效。為擺脫被動地位，左宗棠又提出\"以守為戰\"的策略。他寫信給王錱說：
其築老營也如城然，取其小而固，多開槍炮眼，多置槍炮，專主守。其分兵四出也，務乘機蹈瑕，相機策應，專主戰。城賊如撲營，則槍炮以轟之，亦如我之攻城，必傷精銳也。賊如圍營，則遊兵回援，可以夾擊；賊如分股遊掠，吾亦分兵應之，是我常有爭鋒逐利之事，得反客為主之勢，不強於老對堅城、求戰不得哉！
這一策略的核心是\"反客為主\"，扭轉頓兵堅城，久攻不克的不利局麵，變被動為主動。八月，王錱病死樂安，其部由張運蘭、王開化繼統。
鹹豐七年五月，就是1857年，太平天國領導集團再一次發生分裂，石達開因洪秀全猜忌，出走安慶，別樹一幟。當時，太平軍將領陳玉成正在湖北黃梅一帶與清軍鏖戰，左宗棠擔心石達開會全力進攻湖北，但出乎左的意料，石達開竟於八九月間自安慶南下建德入江西，並沿鄱陽湖及贛江繼續南進，十月，抵吉水，聲勢大振。