麵對太平軍在江西的淩厲攻勢，左宗棠仍堅持\"以守為戰\"，他寫信給前線將領趙煥聯說：\"賊勢雖張，然果能力扼贛河，亦豈能飛渡哉！\"十五日，張運蘭一軍渡贛江，守吉水，擊敗石達開，太平軍轉而東向。
隨著戰事的推進，左宗棠的軍事才幹終於引起了朝廷重視。鹹豐七年五月，皇帝在一道\"上諭\"中谘詢駱秉章\"現當軍務需才，該員素有謀略，能否幫同曾國藩辦理軍務？\"駱秉章不願宗棠離開左右，就以\"湖南軍事方急\"為由，奏請留湘。
這一次皇帝專門下詔垂詢，讓左宗棠頗為得意，認為是\"曠世難逢之奇遇\"。駱秉章為留住人才，也極力籠絡左，除政務、軍務的信任外，還會同湖北巡撫胡林翼用白銀五百兩在長沙司馬橋購住宅一所送給左宗棠，讓他擺脫了\"賃屋而居\"的生活。
鹹豐八年，就是1858年，由於駱秉章的奏保，左宗棠還被賞加四品卿銜。其實，清廷加左宗棠四品卿銜，實則是胡林翼賄賂肅順買來的。有材料記載說：
昔胡文忠以四萬金賄肅順，求賞左文襄四品卿督師，於是中興之基定焉。
鹹豐八年二月，就是1858年，石達開由上饒經玉山進入浙江。左宗棠立即複函胡林翼，代籌\"保浙之計\"。他建議派楊載福率水師赴鎮江，入常州，泛太湖，直抵杭州；另谘請督辦江南軍務和春派兵援浙；江西則調李續賓部東援。但石達開無意經營浙江，於七月由浙入閩，九月，複西上贛南。
鹹豐九年二月，就是1859，石達開由贛南分兩路入湖南，連克郴州、桂陽、嘉禾，北上祁陽，進圍衡陽。駱秉章十分緊張，認為\"倘不能迅速剿除\"，\"東南大局且將不可複問\"。這當然也是左宗棠的擔心，他平日最怕石達開，認為石達開\"狡悍著聞，素得群賊之心，其才智出諸賊上。而觀其所為，頗以結人心、求人才為急，不甚傅會邪教俚說，是賊之宗主而我之所畏忌也\"。對石達開的這一分析是相當中肯的，可見左宗棠在\"知己知彼\"上很下了一番功夫。
對石達開率軍入湘，左宗棠不敢掉以輕心。他飛檄各府、縣，火速征集軍隊，一月之內調集四萬餘人，擇隘設守。當時太平軍克嘉禾，掠祁陽，圍永州，就是後來的零陵。左宗棠料定石達開定會進攻寶慶，於是調田興恕軍守寶慶，蕭啟江軍從江西回師湘東的茶陵、攸縣，另派佘星元、楊恒升、李金晹各軍赴永州。
三月，劉長佑至永州督戰，太平軍走祁陽，克東安。四月，太平軍趨寶慶。其時，邵陽守軍已有水陸一萬三千人，由於各部\"進止不一\"，缺乏統一指揮，左宗棠曾向駱秉章要求親赴前敵籌度，但駱秉章沒有同意。石達開圍攻寶慶達兩月餘，不能得手，遂於七月退入廣西境內。
左宗棠協助駱秉章辦的第二件大事是改革賦稅征收辦法，積極籌措軍餉。
對籌措湘軍軍餉，左宗棠可算是嘔心瀝血，後來他的兒子左孝同在《先考事略》一文中說：
湖南一貧弱之區，支五省兵事，羽檄交馳，兵餉兩絀。籌餉以抽厘、減漕為大端，尤瘁盡心力，減漕事，發端湘潭周君煥南，其時排群議以定章程，府君實主之焉。
當時，湖南征收賦稅十分混亂，地方官吏任意聚斂，民間實際負擔很重。據駱秉章的奏報說，\"地丁\"稅正銀本來隻征一兩，可實際卻要征數兩，\"漕米\"本隻征一石，實際則征數石，而且名目繁多，全憑書吏意誌辦事。隨著銀價飛漲，百姓實際負擔更重。以前一兩白銀折合銅錢一千文，後漲到二千三四百文，而農民納稅必須使用白銀，無形中實際負擔增加了一倍多。
鹹豐五年，就是1855年，湖南收成較好，一石穀米僅值錢四百文，農民賣穀換錢，再以錢易銀，五石穀才得銀一兩。這樣，有田百畝的地主，所繳錢糧就占到租穀的五分之一。這不但加重了農民的負擔，也損害了地主的利益，並給湖南籌集軍餉造成困難。像湘潭這樣的上等縣份，鹹豐四年，就是1854年，隻收銀四千餘兩，鹹豐五年，就是1855年，到了七月份還\"未見征納\"。就在這一年，湘潭舉人周煥南到省城布政使衙門，要求核定征收錢糧章程，竟被押送回縣。
同年十月，周煥又到長沙遞呈稟帖，提出自願將地丁稅每兩加四錢，\"漕米折色\"除照戶部章程每石納銀一兩三錢外，還加納一兩三錢以\"助軍需\"，另加納銀四錢，充作縣裏的費用。周煥南之所以提出這種要求， 無非是想把\"法定\"賦稅之外的附加稅固定化，以防無休止地加派。
左宗棠了解情況後，不顧某些官員的反對，勸說駱秉章采納了周煥南的建議。鹹豐七年，就是1857年，湖南首減湘潭浮折漕糧，定軍需公費，以前\"私取十五者率改為公取一\"，通過\"漕章\"改製以後，\"歲增銀二十餘萬，民乃得減賦數百萬\"。這樣，不但調整了地主階級內部的緊張關係，也暫時緩和了本已十分尖銳的階級矛盾，同時還使近於枯竭的餉源寬裕了。
籌餉的第二個辦法是\"抽厘\"。為鎮壓農民起義，清政府用去的軍費，到鹹豐三年，就是1853年，這年六月累計已近三千萬兩，其時庫存僅僅隻有二十二點七萬餘兩。這樣一筆數目，甚至連當年七月份的軍餉都發不出去。為支撐這岌岌可危的局麵，清政府不得不采取預征、賣官、捐輸等辦法，並開始征收\"厘金\"。所謂厘金就是一種商業稅。
鹹豐三年，就是1853年，太常寺卿雷以首先在揚州仙女廟試行，以後，曾國藩在漢口抽厘，隨即湖南於鹹豐五年，就是1855年，這年四月開設厘金局，由郭崑燾主持總局事務，左宗棠極力讚助，左氏後來在寫給朋友的信中說：\"其時湖南厘局紛起，弟創為布署。
鹹豐六年，就是1856年，這年四月， 湖南郴州、宜州設局抽起鹽厘、貨厘，接著又在嶽州及各府遍設厘局，每年可收厘金稅八九十萬至一百一二十萬不等，大大緩解了湖南的兵餉不足。
厘金的實行固然暫時挽救了清廷的財政危機，但它是一種沉重的經濟勒索，不但加重了人民的負擔，也阻礙了商品經濟的發展，不良後果是嚴重的。
對左宗棠在駱秉章幕府所起的作用，《湘軍記》作者王定安有如下一段評語：