左軍這一勝利，鞏固了祁門後路，曾國藩大喜過望，他在家信中說：
凡祁門之後路一律肅清，餘方欣欣有喜色，以為可安枕而臥。
左宗棠乘勝向東追擊，由德興南下，進至廣信，就是後來的上饒。
四月，太平軍將領李遠繼、胡鼎文由池州進占皖南的建德，並進入江西饒州府境。五月初七日，左宗棠率部從廣信北返，回到景德鎮，敗李、胡部太平軍於饒州鬆樹嶺。二十二日，左軍王開化、黃少春部占領建德。未幾，左宗棠因功晉升為正三品的太常寺卿，幫辦軍務。
六月初二日，左宗棠留軍守景德鎮，自率四千人東進，移駐皖南婺源。此時，左宗棠全軍已增至七千餘人，但麵臨兩大困難：一是軍餉嚴重不足；二是部隊因作戰、患病，減員很多。對此，左宗棠甚感苦惱。
1861年8月20日，鹹豐皇帝在熱河駕崩。此時也身患疾病的左宗棠接到哀報後，感念先帝的恩遇，悲傷不已，於是決定在軍中舉行哀禮。
鹹豐帝去世後，11月2日，慈禧太後聯合恭親王奕等人，解除了鹹豐皇帝遺命的載垣、肅順等八名\"讚襄政務王大臣\"的職務，開始垂簾聽政，奪得了清朝的最高統治權，並將新繼位的年僅六歲的皇帝載淳的年號由原擬的\"祺祥\"改為\"同治\"，慈禧太後開始左右政務。
慈禧太後掌權後，進一步對在鎮壓太平天國起義中崛起的漢族地主階級地方實力派加以重用。不久，另一著名湘軍將領胡林翼在武昌病逝。胡林翼是左宗棠的至交好友，幾十年來一直在保護和支持著左宗棠。左宗棠得知這一噩耗後更是感傷，為之痛哭不已，作《祭胡文忠公文》以表哀思。
胡林翼的逝世，對於左宗棠來說，損失是難以估量的。官場上，左宗棠交友不多，駱秉章和胡林翼算是他的兩位摯友了。此時，駱秉章年及七旬，去日無多，而跟左宗棠同歲的胡林翼突然辭世，使他在官場中成為獨行者，仕途變得充滿暗礁和漩渦，凶險莫測。
這時，湘軍鮑超部已經擊敗了江西的太平軍，湘軍水師也已攻克池州，而太平軍卻接連在浙江戰場相繼攻占了嚴州與紹興。左宗棠縱觀東南諸省形勢，提議以全軍增援浙江。曾國藩對此極力表示讚同。在稍後上給清廷的奏折中，他稱讚左宗棠用兵\"取勢甚遠，審機甚微\"，還說他\"毅然以援浙為己任\"。
不久之後，浙江的太平軍又攻占了寧波與台州，圍攻杭州，攻勢日益加強。於是，曾國藩與左宗棠商議，先鞏固徽州防務、保衛饒州和廣信，再伺機出兵浙江。
左宗棠在贛北的戰事，對牽製太平軍西征和確保曾國藩集中兵力圍攻安慶的戰略起到了重要的作用。太平軍黃文金部和李世賢部均在贛北受到重創而分別退至皖東和浙西。李秀成部太平軍繞道江西腹地抵進湖北時，陳玉成的北路太平軍已從湖北撤兵兩月而去救安慶之急，李秀成見狀便從湖北經江西也進入了浙江。而曾國藩則在贛北之戰後從祁門移營進駐集賢關，加緊對安慶的圍攻，並於9月5日攻占安慶。
安慶陷於湘軍之手，使太平天國都城天京上遊失去了屏障。太平天國試圖通過西征而解安慶之圍的計劃破滅，從此，太平軍對清軍轉入防禦階段。
李世賢在贛北失利後轉進浙江，攻克常山、壽昌、金華、義烏、嚴州等地，控製了浙中地區。李秀成進入浙江在嚴州與李世賢會麵商議後，隨即進兵攻克臨安、餘杭等地，並於12月29日攻破杭州。這樣，浙江大部已為太平軍掌握，並與蘇南根據地連成一片。但是，這些並不能彌補太平天國在皖北戰場和天京上遊的損失，此時太平天國在軍事上的不利局麵已經難以扭轉了。
在11月的時候，清廷令曾國藩統轄江蘇、安徽、江西和浙江軍務，巡撫、提、鎮以下文武官員皆歸其節製。同時，令命左宗棠督辦浙江軍務。大權在握的曾國藩決定把大營移到安慶，以對天京實施合圍。他部署了三麵進攻太平天國的戰略：由曾國荃率湘軍主力從安慶沿江東下，主攻天京；李鴻章帶領新組建的淮軍進入上海，主攻蘇南；左宗棠率領楚軍進取浙江。