所以，局廠設於馬尾，臨江依山，有利於設防。局址選定後，左宗棠同日意格以及德克碑議訂了設局、建廠、工程期限、經費、造船、駕駛等事項，並草簽了合同。於是，福州船政局最終得以創辦，成為近代海防的重要產物。
正當左宗棠躊躇滿誌著手船廠事宜時，忽於10月14日接到清廷調他擔任陝甘總督的諭令。此時的清王朝，南方剛剛略為安定，北方又沸騰了起來。當時的撚軍分東、西兩支。西撚軍由張宗禹領導，他率部進入陝甘，以聯絡回民起義軍。左宗棠感到形勢緊迫，離閩在即，於是加緊了船政局的籌建工作，並物色主持船政的人選。
經左宗棠再三考慮，認為隻有丁憂在籍的前江西巡撫沈葆楨可以擔當此任。沈葆楨不僅為官久負清望，為中外所仰，而且還是林則徐的女婿，左宗棠把舉辦船政的重任托付於他，用意十分明顯。
左宗棠三次登門商請沈葆楨，希望他主持此事，而沈葆楨始終不願答應。左宗棠便請求朝廷出麵勉沈葆楨以大義，並特命沈葆楨總理船政，凡涉及船政的事，都由他專奏請旨，以防他人的幹涉。另外，左宗棠還布置設局經費由周開錫會商福州將軍和督撫調取。一切工料及延聘洋匠，招募華工，開設藝局等，責成胡雪岩一手經理。
左宗棠調任陝甘總督的消息傳出後，沈葆楨與紳民百餘人聯名呈稱：
創造輪船一事，關係甚巨，非常之功，非他人任......事成則萬世享其利，事廢則為四裔所笑，天下寒心。誠使督臣左宗棠駐閩中，豫將赴甘之師先行部署，俟外國工匠畢集，創造一有頭緒，即移節西征。
同時，左宗棠也以福建事務尚未妥定為由，請求緩期啟程。他日夜操勞，精心籌劃，改革吏事和兵製，心力交瘁。他還就統籌製造輪船所需經費一事上奏，說製造輪船是由他創議的，現在他奉旨調督陝甘，但他決不會因為軍餉缺乏，就專顧西征，而不顧輪船經費的統籌。
清廷同意左宗棠提出的寬限數旬赴陝甘以及福建紳民懇留左宗棠暫緩西行的請求。左宗棠宵衣旰食，抓緊進行人事、購機、籌款、製訂船政章程、藝局章程、購買局廠地基、挑選駕船人才等事宜的落實。
在人事方麵，左宗棠向清廷遞上《請簡派重臣接管船務折》舉薦沈葆楨總理船政後，立即將該折抄給沈葆楨閱看。沈葆楨以丁憂人員不應與聞政事為由，引經據義，堅決推辭。左宗棠則以船政所處之地並非公署，所用之人亦非官僚來打消沈葆楨的顧慮，並反複與沈葆楨商議。沈葆楨被左宗棠的數次真誠相邀所感動，致函左宗棠答應等到第二年六月丁憂期滿後便來主持任事。
至此為此，左宗棠才算是如釋重負，感歎大局可成。進而左宗棠請旨要求沈葆楨在任事之前，所有船局事宜，也要一力主持，以係眾望。1866年12月7日，左宗棠收到清廷下發的任命沈葆楨總理船政的諭旨，鑒於船政接辦有人的情況，左宗棠這才放心地起程離開福建。