這時的武漢國民政府一天三變，高喊“革命的過來，不革命的滾開”的汪精衛則更是變幻莫測。他忽而高喊東征討蔣，忽而又跑到鄭州向馮玉祥獻媚；他忽而高喊堅決貫徹孫中山一先生親自製汀的三大政策，忽而又屈服於蔣介石的軍事壓力趕走蘇聯顧問鮑羅庭……更令潘漢年困惑不解的是，共產國際駐中國的代表魯易和共產黨的總記陳獨秀，為了所謂維持國共合作的局而，在汪精衛等人而前一讓再讓，甚至委曲求全，把中國革命的希望完全係在了汪精衛及其所謂國民黨左派的身上。為此，他經常和一些同誌私發牢騷：
“我們這些共產黨人為什麼老是給人家做嫁衣呢！
潘漢年在如此動蕩不定的時代風雨中跋涉著，尋覓著，待到汪記的武漢國民政府舉行“七·一五”分共的時候，他終於又打破了對國民黨的一切幻想，丟掉了小資產階級的溫情，義無反顧地朝著前方大步走去，繼續尋找已經死亡的舊中國的再生之路。也就是在這時，從組織上早已加入中國共產黨的潘漢年，轉變為無產階級堅定的革命戰士。
雖然潘漢年堅定了革命的決心和方向，但某些傳統的文化觀念－一尤其是人情世故這套落後的習俗，依然殘留在他的思想深處，左右著他的言語和行為。不久，揮代英同誌又委任他擔任總政治部屬下的革命法庭庭長。他上任以後，遂又大刀闊斧地幹了起來。很快，武漢三鎮的街頭、當地報紙都發布了．署名潘漢年的布告。忽然一天，一位陌生人找上門來，告之是柯仲平的妻子丁月秋的的親戚，他的一位親屬被控告是不法分子，希望潘漢年這位革命法庭的庭長，看在柯仲平的麵上能高抬貴手，給條生路。潘漢年和柯仲平同為“創造社的小夥計”，而且又私交很深，他礙於情麵，竟然沒有拒絕這位陌生人的求情。幸好這一案件很快移交其他法庭審判，使潘漢年沒有出現詢私枉法的問題。但是，他這種講情麵，記人好處，輕信別人的許諾等弱點卻長留在他的思想中，使他在後來處理某些工作從感情出發，授人一柄，也成了所謂“潘案”的一大罪證。此乃後話，留在下文再述。
隨著武漢國民政府“七·一五”分共開始，國民革命軍總政治部也終於分裂了。時任總政治部：L任的鄧演達憤而卸職出走，曾是中共創始人之一―很快成為共產黨人叛徒的陳公博自南昌回到武漢，奉汪精衛之命接管了總政治部主任之職。接著，時任總政治部副主任的郭沫若奉中央軍委決定從政治部撤出，由郭沫若率領一批共產黨人和左派人士東下九江，到尚未撕下左派麵紗的張發奎的部隊去開展工作。潘漢年再次聽著武漢屠殺共產黨人的槍聲，看著滾滾東去的江麵上漂浮的革命誌士的一具具屍體，義乘船來到了九江。當即，郭沫若被任命為張發奎所部的政治部主任，李一氓就任政治部秘書長，潘漢年出任宣傳科長。他們雖然有了安身之地，但在蔣、汪再次攜手，寧漢合流，雙方都在爭搶排俄、清共的旗幟的叫囂聲中，他們都很自然地發出這樣的自問：
“國民革命向何處發展？中國共產黨人又該怎麼辦呢？”
革命的失敗，“使共產黨人開始認識到獨立地掌握軍隊、領導武裝鬥爭的極端重要性。新組成的中共五人政治局常務委員會，在決定發動湘、鄂、粵、贛四省的秋收暴動之後，又決定聯合第二方麵軍總指揮張發奎，將黨領導和受黨影響的北伐軍部隊開回廣東，建立新的革命根據地，繼續進行革命”。但由於張發奎碎變右轉，“高唱擁汪”的口號，加之留住贛省的各部的變化，李立三、葉挺、聶榮臻等在九江召開會議，一致認為：必須“拋棄依張之政策，而進行獨立的軍事行動”。這就是舉行南昌起義。
潘漢年獲知南昌起義的消息之後，心情是萬分激動的。他認為共產黨人從此結束了依附於新軍閥蔣介石、孫中山先生的不肖弟子汪精衛的時期，真正走上了開創共產黨人用槍打天下的偉大時代。所以，當“李一氓代表中共黨組織，動員在政治部工作的中共黨員和左派分子隨郭沫若一起去南昌，參加起義部隊的工作”以後，他第一個報名響應，並親自找郭沫若、李一氓講自己的決心。在這曆史驟變的緊急關頭，郭沫若和李一氓當然歡迎潘漢年參加南昌起義，當即批準了潘的請求，並要潘做好起義的宣傳鼓動工作。
但是，誠如李一氓所回憶的那樣：“但張發奎不讓，張發奎隻答應郭沫若和少數人乘搖車去南昌，政治部由他接收。這樣在政治部工作的共產黨人隻能全部撤出，都回上海向黨中央報到。在潘漢年無法去南昌的情況下，這部分回上海的同誌的領隊，我們就決定由潘負責。於是他就和我們分開回上海了。”
這對決心參加南昌起義的潘漢年而言，又是一百八十度的大轉彎，其內心是痛苦的，要知道這時的潘漢年剛滿二十一歲啊！他把年輕人的熱血和火氣，任性和執拗，全部壓在了心底，默默地接受了黨組織交給的任務。
黨組織為什麼要把這樣的重任交給潘漢年呢？李一氓同誌是這樣說的：“在這短暫的時期中，他不僅顯露出編輯報紙的能力，更加顯露出工作中的政治活動能力，能夠完成超過工作範圍的任務。特別是在當時政治情況下，他不過二十來歲，已經能夠對政治局勢表示他自己的看法。”
今天，潘漢年就要告別九江了，他很不情願地脫去半年前穿上的國民革命軍的戎裝，換上由上海隨身帶來的西服，第一個來到碼頭旁邊的高處，看著一個個像他一樣化了裝的同誌登上順流東下的江輪。
突然，碼頭上傳來一陣騷亂聲，驚醒了沉思中的潘漢年。他循聲望去，隻見郭沫若和李一氓在哨兵的開道下大步走來。他雖然已經脫去戎裝，但依然習慣地舉起右手，行了一個標準的軍禮，叫了一聲“郭主任，李秘書長！”淚水險些溢出，遂下意識地把頭扭過去……
郭沫若十分理解潘漢年此時此刻的心情，尤其當他想到自己就要南下參加南昌起義，真想擊築高歌“風瀟瀟兮易水寒，壯士一去兮不複還”！然而他還是把這詩人所具有的悲壯的離別之情藏之心底，講了白色恐怖下的上海的危險，也說了上海的革命文學需要重新興起……而這一個個艱巨的使命都落在了潘漢年的肩上。最後，他取出一些錢交到潘漢年的手裏，依依深情地說：
“這是我捎給安娜和孩子們的安家費，請你回到上海轉給她，代我照料她和孩子們。”
潘漢年收好錢，又習慣地習了一個軍禮，分外動情地說：
“請郭主任放心，我一定盡力而為之。”
接下來，潘漢年又緊緊握住李一氓的雙手，二人相對無言。最後，他們二人幾乎是同時說出了兩個字：“保重！”
郭沫若和李一氓目送潘漢年登上輪船。隨著汽笛長鳴，輪船漸漸駛離碼頭，隨水東去。郭沫若望著快要消逝在水天際點的身影，遂情不由已地低吟：
“大江東去浪淘盡，千古風流人物……”