苦難和輝煌交織的20世紀過去了，一個嶄新的世紀在黎明的曙光中宣布來臨。在新的世紀裏，中國人對“北京人”的熱情並未減退，尋找的步伐亦未停止。2005年7月2日，北京市房山區政府宣布成立尋找“北京人”頭蓋骨化石工作委員會，並公布了“北京人”頭蓋骨化石線索征集電話69301287。這是第一個在政府領導下、統一協調民間力量尋找“北京人”的行動機構。消息發布後，在社會上引起了廣泛反響，僅一年多的時間，委員會就收到了來自全國各地甚至海外的線索近百條，工作人員對每條線索都仔細進行了核實考證，在一次次希望和失望中，“北京人”頭蓋骨化石失蹤之謎更加撲朔迷離。
周口店北京人遺址博物館外宣人員對作者說，工作委員會對近百條線索都進行了認真的核實，但很多電話打回去就變成了空號，或者關機，這讓線索工作進展得尤其困難。經過多方調查了解，有的線索特別離奇，有的似乎與曆史非常接近。線索提供者也是形形色色，有監獄裏的服刑人員，有尋寶者，更多的則是熱心的普通人。他們為什麼要提供線索呢？有人希望減刑，有人想要獎勵，而更多的人，是出於好奇。“發現頭蓋骨難，尋找頭蓋骨更難。”外宣人員這樣感歎說。盡管如此，工作委員會還是不放棄任何一條線索，從一些蛛絲馬跡中探索、尋找新的希望。如天津河西區有人打來電話，說20世紀80年代，他在天津醫科大學工地施工的時候，看見一座教學樓下麵有水泥構件，懷疑是個地下室。而那片工地以前就是美國兵營舊址。傳說“北京人”頭蓋骨在失蹤前曾經存放在天津美國兵營的地下室，也許那裏有線索。又，北京崇文區一位市民打電話說，他有個朋友的父親原先是協和醫學院的骨科大夫，這個朋友記得小時候的一些事情：美國人要回國的時候，曾把一個箱子埋在他父親診所的地下，當時他父親說，箱子裏是頭蓋骨化石，不能跟外人說。現在，他父親診所的位置已經變成一個餐館了。周口店北京人遺址博物館的工作人員準備等餐館拆遷的時候去實地考察一下，結果餐館拆遷了，考察人員並未從地下發現什麼箱子與“北京人”頭蓋骨化石。
在所有的線索中，最艱苦漫長的一次查找工作曆時幾乎一年。2005年1月的一天，中科院古脊椎動物與古人類研究所轉到尋找工作委員會一條線索，大意是：河南偃師山化鄉牙莊村一個姓李的農民，說自己手裏有確鑿的“北京人”頭蓋骨線索。委員會工作人員立即與這位李姓農民通了電話，想詢問具體情況。但這位李姓老兄神秘兮兮，隻吞吞吐吐地說線索證據確鑿，這個秘密自己保守了幾十年，一定要麵談。這年3月，周口店北京人遺址博物館的工作人員奉命趕到偃師與李姓農民會麵，地點約在一個賓館，時年64歲的老李如約趕到，終於說出了他隱藏了幾十年的秘密——
時間回溯到1941年深秋，一群國民黨官兵開著一輛卡車行路，車到河南汝陽的時候忽然拋錨了，當地的另一隊國民黨官兵發現車載重不輕，就劫持了這輛車子。官兵們不僅從車廂裏搜出了一些金銀珠寶，還發現兩個很大的白色木箱。用鐵棍撬開木箱，隻見裏麵有葫蘆狀的人頭骨，一些玻璃瓶子裏還裝著人的牙齒，用紅紙寫著標簽。在劫車的官兵中，就有李姓農民的父親。
因為還要到前方打仗，不能攜帶貴重物品行動，劫車的官兵一商量，就把財寶和木箱埋在了一個廢棄的窯洞裏，約好打完仗後大家再把財寶挖出來分配。此後，為了爭奪這批財寶的歸屬權，劫車官兵開始自相殘殺，不少人死去了，李姓農民的父親僥幸活了下來，從此隱姓埋名住在藏寶地附近，看守著這批寶藏，直到去世。李姓農民說，這個秘密是20世紀70年代父親去世前才告訴他的，父親說，等國家時局穩定了，才可以把秘密說出來。自20世紀60年代起，這位老兵每年都要帶李姓農民去一次藏寶地察看有無閃失，行車路線是先坐車到汝陽，再走近兩個小時的山路，到一個荒無人煙的地方，那就是藏寶地點。這位老兵去世後，已長大成人的李姓農民自己也去看過，但他拒絕說出具體地點，並要求前往約談的工作人員先與他簽訂一份尋寶協議。
2005年10月，周口店北京人遺址博物館工作人員帶著協議書再次找到了李姓農民，雙方在協議上簽字畫押，而後一行人在老李的帶領下悄悄來到了藏寶地點——汝陽縣小店鎮虎寨村。這個村子在汝陽縣東南方向不到十公裏，李姓農民指著一個丘陵說，寶藏就藏在那兒。前往的工作人員一打量，丘陵兩邊都是山，丘陵上東北方向有一麵斷牆，牆西南麵是一片種著莊稼的坡地。老李又說，寶藏就埋在坡地上一棵迎春花旁邊。前往探訪的工作人員聽罷，頗為驚喜與激動，或許這就叫“踏破鐵鞋無覓處，得來全不費工夫”，失蹤的老祖宗這次可能真的要現世了。
2005年11月9日，周口店北京人遺址博物館的工作人員帶著發掘工具再次來到汝陽，來之前已經請示了各級文物局，還得到當地公安派出所的支持。因了這些有利條件，發掘工作很快在丘陵的坡地展開。未久，在莊稼地下麵果然挖出了一座舊窯洞，這個窯洞的出現，標示與此前的說法吻合，工作人員欣喜萬分。但發掘工作連續進行了五天，仍沒有發現傳說中的木箱的蹤跡，隻在窯洞的地下發現一些已經變黑的散落的小米。大家有些失望，停止發掘，動用著名的洛陽鏟鑽探。當幾把洛陽鏟以梅花狀鋪開，叮叮當當地鑽探了兩天後，已經探到了窯洞的地基層，仍然沒有絲毫埋藏物品的跡象。又經過三天的鑽探，仍未發現半點木箱的蹤跡，工作人員心中埋藏了大半年的希望破滅了，發掘工作不得不在極度的失落中黯然收場。
繼河南的搜尋發掘無果而終之後，各種不同的線索仍源源不斷地傳出，在眾多的消息中，來自滿洲裏的一位自稱何墨福的人又與尋找“北京人”頭蓋骨化石工作委員會取得了聯係，繼之發生了一連串小說一樣離奇的故事。
據何墨福說：
2006年6月的一天，退休在家的我無事看電視。電視上播放了“北京人”頭蓋骨化石丟失之謎節目。這個節目吸引了我，我邊看邊思考著。做了多年公安、保衛工作的我，立刻覺得這個案子破了。為什麼？因為我心中裝著一件秘事和“北京人”頭蓋骨化石丟失之謎案有關，從時間、地理位置和丟失的物品特征上分析，都驚人地相似。
那是1992年秋天，我在滿洲裏市劄賚諾爾礦務局機電總廠治安派出所當所長。星期一早8時正要開經濟警察、更夫等人的所務會時，經濟警察辛鐵柱同誌與全所人說：“昨天我爸爸說，小時候和我爺爺在關裏家撿了5個箱子，裏麵有很多美元……”這番話對做了27年公安、保衛工作的我來說非同尋常，或許是職業病、好奇心在作怪吧，我決心把這個隱秘搞個清楚。
辛鐵柱的父親叫辛景田，1971年在北斜井木材廠做更夫工作，當時我做保衛工作，與他個人關係很好。加上他的孩子又是我當年在部隊上時候的兵，自是有一股親切感。我為此事專門找辛景田進行了一次深談，老人並不避諱，把童年的自家秘事全部向我講了出來，邊說還邊用自家與鄰居的房子做比喻，並且在地上畫了圖便於我理解。