那麼，“北京人”到底會在哪裏呢？
若按國家排列，可能性最大的當是日本，其次是中國，再次是美國和法國。
在日本的理由是：“北京人”失蹤之前，緊緊盯住“北京人”的，是日本人。“北京人”失蹤之後，最先追查“北京人”的，同樣是日本人。而且，日本人對失蹤的“北京人”不是一般性的追查，而是通過天皇下令，專門組織了日本憲兵隊和著名偵探進行追查。就當時的實際情況來看，“北京人”失蹤時間短，對破解懸案極其有利，除了中國的胡承誌跑掉外，其餘凡是與“北京人”有關的美國人和中國人，包括美國海軍陸戰隊官兵，全都被日本人或抓或控。因而，對圈內人進行審訊和拷打，獲得真實情報的可能性極高。假如查明“北京人”的轉移路線、隱藏線索和流動去向，日本人再順藤摸瓜、按圖索驥追查下去，應該有一個理想的結果。何況，當時還有日本人在天津找到了“北京人”的消息傳出，以及此後日本人再也不找“北京人”的事實。當然還有盟軍在日本找到了“北京人”的新聞報道，以及令人生疑的長穀部言人和高井冬二隱居鄉間活不見人、死不見屍、神秘消失的“照會”。
除前文敘述的內容，還有一條線索可作為這一推理的旁證。1994年4月25日，陝西省考古研究所所長韓偉在法國巴黎拜訪20世紀40年代比利時駐中國公使紀佑穆之子菲利普時，號稱對中國頗有感情而又酷愛中國文化的菲利普親口對韓偉說：“我一直想告訴中國人北京猿人頭骨的下落，卻一直沒有合適的機會。法國牧師卡爾丹夫婦曾經參加過北京猿人的發掘。為了保護這份世界財寶，卡爾丹夫婦將北京猿人頭骨等包裝入箱準備運出時，卻被日本人擄去了。這是我的父親親眼看見並不斷給我們講述過的一件事情。所以，北京猿人頭骨應該到日本去找！”韓偉聽罷，當即問了菲利普一句：“此話可否公開發表？”菲利普表示：“當然可以！”
這一線索之所以被提起，是因為法國牧師卡爾丹夫婦的確存在轉運“北京人”的可能。理由是卡爾丹夫婦和德日進同為在中國的法國人，卡爾丹夫婦既然參與過周口店的發掘，必然與德日進很熟悉，至少認識。而德日進作為發掘周口店的顧問，不僅深知“北京人”的重大價值，而且無論在美國人還是中國人麵前都有很高的威信，因而對“北京人”擁有一定的控製權，當年由胡承誌做的“北京人”模型就在他手中控製了一段時間。珍珠港事件突然爆發後，當美國海軍陸戰隊全部被俘，再也無力承擔護送“北京人”至美國的重任時，德日進適時而出，讓卡爾丹夫婦以牧師的身份出麵轉運“北京人”是可能的。此一事件也從另一方麵為人們懷疑德日進染指了“北京人”提供了佐證。以此推理，菲利普說自己的父親曾親眼看見日本人從卡爾丹夫婦手中奪走了“北京人”，當在情理之中。
關於“北京人”在中國之說，其可能性有二：一是被美國人或日本人埋藏在了中國的某個地方；二是從美國人或日本人手中有意無意落在了，或者轉交到了中國人的手上。由於“北京人”失蹤的發生地在中國，因而轉運途中的任何一個環節出現差錯，“北京人”都有被擱在中國任何一個角落或者任何一個人手中的可能。正如美國的海軍陸戰隊分隊長兼軍醫弗利，曾將自己所謂裝有“北京人”的箱子交給天津一對中國夫婦保藏過一樣。隻是令人感到費解的是，“北京人”失蹤69年，為何卻遲遲不肯露麵？