既要馬兒跑，又要馬兒不吃草，那就要加強對馬匹的監管和鞭策。朱元璋雖然文化水平不高，但是思維卻非常縝密，這在他的反腐、防腐措施中也能體現出來。
朱元璋特別重視監察係統的建設，他設計了一套非常複雜的監察係統。
洪武十五年（1382年），朱元璋確定都察院為最高監察機關，負責對中央包括六部的監察。
六部之內，朱元璋設置了六科給事中，負責六部內部的廉政工作，相當於六部的“紀委”。朱元璋規定，六科給事中級別雖低，但有事可直接上奏皇帝，隻對皇帝負責，隻由都察院監督。
在地方上，朱元璋設十三道監察禦史，監察所轄各道，並且可以監督中央的都察院的官員。他還定期從中央派出禦史巡察各道，稱為“巡按禦史”。另外，各省行政長官對本地方、本部門的官員同樣具有監察責任。
這樣，大明王朝在中央就形成了都察院、六科給事中、十三道監察禦史相互監督製約的三重監察網絡；在地方則形成了監察禦史、巡按禦史和地方長官構成的三重立體反貪網絡。古代監察係統在明代達到了前所未有的嚴密程度。
除此之外，朱元璋還規定了“風聞奏事”製度。明代監察官員職權很大，特別是擁有“風聞奏事”的特權。就是說，他們可以根據傳聞進行舉報而不用負任何責任，被舉報者則需拿出證據證明自己清白。朱元璋時代還是著名的特務政治時代，這些特務的任務之一就是專門監視在京大小衙門官吏的不公、不法及風聞之事，並一一向上奏聞。朱元璋特別愛聽官員們的花邊新聞，所以大小官員們的生活瑣事，無不在皇帝的掌握之中。
除了嚴密的監察體係，朱元璋還製定了曆史上最為嚴厲、繁密的規章製度來約束官員們的行為，令他們隻能在嚴格規定的範圍內活動。他生怕地方官們辦事不細心或者不盡心，親自撰寫了《授職到任須知》，對每一級地方官吏的職責都做出詳細的規定。他把地方公務分為“發布公告”“征收田糧”“管理倉庫”“會計核算”“受理訴訟”“管理囚犯”“管理官署房產”“管理轄內讀書人”“管理地方漁業”“管理地方窯冶”等三十一項，並且逐項列出地方官工作職責中應當注意的事項，對這些注意事項往往還列出許多具體的要求。比如對“管理囚犯”一項，不但要了解已經結案的案件有多少、在押犯人有多少，還要“知入禁年月久近，事體重輕，何者事證明白，何者取法涉疑，明白者，即須歸結，涉疑者，更宜詳審，期在事理獄平，不致冤抑”[1]。如此諄諄囑咐，像個碎嘴婆婆，隻恨不得手把手教他們幹，一身化為千萬，在官員身旁嚴密監視著他們。對於京官，他則製定了《六部職掌》，把各部、司、科所有大小官員的崗位職責都製定得明明白白，連每個月用多少墨水錢都算得清清楚楚，這種管理可以說是非常精細化了。
與現在鼓勵官員深入基層體察民情相反，朱元璋不許官員們下鄉。曾經的農民經曆，使朱元璋產生了一個牢不可破的印象：那些下鄉的官員，都是去大吃大喝、搜刮擾民的。當上皇帝後，他說：“朕昔在民間時，見州縣官吏多不恤民，往往貪財好色，飲酒廢事，凡民疾苦，視之漠然，心實怒之。”[2]所以他規定，官員隻能老老實實待在官衙裏，不許去體察什麼民情。如果官員膽敢下鄉，百姓見了可以捉了送到京師，由他親自處死。
這些極為嚴密的反腐規章和對官員們的限製性規定，有些甚至到了讓人無法忍受的地步。比如官員出差時，不能用公車運送私人財物：“凡因公差，應乘官馬、牛、駝、騾、驢者，除隨身衣仗外，私馱物不得過十斤。違者，五斤笞一十，每十斤加一等，罪止杖六十。（不在乘驛馬之條）其乘船車者，私載物不得過三十斤。違者，十斤笞一十，每二十斤加一等。罪止杖七十。家人隨從者，皆不坐。若受寄私載他人物者，寄物之人同罪。其物並入官。”[3]他希望設置這些規章製度，可以使百官“猶行荊棘中，寸步不可移，縱得出，體無完膚矣”[4]。對於官員犯的一般性錯誤，朱元璋處罰並不算太嚴厲，很少刑戮，但是事涉貪汙，則決不放過。他說：“故朕於廉能之官，雖或有過，常加宥免；若貪官之徒，雖小罪，不赦也。”[5]
[1]申時行等重修：《明會典》卷九《吏部八·關給須知》。
[2]餘繼登：《典故紀聞》卷二，顧思校點，中華書局，1981，第29頁。
[3]《大明律》卷一七《兵律五·乘官畜產車船附私物》，懷效鋒校點，遼沈書社，1990，第130頁。
[4]餘繼登：《典故紀聞》卷二，顧思校點，中華書局，1981，第29頁。
[5]餘繼登：《典故紀聞》，卷三，第47頁。