按理說，製度如此嚴密，手段如此嚴厲，洪武朝的官員應該個個都老老實實，賣命工作。但是事實不然，官場腐敗居然在朱元璋眼皮子底下滋生開來。
在專製製度下，官僚係統的腐敗並不是一種病態，而是一種常態。它的威力如此驚人，登上大寶的朱元璋龍椅還沒有坐熱，四顧一看，腐敗已經像瘟疫一樣在他眼皮子底下迅速蔓延開來：諸多王公貴族的親戚、家人、家奴，狗仗人勢，橫暴鄉裏，欺壓百姓，人命案不斷發生；刑部尚書收受罪犯賄賂，指示屬下把罪犯放走，用死囚來代替罪犯坐牢；印鈔局大使和戶部官員勾結，印了七百萬錠紙幣，自己私藏了一百四十三萬錠；兵部侍郎借抓捕逃亡軍人的機會，收受軍人家屬賄賂二十二萬錠……那些遠離他視線的地方官員，胡作非為的程度更加驚人：蘇州知府陳寧為了完成征收農業稅任務，把那些抗稅戶抓起來，用烙鐵殘害他們，得了個外號叫“陳烙鐵”；浙江省的農民，交納的農業稅比國家規定的數額多出45%，全部落入地方官的腰包，農民交不起稅，他們就上房揭瓦，四處驅趕牲口作亂……
官員如此，地主們同樣也不老實。兩浙的中小地主們，勾結官府，多年來用包荒、灑派、移丘換段等手法，把農業稅轉移到普通農民身上。甚至他們還把自己的田產轉寄到長工名下，叫“鐵腳詭寄”。這種欺騙一層層上報，鄉騙縣，縣騙府，州府騙中央，一直騙到朱元璋，名叫“通天詭寄”。
各種貪汙腐敗最終損害的是社會最底層人民的利益。因此，雖然剛剛立國不久，就有不少地方的百姓發動起義。從洪武元年到十八年（1368—1385年），各地上報的農民起義居然達一百多次，平均每年六次。這在曆代王朝中都是不多見的。
麵對這種形勢，一向強調以“嚴”治國的朱元璋怎麼能不勃然大怒。在生活中，我們經常聽大媽們憤怒地說，如果把天下小偷的手都剁了，小偷就絕跡了。如果貪汙一塊錢也給他抓起來，貪官就不敢再貪了。誰都知道這是激憤之語，就算大媽們當政也不會這樣做。然而，朱元璋卻這樣做了。一開始，他規定凡貪汙六十兩的，就“剝皮實草”。後來幹脆“我欲除貪贓官吏，奈何朝殺而暮犯！今後犯贓的，不分輕重都殺了”[1]。
朱元璋對貪汙之官，毫不姑息，務期淨盡。《大誥》規定，所有貪汙案件，都要層層追查，順藤摸瓜，直到全部弄清案情，將貪汙分子一網打盡為止。《禦製大誥·問贓緣由第二十七》規定：“如六部有犯贓罪，必究贓自何而至。若布政司賄於部，則拘布政司至，問斯贓爾自何得，必指於府。府亦拘至，問贓何來，必指於州。州亦拘至，必指於縣。縣亦拘至，必指於民。至此之際，害民之奸，豈可隱乎？”這樣做固可使貪吏無所遁形，但在法製不健全的情況下，卻也易生流弊，審理者務為嚴酷以當上旨，株連蔓引，往往累及無辜。從洪武四年到洪武十八年（1371—1385年），他在全國範圍內掀起了數次轟轟烈烈的反腐敗運動：洪武四年（1371年）甄別天下官吏，洪武十五年（1382年）的“空印案”，洪武十八年（1385年）的“郭桓案”。其中，尤以“空印案”與“郭桓案”的規模最大，兩案連坐被冤殺的人數達七八萬之多。
“空印案”發生在洪武十五年。按朱元璋的規定，地方政府每年都要向戶部報告地方財政賬目，其數目必須與戶部掌握的數字完全吻合才能通過。如有分毫差錯，整個賬目就要全部重新編寫。各省離京師遠的六七千裏，近的幾百裏，為了減少麻煩，各地官員都帶上已經蓋好大印的空白表冊，以備賬冊被駁回時，在京城就地重新編寫。