從洪武元年到洪武十九年（1368—1386年），皇帝與百姓密切配合，嚴厲打擊貪汙腐化。那個時候，幾乎無日不殺人。由於誅戮過甚，兩浙、江西、兩廣和福建的行政官吏，竟沒有一個做到任期滿的，往往未及終考便遭到貶黜或殺頭。有些衙門，因為官吏被殺太多，沒有人辦公，朱元璋不得不實行“戴死罪、徒流辦事”“戴斬、絞、徒、流刑在職”的辦法，叫判刑後的犯罪官吏戴著鐐銬回到公堂辦公。
他不僅動用刑獄，嚴加懲處，而且還法外加刑。罪行嚴重的，處以墨麵文身、挑筋、挑膝蓋、剁指、斷手、刖足、刷洗、稱竿、抽腸、黥刺、剕、劓、閹割為奴、錫蛇遊、斬趾枷令、常枷號令、枷項遊曆、迫令自殺、梟首、淩遲、免發廣西拿象、全家抄沒發配遠方為奴、族誅等各種非刑。
在洪武時代做官，真的是一種極為危險的行當。據說，皇帝每天上朝，如果把玉帶高高地貼在胸前，這一天殺的人就少一些；如果把玉帶低低地按在肚皮下麵，這一天準得大殺一批，官員就嚇得麵如土色。在這種恐怖氣氛中，不論大官小官，個個膽戰心驚，不知什麼時候就有大禍臨頭。傳說當時的京官，每天清早入朝，必與妻子訣別，到晚上平安回家便舉家慶賀，慶幸又活過了一天。
原本天底下最熱愛做官的讀書人們此時也視仕途為畏途。他們“以溷跡無聞為福，以受玷不錄為幸”[6]，“多不樂仕進”[7]。有的家裏有好學之子，怕被郡縣所知，弄去當官，反而叫他們休學種地；有的為了避免被強征出仕，甚至自殘肢體。
不少人在時過境遷之後，回想起洪武朝的情景，還心有餘悸。如當時“監察部副部長”左僉都禦史嚴德瑉，在洪武朝因病要求辭職，朱元璋懷疑他是裝病，將他黥麵發配到廣西南丹。後來嚴德瑉遇赦放還，活到宣德朝，回憶起當年的經曆，說：“先時國法甚嚴，做官的常保不住腦袋，這頂破帽不好戴啊！”說完還朝北麵拱手，連稱“聖恩！聖恩！”
能得到“聖恩”的人太少了。連不少受過朱元璋多次表彰的清官，也因為牽連到“空印案”之類毫無必要的大冤案中送了命。濟寧知府方克勤是有名的清官，一件布袍穿了十年也沒有換新的，一天隻有一餐吃帶肉的菜，撫民有方，擔任濟寧知府三年，官吏不奸，戶口增數倍，還大興教化，老百姓歌頌他是“我民父母”。這樣一個人，因為牽連到了“空印案”裏，被朱元璋毫不留情地殺死。湖廣按察使僉事鄭士元剛直有才學，任職期間，荊、襄衛所軍隊擄掠婦女，官吏都不敢過問，他找到衛所軍官，叫他們把擄掠的婦女全部釋放；安陸有冤獄，他冒著觸怒禦史台的風險，上書為之平反。這樣一位剛直的好官，也因“空印案”的牽連而死。戶部尚書滕德懋被人舉報為貪汙，朱元璋迅即把他處死，之後剖開滕的肚子，想看看這個貪官肚子裏都有些什麼。孰料剖開之後，發現裏麵全都是粗糧草菜，隻好悻悻地長歎一聲：原來是個大清官啊！朱元璋清楚地知道自己殺的人裏有許多無辜之人，然而他的原則是“寧可錯殺一千，不可放過一個”。他要的是一個純而又純的、與貪汙絕緣的官僚隊伍，要的是不惜任何代價實現這樣一個在別的皇朝沒能實現的人間奇跡，而不是什麼公平正義。如果能達到這個目標，多少人冤死，在朱元璋看來是無所謂的。
雖然力度如此之大，然而朱元璋期望的純而又純的願景終於沒有出現。在朱元璋的政策下，想在官場全身而退幾乎就不可能，所以有些人認為反正隨便做什麼都會遭受責罰，不如趁早撈一把算了，反而加緊貪汙搜刮的活動。他們“當未仕之時，則修身畏慎，動遵律法。一入於官，則以禁網嚴密，朝不謀夕，遂棄廉恥，或事掊克，以修屯田工役之資”[8]，享受一天是一天，於是貪汙事件仍然層出不窮，“棄市之屍未移，新犯大辟者即至”[9]。“朕朝治而暮犯，暮治而晨亦如之，屍未移而人為繼踵，治愈重而犯愈多！”[10]弄得朱元璋連聲哀歎：“似這等愚下之徒，我這般年紀大了，說得口幹了，氣不相接，也說他不醒。”