從某個角度來說，海瑞的心和朱元璋是相通的。海瑞對朱元璋的殘酷懲貪措施完全讚成：“我太祖視民如傷，執《周書》‘如保赤子’之義，毫發侵漁者加慘刑。數十年民得安生樂業，千載一時之盛也。”[1]
吃著粗糧青菜，穿著打了補丁的衣服，過著城市貧民的生活，海瑞從來沒有覺得有什麼不合理。他甘清貧如飴，清貧有助於他保持氣節，而富貴溫柔則是道德的陷阱。海瑞從來沒有反思過，開國之初的經濟蕭條與現在的經濟繁榮不可同日而語，以那時的標準來發放現在的俸祿是否現實，要求所有人都像他一樣摒絕物欲是否可能？
朱元璋的嚴苛和海瑞的不苟正是來源於一個文化母體。清官們的一絲不取與貪官們的毫無禁忌其實也是相同文化基因上生長而成的兩極。
幾千年來，一方麵貪官們的奢侈腐化肆無忌憚讓人義憤填膺，另一方麵清官也總是清得讓人心疼。他們清到家徒四壁，清到生計無著，清到觸目驚心。
“清官”在官場中恰恰成了官員們的反麵教材。做清官不僅物質上吃苦，精神上也要承擔巨大的壓力。每辦一件事，海瑞都要嚴格遵守國家規定，因而窒礙重重，舉步維艱。同僚的譏笑、排擠、不合作，鄉紳們的抵製、咒罵、上訪，甚至死亡威脅，這些都不算。就是在家裏，母親、妻子、親戚也整日抱怨不已，雖然不敢明著指責他，但起碼不會給他好臉色看。因此，做“清官”，其實是在日日承受著一種常人無法忍受的煎熬。
海瑞把這種煎熬當成一種考驗、一種磨煉，當作“超凡入聖”的必經之途。
不做清官都難如此，縣令中的“清官”更是不可避免地成為官場中的“異類”，如果不能被“同化”，那麼，隻能被“擠走”。
嘉靖三十九年（1560年），即海瑞任淳安縣令的第三年，都禦史鄢懋卿巡行浙江。都禦史是禦史台長官，是最高反腐機構的領導人，所到之處，接待的規格很高。況且鄢氏平時即好排場，講究享受，因此，各地官員在接待上都下了不少功夫。連吃喝帶“土特產”，一個縣沒有千把銀子下不來。鄢氏所到之處，“監司郡邑吏膝行蒲伏”[2]，“常與妻偕行，製五彩輿，令十二女子舁之，道路傾駭”[3]。
鄢氏將過境淳安的消息傳來，師爺愁眉緊鎖。府員、道員到來，你公事公辦還則罷了，這一次來的可是“部級幹部”，並且是都禦史，如果把他得罪了，一個小小縣令，官位立刻不保。
海瑞卻不信那個邪，麵對師爺的勸告，他不耐煩地說：“充軍死罪寧甘受，安可為此穿窬舉動耶！”[4]即使充軍殺頭，我也不做這樣見不得人的事！
他告訴師爺不必發愁，且看本縣如何處置！
他的“處置”就是給鄢氏寫了封信。信的大意是：接到您發來的公文，通知說您將巡視我縣。您在公文裏說您素性簡樸，不喜承迎，各地接待上要簡樸，不可鋪張浪費，以節省國家錢財。可是我聽您所到過的縣報告說，您所到之地，“各處皆有酒席，每席費銀三四百兩。金花、金段，一道湯一進”[5]，與您在通知中所說的大相徑庭。是不是各縣官員誤解了您的意思，把您的要求當成虛文了呢？
接到了這封信，鄢氏連淳安所屬的嚴州都沒有進，繞道而去。嚴州知府大發雷霆，把海瑞叫到州上拍案大罵了一頓：“你多大一個破官，還反了你了！”知府罵不停口，海瑞“惟斂容長跽，無一語辯”[6]。
嚴州知府終於受不了了，浙江官員的忍耐也達到了極限。他們聯起手來，要把海瑞弄走。然而海瑞居官行政，處處以太祖祖製為依據，不逾規矩一步，挑他毛病還真不容易。這難不倒官場中人。罷不了你的官，我還升不了你的官嗎？府道官員聯合建議，像海瑞這樣道德高尚的清官，應該晉升到中央去任職。
“清官”容易受同僚排擠打擊，另一方麵也容易受到上層的注目，進而得到重用。
海瑞的清廉，中央高層時有耳聞。既然浙江官員也認為海瑞應該升官，那麼就提拔他一下吧，也能反映出幹部選拔中的公正清廉。然而，到中央任職不大合適，既然地方官做得好，還是留在地方做貢獻吧。於是三年知縣任滿，吏部預備提升海瑞任浙江嘉興府通判。
這一下，弄巧成拙的浙江官員緊急動員，找到了受到海瑞羞辱的鄢懋卿，買通了禦史袁淳，網羅罪名彈劾海瑞。經過一番緊張的官場運作，海瑞還不知道怎麼回事，就被一紙調令調出了浙江，轉任江西興國知縣。