吏部把海瑞安排到中央，也是認為海瑞這樣的人雖然方正，卻少變通，更適合在條條上工作，而不適於塊塊。戶部雲南司主事主要職掌的是各地的財政稅收監管工作，實際上不過是簽簽公文，專業性較強，和其他部門發生關係較少，相對安靜。這一回，海瑞應該能夠安分工作了吧。
沒想到，在這個“相對安靜”的崗位上，海瑞卻闖了個塌天大禍。
嘉靖四十五年（1566年）二月，任戶部主事一年後，海瑞上了那道使他留名千載的“罵皇帝疏”，即《直言天下第一事疏》。
嘉靖皇帝可以算作一個典型的“昏君”。他個性很強，行事荒唐且固執己見，從不與大臣妥協。他酷愛方術，為了煉出長生不老藥，竟然摧殘宮女，以獲原料。宮女們走投無路，聯合起來趁他睡著之時，企圖用絲帶勒死他，然而慌張中絲帶被打成死結，嘉靖大難不死，是為明史上有名的“宮婢之變”。然而，他並沒有從此事中吸取教訓，反而變本加厲，從此幹脆搬出皇宮，不再上朝，專心修煉。大臣們起初也曾拚死相爭，然而爭不過這位“性剛”的皇帝。要知道，這位皇帝即位之初曾一怒之下廷杖一百八十人，其中十七人被當場活活打死。在多人被罷官免職，甚至被處以重刑之後，非議皇帝的聲音消失了，“無敢言時政者”[1]。更多的大臣投皇帝所好，向皇帝獻祥瑞，給皇帝寫作法用的青詞。朝廷上彌漫著一股請仙設壇的香煙味道。
然而，海瑞進京了，死氣沉沉的政治局麵注定要被打破。他做地方官時，天高皇帝遠，無緣關心朝廷之事。而現在，來到了國家的政治中心，關於皇帝無道、朝政日非的樁樁件件呈現在他麵前。他的道德觀、責任感使他無法保持沉默。海瑞隻承認天理，不承認形勢。皇帝“性剛”，他的“性”更剛。皇帝無道，臣子直言，這對海瑞來說，就像一加一等於二那樣簡單。
當然，海瑞並非不懂世事之人。他完全知道這封奏疏的後果，那可不僅僅是丟官罷職，而很有可能是殺身之禍。縱然自己甘於舍生取義，堂上還有八十歲的老母，膝下尚且空虛。作為海家的單傳之子，無後之罪尤大。
這應該說是海瑞入京一年後才遞上這道奏疏的原因。關於海瑞的這一段彷徨和猶豫，從來沒有史學家提及。可以想見，這一次定然是海瑞一生中，天理人欲“交戰胸中”最激烈、最殘酷、最曠日持久的一次。通觀海瑞一生，性格火暴易衝動的他，還沒有哪一次抉擇進行得這樣艱難。
海瑞的京官做得實在是不容易。首先每天的工作大都是虛應故事，沒有什麼實質內容。坐在辦事堂上，大部分時間白白浪費。回想起來，他還是留戀在縣裏忙得腳打後腦勺的日子。再一個，他和同僚們也處不來。這些人都是些混日子的高手，一杯清茶泡上，他們就開始扯閑話，東西南北，天上地下，聊個昏天黑地。海瑞從來插不上話，總是在一邊落落寡合。其實他打心眼裏討厭這些人。辦事的時候，他們是油滑慣了的，順水推舟送人情，該辦不辦吃拿要，而海瑞則堅持必須按國家規定來。所以，許多環節到海瑞這裏就卡住了。漸漸地，海瑞就變得非常孤立。
正是在做京官的日子裏，海瑞對國家的政治狀況有了整體性的了解。這個國家已經整體腐爛掉了，官場沒有一角清靜之地。在他看來，問題的根子出在皇帝，解決的辦法也自然在皇帝。皇帝為天下之本，是天下之表率，“一人正，天下無不正”。
曆來人們談到海瑞上疏，總是津津樂道於海瑞直言皇帝無道這一段，“嘉靖者，言家家皆淨而無財用也”“天下之人不直陛下久矣”屢屢被人引用，而很少有人注意奏折最後一段裏麵的話：