康熙一朝在反腐懲貪方麵的第一個錯誤是力度不夠。
和所有明君一樣，康熙皇帝當然痛恨貪汙腐敗，也進行過多次吏治整頓。但是康熙整頓吏治有兩個局限，一是隻搞集中的運動式反腐，未能持之以恒；二是懲治貪腐的力度太弱。
康熙統治的六十一年期間，曾經進行過兩次規模較大的反腐運動。第一次是從康熙十八年到康熙二十六年（1679—1687年）。
清代的腐敗，並非起自中期以後。事實上，腐敗是傳統王朝終生攜帶的、無法治愈的病毒，往往在王朝初生之時，就已經有非常明顯的症狀。早在順治年間，很多地方官員就已經“貪汙成習”，以至“百姓失所”。所以當時有大臣上疏說：“方今百姓大害，莫甚於貪官蠹吏。”康熙登基後，地方腐敗較順治時又有所加重，有的地方官員盤剝百姓過甚，導致民眾大批逃亡，“朘削卑官，卑官虐害軍民，濫行科派，脂膏竭盡，甚至逃亡”[1]。親政之後不久，康熙曾經批評當時的吏治情形說：“貪官汙吏刻剝小民，百端科派，多加火耗，賄賂公行，道府庇而不舉，督撫知而不奏，吏治益壞，盜賊益多，民生益促，皆由督撫納賄徇情所致。”[2]
但是親政之後的十多年裏，康熙一直忙於熟悉政務，以及處理平定三藩等緊急事務，沒能騰出手來整頓吏治。
康熙十八年（1679年）七月，北京發生了一場破壞力極強的大地震，“城垣坍毀無數，自宮殿以及官廨、民居，十倒七八”[3]。紫禁城中的養心殿、乾清宮等核心建築都有不同程度的損壞。傳統時代，地震一般都被視為上天震怒的表示，康熙皇帝也非常惶恐，他認真反省自己即位以來的為政得失，認為現在最大的缺失是吏治不清。他立刻下了一道罪己詔：“乃於本月二十八日巳時，地忽大震，變出非常。皆因朕躬不德，政治未協，大小臣工弗能恪共職業，以致陰陽不和，災異示警……”[4]
到了這一年，康熙已經親政十二年了，雖然一直沒能騰出手來懲貪，但是對吏治他已經關注很久，各地林林總總的腐敗現象早已令他觸目驚心。到了這一年，平定三藩已經取得了決定性勝利，戰爭不再是頭號政治任務，所以他借著這次“上天示警”，搞了任內第一次大規模的“懲貪倡廉”運動。
他首先出重手懲處貪官。山西官場官風不正，巡撫穆爾賽“名聲不佳”，康熙早有耳聞。派人前往調查，訪得此人貪汙入己的實據，處以“斬監候”。湖廣巡撫張汧“蒞任未久，黷貨多端”[5]，想盡辦法撈錢，“甚至漢口市肆招牌亦按數派錢”[6]，被康熙處以“絞監候”。廣東巡撫金俊侵吞尚之信罰沒入官的家產，此外還侵吞兵餉，被康熙直接處以極刑。
在厲行懲貪的同時，康熙皇帝還大力“獎廉”。康熙認為，在整頓吏治這件事上，獎勵和懲罰一樣重要，“治天下以懲貪獎廉為要，廉者獎一以勸眾，貪婪者懲一以儆百”[7]。所以他提拔於成龍為直隸巡撫、兩江總督，表揚其為“清官第一”，其後又擢用“居官清廉”的小於成龍為直隸巡撫，重用湯斌為江蘇巡撫，希望通過“樹立典型”的方式來帶動官場風氣的好轉。
這個階段是康熙一生整頓吏治力度最大的時期。不過和後來的雍正、乾隆時期比起來，康熙一生所殺的貪官寥寥無幾，震懾力度遠遠不夠。而且他還沒有把這種反腐的高壓態勢一直保持下去，到了康熙二十六年（1687年），康熙感覺官場貪風已經得到了一定程度的壓製，就不動聲色地停止了這項運動。
為什麼康熙皇帝沒有將反腐進行到底呢？這與他的政治哲學有關。
康熙皇帝一生的政治哲學，可以概括為“中正和平”四個字。對這四個字，康熙曾經做過這樣的闡釋：“於人於事貴能中正和平，能合乎中，即是合理。得中，則諸德悉備矣。”[8]
所謂“中正和平”，換句話說，就是凡事都講個度。體現在對官員上，就是懲罰整頓適可而止，“不為已甚”。
康熙講求“中正和平”之道，既是他研習理學的心得，也是他研究中國曆史得出的結論。戰亂初息，他效仿漢初，奉行“中正和平”“與民休息以愛養百姓”，以此培養國家元氣自然是正確的，大清王朝因此也出現了“天下粗安，四海承平”的局麵。但是他在吏治問題上也采取“和平”之道，顯然是錯誤的。康熙熟讀中國曆史，他相信腐敗是這片土地上一種不可能徹底治愈的病症，任何朝代都隻能“帶病生存”，所以他對腐敗沒有采取“零容忍”的態度。換句話說，“腐敗在任何國家都無法‘根治’，關鍵要控製到民眾允許的程度”的理念[9]，導致了他反腐的不徹底。
同時，康熙反腐提前收手，也與他的性格特點有關。康熙是一個非常“好名”的皇帝，他一心要做一個唐太宗那樣的千古明君，在曆史上留下一個完美的形象，所以他講究“君使臣當以禮”，非常注意維護官員體麵。他曾經說：“朕於大臣官員務留顏麵，若不然，則諸臣其何能堪耶？”[10]康熙三十年（1691年），他曾經專門下詔，闡述自己以“寬仁”治國的理念，表示要“期與中外臣民共適於寬大和平之治”[11]，說他對大小諸臣“鹹思恩禮下逮，曲全始終，即或因事放歸，或罹咎罷斥，仍令各安田裏，樂業遂生”[12]。有這個原則做基調，他的反腐隻能是“適可而止”。