不徹底的吏治整頓，注定收效短暫。康熙皇帝不知道，清代文臣的群體性格已經與唐太宗的時代大大不同。在這次懲貪運動結束僅僅十年之後，康熙皇帝親征噶爾丹，一路經過山西、陝西、寧夏等地，發現這些地方的百姓生活非常艱難，也聽到了地方上關於官府橫征暴斂、貪汙受賄的大量傳聞，這讓他深為觸動。他完全沒想到，腐敗現象在基層政府已經發展得如此普遍。康熙三十六年（1697年）五月十六日，即征討噶爾丹凱旋的第二天，他就發下諭旨說：“頃由大同曆山西、陝西邊境以至寧夏，觀山陝民生甚是艱難，交納錢糧，其火耗有每兩加至二三錢不等者。……至於山西，特一小省，聞科派竟至百萬，民何以堪！”[13]他說，究其原因，一是“大小官吏不能子愛小民，更恣橫索遂”[14]；二是各地官員以辦理軍需為名，“借端私征，重收火耗”[15]；三是督撫、布政使等官“不仰體朝廷恤民至意，糾察貪汙、禁革加派，反多瞻徇曲庇。……因而筆帖式及衙門人役無所忌憚，擅作奸弊”[16]。
看來貪腐確實已經到了不治不行的程度了。康熙下定決心，要以打噶爾丹戰役的勇氣來徹底整頓一次吏治。他說：“今噶爾丹已平，天下無事，惟以察吏安民為要務。……朕恨貪汙之吏更過於噶爾丹。此後澄清吏治，如圖平噶爾丹，則善矣。”[17]
說到做到，康熙確實立刻開始了一場治吏“戰爭”。當月他就下令逮捕“服官汙濁朘削小民”[18]以致激起蒲州民變的山西巡撫溫保及布政使甘度，並下諭宣稱“此等貪官不加誅戮，眾不知警”[19]。康熙三十七年（1698年），康熙又派刑部尚書傅臘塔、左都禦史張鵬翮親往陝西，審理因當地官員“侵蝕貧民”導致的財政虧空案。
但是，康熙掀起的第二次反腐風暴，雷聲大雨點小，這兩個大案的最終處理結果，都遠較民眾的期望為輕。雖然當初宣稱要對貪官加以誅戮，但是最後康熙還是宣布山西官員溫保、甘度已經革職，從寬免死；陝西的“侵蝕虧空案”，最後涉案總督吳赫、巡撫黨愛等大員也僅被處以革職、降級處分。
運動之所以進行得虎頭蛇尾，是因為掀起這次反腐運動的時候，康熙皇帝已經年過四十，已經過了創業期，進入守成期。人到中年，性格和觀念往往更趨保守和寬容。康熙的統治思路由早年的積極進取，變成了“不生事”“不更革”，所以這次運動到康熙四十二年（1703年）時就基本停止了。在此之後，他再也沒有大張旗鼓地整頓過吏治。
在康、雍、乾三帝當中，康熙皇帝的懲貪力度是最弱的。康熙晚年官場風氣大壞與此直接相關。
康熙皇帝在反腐方麵的第二個錯誤是默許“陋規”的存在。
清代的“陋規”體係，是在康熙一朝發展成熟的。
因為清代沿襲明代，采取低薪製，所以官員們的正式收入根本不足生活之用。當時的禦使趙璟曾經上疏指出，朝廷發放的工資，僅夠基本生活費用的六分之一：
查順治四年所定官員經費銀內，各官俸薪心紅等項，比今俸銀數倍之多，猶為不足，一旦裁減，至總督每年支俸一百五十五兩，巡撫一百三十兩，知州八十兩，知縣四十五兩。若以知縣論之，計每月支俸三兩，一家一日，粗食安飽，兼喂馬匹，亦得費銀五六錢，一月俸不足五六日之費，尚有二十餘日將忍饑不食乎？[20]
所以地方官就拚命搜括百姓，方式主要是私下多收“火耗”。
什麼叫“火耗”呢？“耗”的本義是損耗。地方政府向朝廷運送稅糧的路上，會有一些損耗，比如可能會被老鼠或者鳥類吃掉一部分，因此要和老百姓多收點糧作為彌補，叫作“鼠鳥耗”。從老百姓手中收來的散碎銀子，要熔鑄成整錠大銀送交國庫，熔鑄過程中也會有損耗，就叫“火耗”。聽起來地方官向老百姓征收“鼠鳥耗”和“火耗”，有其客觀合理性，但是其合理比例大約應該是百分之一二。也就是說，收一百斤糧食，多收一兩斤，以備補充自然損耗。然而，康熙年間，官員收的“火耗”，可不是區區這個數字。清代開國之後，“火耗”等就有不斷加重的趨勢，“其火耗有每兩加至二三錢不等者”。也就是說，有的地方火耗率竟然達到百分之二三十。征了一百斤糧食，竟然有二三十斤被鳥和老鼠吃掉了，或者說，收了一百兩銀子，有二三十兩銀子在熔鑄時消失了，這未免也太不合理。實際原因卻是官員們的大量開支無處尋找來源，就隻好以“火耗”“鼠鳥耗”等為借口，不斷加收。
所以“火耗”實際上就是附加稅。
清代規定，隻有州縣基層政府才有直接征收“錢糧”，也就是“農業稅”的權力。不過清代同樣規定“永不加賦”，就是永遠不可以提高國家公布的正式稅率。朝廷之所以出台這個規定，就是為了防止地方官盤剝百姓。不過上有政策下有對策，再嚴格的規定，對實際執行者來說都不是難題。國家不讓多收稅，他們可多收“費”，就是附加稅。
收了“火耗”，不但可以滿足自己的生活支出，甚至可以讓自己過上相當奢侈的生活。所謂“三年清知府，十萬雪花銀”，就是這麼來的。當然，對於這筆巨大的好處，他們不能獨吞，有一部分還要分潤上級，需要層層送禮，這就形成了“陋規”。