借誅和珅的東風，一次反腐高潮在全國興起。一大批貪官受到嚴懲：
湖南布政使鄭源璹公開賣官，並且定下官職售價，被定罪斬首；漕運總督富綱在任內索賄，被判絞刑；湖北安襄鄖道胡齊崙在鎮壓白蓮教過程中，貪汙軍需銀三萬兩，被抄家處絞；武昌同知常丹葵，借辦匪案為名，任意勒索百姓，被人舉報，丟官罷職……
當然，大事中的大事，還是白蓮教起義。自從皇帝登基以來，熊熊燃燒的起義烈火一刻不停地灼痛著他。太上皇乾隆調集了十七省的兵力，三年間先後花費軍費七千萬兩，可是起義烈火不但沒有被撲滅，反而有越燒越旺之勢。他深知，這是關係大清王朝生死存亡的大搏鬥。事實上，他之所以不惜冒違反“三年無改”之教的風險，雷厲風行地全麵扭轉父親的政策，核心目標就是為了除掉白蓮教這個大清王朝的心腹大患。求直言、懲腐敗，也都是圍繞這一核心而展開的布局。
通過懲辦貪汙和人事調整，一個更強有力的後勤保障體係初步建立起來。通過百官的直言進諫，皇帝對軍隊中長期存在的腐敗、權力分散、戰略失當、軍紀渙散等問題有了更深入的了解。川楚軍營的腐敗在此時已經發展到了幾乎不可收拾的地步。統兵將領無不濫支軍費，納入私囊。由於軍費被大肆侵吞，士兵甚至到了難以存活的程度。赴陝的豫兵，因四十五天不發糧食，集體逃回河南。湖北巡撫長期克扣兵糧，士兵隻好靠搶劫百姓為生。
嘉慶皇帝整頓軍事，首先從治理貪汙開始。親政不久，他就把陣前最高統帥經略大臣勒保撤職查辦。據人舉報，這個統兵大員居然在陣前帶著戲班子，成天喝酒唱戲。嘉慶怒不可遏，勒保被判死刑，他手下的一批貪汙不法的親信也被從重治罪。
在深入調查研究的基礎上，朝廷的戰略方針也發生重大轉變。在太上皇的指揮下，官兵的作戰方法是一味追擊，往往陷於被動。皇帝則命令各省推行“堅壁清野”政策，切斷起義軍的後勤保障來源，削弱了起義軍的戰鬥力。另外，皇帝還對起義軍實行“剿撫兼施”的政策。一方麵實行嚴厲鎮壓，另一方麵隻懲首義者，其他人以撫為主。
經過不懈努力，鎮壓白蓮教的軍事戰爭終於出現了重大轉機。嘉慶七年（1802年）底，額勒登保、德楞泰與四川總督、陝甘總督、湖廣總督等聯名，用黃綾表外、裏內朱紅的折子，六百裏加急馳奏：“大功底定，川、陝、楚著名首逆全數肅清。”[4]鎮壓白蓮教的關鍵戰役取得了勝利，嘉慶帝激動萬分，熱淚盈眶。他的初政，終於取得了重大成果。他做的第一件事當然是拜祭祖陵，向乾隆皇帝彙報這一消息。
回顧曆史，正是在平定三藩後，聖祖康熙勵精圖治，把被戰爭破壞得千瘡百孔的江山經營得井井有條，開啟了百餘年的康乾盛世。那麼平定白蓮教之後，等待著他的將是什麼呢？消滅白蓮教不過是他登基之後的第一個任務，他接下來要做的事還有很多。
[1]王先謙：《十二朝東華錄（嘉慶）》卷五。
[2]趙爾巽等：《清史稿（三）》卷三五六，列傳第一四三，《論》，中華書局，1998，第2907頁。
[3]費正清編：《劍橋中國晚清史（1800—1911年）》（上卷），中國社會科學院曆史研究所編譯室譯，中國社會科學出版社，1985，第123頁。
[4]《剿平三省邪匪方略·正編》卷三五二。