嘉慶在行宮中看罷皇子旻寧草成的彙報，淚流滿麵，一夜不眠。邪教教徒攻入皇宮之內，並且差一點攻到了皇後麵前，這在中國曆史上的承平年代，是從來沒有出現過的。嘉慶很清楚，這樣天大的醜聞一定會在曆史上永遠記載下去，這個汙點是永遠洗不掉的。自尊心極強的皇帝深受刺激。第二天，皇帝向全國臣民下發了朱筆親書的《遇變罪己詔》。
皇帝說：我大清國一百七十年來，列祖列宗愛民如子，深仁厚澤，我雖然能力平庸，卻也沒有做過害民之事。然而，這漢唐宋明未有之奇恥大辱，卻發生在我的任內。細細思量，問題還出在大臣們因循怠玩，不能體我的苦心，悠忽為政，怎麼教育都不能清醒！從今以後，我當然要自我反省，改正自己身上的不足之處，上答天命，下解民怨。諸大臣們，如果你們願意做大清國的忠良，就請你們赤心為國，竭力盡心，以匡正我的失誤，糾正不良的社會風氣。如果你自甘卑鄙，那麼就請你掛冠致仕，回家養老，千萬別再屍位素餐，增加我的罪過！《遇變罪己詔》最後八個字是：“筆隨淚灑，通諭知之！”（見《清仁宗實錄》卷二七四）
古今中外，如此動情，如此委屈的聖旨，獨一無二。此後數月間，他的詔書中一再出現抱怨、悲歎、感慨之詞。他為此作了許多詩，《有感五首》有句雲：“從來未有事，竟出大清朝。”深感自己對不起列祖列宗。他在《報天恩肅吏治修武備諭》中感慨地說：“為君難，至朕尤難！”
紫禁城之變是大清衰勢的一個特殊表征。在它的背後，是大清深層次問題的不斷惡化：人口壓力沒有絲毫減輕，流民越來越多，土匪四起，邪教橫行。除了天理教，什麼靜空天主、老佛門、一炷香、紅陽教、清茶門、大乘法門等教門，接踵而至，目不暇接……
嘉慶皇帝實際上已經做到了他的觀念範圍內最大的努力。他對每一個問題的處理都是盡心盡力，既耐心，又堅決。二十多年中，他就猶如一個堂吉訶德，一刻不停地和風車搏鬥，然而卻絲毫於事無補。腐敗問題沒有絲毫好轉，政令出不了紫禁城。政府工作作風昏庸懈怠至極，種種離奇之事一再出現。
嘉慶晚期的一年，他去祭掃東陵，路上兵部尚書突然向他奏報，帶在身邊的兵部大印不知道被誰偷走了。皇帝大為震怒，部印失盜，不但不成體統，而且也極為危險。試想皇帝外出期間，如果發生意外，皇帝都沒辦法調兵遣將。皇帝下令調查，調查的結果更讓人吃驚：大印居然是三年前就丟了，一直被隨從的司員隱瞞到此時。雖然百般鞫問，但此事仍然沒有結果，最後不了了之。
嘉慶二十三年（1818年）武科考試後，皇帝按慣例為武進士舉行傳臚大典。這一天皇帝起了個大早，早早就位，隆重的典禮按時開始，可是第一名和第三名，也就是武狀元和武探花卻怎麼等也等不到，大典隻好中止。事後一調查，原來是太監忘了開宮門，武狀元和武探花四處找門，也沒找到……
雖然一再發生行刺皇帝、殺入皇宮的事件，可是宮門門禁這個小小問題卻怎麼也解決不了。嘉慶二十四年（1819年）四月，又有一名普通老百姓乘守門者不當班潛入紫禁城，一直走到內右門，深入大內，才被太監發現。
有一次嘉慶出門散步，發現大宮門外居然有人放羊，這些羊群就在皇帝眼皮子底下悠然自得地漫步，吃著“禦草”。宮門鹿角之上，有人乘涼閑坐，不遠處樹林裏有小販們舉行野餐，席地喝酒吃肉。皇帝一追查，原來這些羊是太監們養來換外快的，那些小販都是太監們的朋友，想來看看皇帝住的地兒是什麼樣。
乾隆以前，對皇室宗親要求極嚴，約束極細，天皇貴胄們是整個大清社會素質最高、修養最好的一個群體。嘉慶中期之後，八旗子弟已經徹底腐化，宗室隊伍中出現越來越多的敗類。在清查天理教起義的過程中，嘉慶皇帝驚訝地得知，宗室之中竟然也有加入邪教者！宗室奉恩將軍慶遙、宗室舉人慶豐、宗室海康，都是天理教的外圍組織紅陽教的成員。天理教徒進攻紫禁城的計劃早就通知了他們，他們欣然決定參加，以便在起義成功後當上大官。隻不過當天由於意外，沒能共襄此盛舉。
後來導致了一場重大戰爭的鴉片，在嘉慶時期就已經成了重要社會問題，宗室之中，吸食此物者極多。嘉慶二十四年朝廷舉行大典，宣布這一年科舉考試成績。按理，充任導引官的貝子德麟應該早早來到太和殿前帶領新科進士們站排行禮。可是太陽已經三丈高，他還沒到場，導致大典無法按時進行。皇帝很奇怪，命人查找，結果發現此人正躺在家中吸食鴉片，飄飄欲仙的快感讓他忘了自己身上的這個要差。
皇帝大怒，當即把他拉到宮門外，重責了四十大板，革去爵位。
可是就在這事發生幾天之後，又有人重蹈覆轍。禦前侍衛安成出任庶吉士考試的監考。由於沒過足煙癮，考試快結束了他才來，被皇帝革去了禦前侍衛之職。
除此之外，宗室之中開賭場的、嫖娼的、依仗宗室身份四處招搖撞騙的，到處都是。甚至那些被皇帝宣布圈禁起來的有罪宗室，居然能找到門路，讓人把妓女送入監獄裏供他們享受。凡此種種，嚴重敗壞了愛新覺羅家族的聲譽。
嘉慶憂心不已。為了扭轉這種局麵，他煞費苦心，花了好幾天時間，寫成了一篇鴻文《宗室訓》，發給每個宗室。這篇禦製文章說，宗室風氣敗壞已極，許多宗室“所為之事，竟同於市井無賴”。和以前一樣，皇帝的這篇教育文章不過是重複了一係列道德教條，說什麼“若問予立身之要，曰孝弟忠信禮義廉恥；若問予應為之事，曰國語騎射讀書守分”。
皇帝命令，每個宗室都要有一本，讓他們好好學習，改造思想。為了保證學習效果，皇帝還命令宗人府組織了一次考試，考試內容就是默寫《宗室訓》。據宗人府報告，考試成績不錯。