在“北洋三傑”裏，段祺瑞像是新新人類，王士珍是十足的“老油子”，馮國璋則是三好學生，他是在軍中考上的文秀才，接受了八股思想的教化，李鴻章非常欣賞他。滿腦子經史子集的馮國璋有點兒“軸”，雖然不像張勳那樣被帝製思想荼毒得有點兒異化，但也認定了忠君愛國的思想。考察地理和寫見聞紀行這兩件事，本身就繼承了古代將領的光榮傳統，尤其是晚清曾國藩、李鴻章、左宗棠這種“文人知兵”的路數，他是屬於先掌握理論知識，然後用理論指導實踐，隻不過他的理論比起以前那種陳腐的兵法套路，還是有了很多不同。
（一）
自日本參觀回來以後，馮國璋苦心編撰了數冊兵書，自以為是改革軍事的靈丹妙藥，於是呈送給聶士成，哪知道聶士成根本看不上眼，當成狗皮膏藥一樣扔到一邊。馮國璋是個死心眼，死心眼人的自信心往往不容易被打擊到，既然聶士成不把他的兵書當回事，馮國璋就準備再找識貨的人。但馮國璋也不是像發小廣告似的，逮著誰就往懷裏塞一份，“蘿卜青菜各有所愛”，他當然得找一個口味對得上的。馮國璋的這“數冊兵書”，其實與之前的兵書大有不同，這些書裏所提及的知識是他在日本的所見所聞，以前文人寫的兵書都比較空泛，雖然打著新兵法的招牌，裏頭賣的還是舊貨，換湯不換藥。馮國璋的兵法雖然不能說多先進，但確實是舊瓶裝新酒，如果說以前的所謂新式兵法不過是紅酒瓶子裏裝老白幹，馮國璋的兵法就是白酒壇子裏裝白蘭地。
在經過一段時間的考慮之後，馮國璋將自己的兵書遞給了正在張羅到天津小站練兵的袁世凱。袁世凱是聽過馮國璋這個名字的，因為馮國璋在軍中考上秀才，頗得李鴻章器重，所以李鴻章每每點名表揚都會提到他。拿到馮國璋的兵書以後，袁世凱立即伏案閱讀，結果看完之後喜不自勝，趕緊請馮國璋來。袁世凱對馮國璋以及馮氏所著的兵書都給予了極高的評價，他評價馮國璋“軍界之學子無逾公者”，並稱馮氏所著的兵書為“鴻寶”，加上有蔭昌的舉薦，袁世凱就任命馮國璋為督操營務處總辦，由其親自編訂新軍的兵法操典，相當於是新軍教科書的主編。
其實小站練兵，幹得最好的不是王士珍和段祺瑞，而是馮國璋。在小站練兵期間，馮國璋所編訂的新軍兵法操典得到了舉朝上下的稱讚，而且相比城府極深的王士珍和有點兒恃才傲物的段祺瑞，忠厚老實的馮國璋時時處處不忘把“忠君愛國”放在口頭上。隻是馮國璋有個特點，他很低調、謙卑，凡事都不會爭先，所以在北洋軍中的風頭自然不如王士珍和段祺瑞，但卻得到袁世凱的喜愛，有這樣的手下，自然不會蓋住老袁的風頭。小站練兵時的袁世凱，深受曾國藩、李鴻章的影響，一心想成為一個“治世能臣”，幾個人相比較，數馮國璋最對他的性格。
1899年，袁世凱率領武衛右軍往山東會操，當時山東到處都是義和團，袁世凱上書稱“山東民教不和，亟宜持平辦理”。1900年，袁世凱正式補授山東巡撫，隨即大舉整肅義和團，其中下手最狠的就是馮國璋。因為在整肅義和團過程中立了大功，被袁世凱保舉為補用知府，官職升到從四品。1901年，袁世凱在保定創設軍政司，下設兵備、參謀和教練處，馮國璋出任教練處總辦，主要負責創辦將弁學堂、武師學堂以及測繪學堂等。1903年，馮國璋到北京擔任清政府練兵處軍學司司長，後又於1906年署正黃旗蒙古副都統兼陸軍貴胄學堂總辦。
初到北京的這段時間，馮國璋得以接觸到清廷貴胄。他的性格和思維讓他得到清廷貴胄們的信任和喜愛，從而與清廷貴胄們建立了密切的聯係。如果不是清朝迅速衰敗，以當時的情形來推斷日後仕途的發展，馮國璋儼然是最有希望的。因為身在北京，有“近水樓台先得月”的優勢，加上性格溫順乖巧，滿洲權貴自然信賴他。但所有的好孩子都有一個缺陷，就是怕被打擊。如果是淘氣的孩子，抗打擊能力會比較強，但對好孩子往往是鼓勵勝於打擊的。當時和清廷貴胄們關係親密的馮國璋，在滿洲權貴的鼓勵下，開始積極投身於清政府的軍隊建設。在1907年出任軍谘使以後，“條陳時事數萬言”，就軍隊教育和提高軍隊素質等提出了諸多改進措施，結果都沒有得到清廷貴胄們的采納，積極性被打擊掉的馮國璋遂“鉗口結舌，隨聲畫諾，不複言天下事了”。
1909年，袁世凱被攝政王載灃以“回籍養屙，以示朝廷體恤之意”為由趕回洹上，不得不過起隱居的生活。據說在袁世凱隱居洹上的時間裏，最常去拜訪袁氏的人就是馮國璋，他經常向袁世凱谘問政事如何處理。不過從後來的形勢看來，要麼是袁世凱沒有對馮國璋說實話，要麼是馮國璋沒有聽懂袁世凱的話裏有話，要麼就是袁世凱彼時仍然沒有放棄“治世能臣”的夢想，要麼就是三點兼而有之，反正馮國璋雖然被清廷貴胄們連番打擊，還是抱著對清王朝的赤膽忠心。