經這麼一鬧，北方的輿論更加倒向袁世凱不能南下，北洋係的將領們也積極反對袁世凱南下，連外國駐華外交團都表示不讚成。清帝剛剛退位，北方的局勢明顯還沒有安穩，就這樣倉促讓袁世凱南下，很容易讓北方陷入混亂。南京的代表團在北京受了驚嚇，蔡元培急忙發了電報回去說明詳情。而革命黨內部也分裂成了要求袁世凱南下和主張建都北京兩派，馬君武還險些因為這個事和支持建都北京的宋教仁打起來。南京方麵吵來吵去也沒有結果，於是也就同意讓袁世凱在北京就職了。
（一）
馮國璋和袁世凱之間有了嫌隙，但袁世凱還是得用馮國璋，比起看不明白的王士珍、性格張揚的段祺瑞，馮國璋到底更踏實些。袁世凱趕走了得到革命黨人支持的直隸督軍王芝祥，讓馮國璋坐上了直隸督軍的位置，保護著北洋係的大後方。馮國璋出任直隸督軍，高興的是北洋軍，惱怒的是革命黨，因為在辛亥年的時候，打革命黨打得最狠的就是馮國璋，所以他一上任，省議會裏的革命黨就屢屢給他難堪。話說一次馮國璋做施政報告，脫口而出一句粗話，結果被議員拽住質問他是否蔑視議會，馮國璋愣在那裏半天沒有反應過勁來，後來還是議長出麵替馮國璋解了圍。
但是任誰也想不到，這個在辛亥年殺革命黨殺得眼紅的北洋軍閥，在眾目睽睽之下被議員羞辱得無地自容以後，居然主動向那個質問他的議員道歉，說他從前對官兵們說話慣了，沒有經過議會的場麵，真是丟人現眼。馮國璋對革命黨恭敬，對那些鼓吹複辟的遺老遺少也不開罪，1913年4月，複辟頭目溥偉的代表溫肅謁見馮國璋，馮氏在會晤時表示“早有複辟之意，隻是時機未到”，不過從後來看馮國璋的這些話，多像是敷衍，可惜說者無心聽者有意，害得“辮帥”張勳北上複辟丟了徐州的地盤，早早退出北洋政壇。
宋教仁曾經幫助過袁世凱，因為他讚成建都北京，讓袁世凱留在了他的大本營；但是在內閣競選的時候，宋教仁卻成為袁世凱的心頭大患。宋教仁主張通過在國會、內閣方麵提升地位來限製總統的權力，這個主張得到了同盟會會員的支持，從而促成了國民黨的組成。由於宋教仁的積極努力，國民黨在這次大選中毫無懸念地勝出：在眾議院的596個議席裏，國民黨奪得了269個；在參議院的274個議席裏，國民黨奪得了123個，成為當時的第一大黨。宋教仁改組國民黨威脅到袁世凱的權力，袁氏乃密令國務總理趙秉鈞找人殺死宋教仁，卻因此引起了“二次革命”。
7月17日，馮國璋抵達北京，參加袁世凱召開的軍事會議，商議與南軍作戰事宜。自新軍成立，真正在前線經曆過戰鬥的隻有馮國璋和段祺瑞，因此，馮氏再次被委以重任。23日，馮國璋被任命為江淮宣撫使兼第二軍軍長，沿津浦線南下鎮壓南軍，於25日攜參謀長師景雲抵達滕縣駐節。此後，馮國璋指揮所部長驅直入，連克徐州、蚌埠、浦口、滁州、南昌等地，兵臨南京城下。8月22日，馮國璋命令各軍對神策門、佛國寺、太平門、儀鳳門、獅子山一帶發起進攻，後指揮北洋軍渡江猛撲下關，於9月1日11時攻破太平門，進城後屠殺革命軍。
如果說段祺瑞是靠手中的權勢組成了皖係的力量，那麼馮國璋則是憑借戰爭來完成直係軍閥的成長。段祺瑞善於玩弄政治手段，所以他需要人手，皖係軍閥的形成是段氏主動促成的。而馮國璋則不同，他甚至有些不擅長玩弄政治（直係軍閥大多是善戰不善政，李純、曹錕、吳佩孚在這方麵都有缺陷），所以他並沒有主動去拉攏別人促成派係，至於願意跟在他身邊的將領，是因為他在北洋係中算是“知兵”的將領，跟著他能以軍功得到晉升的機會。在亂世，沒有什麼比打仗升官更容易的事情了。
更重要的是，在武夫當國的時代，資本就是部隊和地盤，這些東西怎麼得到？就是打仗，打跑了別人，就能占有他的部隊和地盤，讓別人弱小，自己就能變得強大。馮國璋本來是不大願意拉幫結派的，但有人就願意跟著他。當時他身邊最著名的幾位將領是李純、王占元、陳光遠、蔡成勳，其中李純、王占元和陳光遠都是跟隨馮國璋多年，馮國璋辛亥年鎮壓革命與革命軍鏖戰湖北的時候，這三個人就跟在馮國璋的屁股後麵。正因為直係是依賴於這種關係構成的，所以相比皖係的外強中幹，直係首先就更為團結，其次因為多年的征戰生涯，直係的實戰能力也比整天隻知道紙上談兵的皖係要出色。
更為關鍵的是，經過“二次革命”，直係軍閥基本上控製了湖南、江西、江蘇一帶，而這些省份最為富庶，使得直係軍閥既有了槍杆子，又滿了糧袋子，占著南北要衝的地盤，掐住了中國政壇的命脈。在攻入南京之後，張勳的部隊因為不加約束而到處奸淫擄掠，馮國璋所部除了初進城時“剿殺”革命軍，此後便被約束不再有過激行為。所以，日後張勳雖然督軍徐州，卻並未得到當地軍民的支持，等到他北上複辟被困京城，徐州很快就後院起火，而“長江三督”卻保持著長期穩定的地位。