寧國是應天的南天門，搶占寧國是朱元璋在軍事上保衛應天的又一關鍵。寧國現被元軍占據，以後無論落入誰人的手中，從寧國出兵隨時都可順利進取應天，對朱元璋非常不利，更重要的是它阻礙了朱元璋出擊東南，奪取浙江的通路。1357年四月，徐達、常遇春奉命攻打寧國，元將別不花、楊仲英、朱亮祖率軍堅守城池，再加上寧國城小堅固，徐達等攻了許久都沒有攻下，而且常遇春在戰爭中中箭受傷。朱元璋知道後，親自帶兵到寧國督戰，並命令趕造飛車，朱元璋身著鎧甲，令駕飛車分數路並進齊攻寧國。守將楊仲英抵擋不住，大開城門，請降，徐達乘勢攻入城內，活捉了朱亮祖，收降士兵二十萬。朱元璋又派兵攻占了績溪、徽州、休寧、黟縣和婺源等地。5月，常遇春在池州路總管陶起祖的幫助下，占有池州。同時，繆大亨受命攻取了揚州，青軍元帥張明鑒投降。
經過一年多的征戰，朱元璋率眾將官先後攻占了鎮江、廣德、長興、常州、寧間、江陰、常熟、徽州、池州以及揚州等重要軍事重鎮。從軍事上確保了應天，鞏固了江南根據地。
也就在攻占徽州時，鄧愈向朱元璋推薦了朱升。朱升向朱元璋獻計，他提出了“高築牆，廣積糧，緩稱王”的著名策略，他勸誡朱元璋要想成就大事業，就要建立鞏固後方，努力發展生產，使自己的經濟實力增強，有多餘的糧食可以做軍糧，而且目標不要過大，不要過早稱王。朱元璋對他的見解讚賞有佳，並誠肯地請他做自己的謀士。
朱元璋占領應天以後，隊伍在不斷地擴大，很快就發展到十幾萬。兵不可一日無糧，當時，常年征戰，軍需主要靠“捎糧”，也就是寨糧。他知道要想真正鞏固、穩定江南根據地，除了軍事上的保證之外，還必須解決糧食問題。他曾說：“凡入敵境，聽從將士捎糧；如果攻城池時遇到抵抗，任憑將士檢括(抄掠)，抄掠的財物歸自己占有；如果投降不抵抗，要安民，不準掠搶，這樣，將士們人人奮力向前，攻無不克，戰無不勝。”
胡大海和常遇春對這種獲取糧草的辦法並不讚同。他們認為，攻占一個城池容易，而鞏固這個城市靠的是百姓的支持。糧、稅都出自百姓，老是捎糧，百姓擔負不起。應該采取其它措施，朱元璋也認為他們講得有理，但就目前的狀況，老百姓還是要拿一點，其它的由部隊自己解決。朱元璋借鑒當年曹操屯田的經驗，下令屯田，興修水利、灌溉土地、恢複發展、開墾荒地、且耕且戰，並且以生產如何作為賞罰的標準。一年後，屯區解決了本部的需要，而且減輕了當地百姓的負擔。兩年後，軍屯和水利兩項措施卓有成效，軍隊保證了自己的軍糧供給。1360年五月，朱元璋下令各州縣不許再收寨糧，老百姓對這一舉措非常擁護，並深表感激。
在屯田的同時，朱元璋還著手建立了一個管理民兵的萬戶府。朱元璋講：“古時寓兵於農，有事則戰，無事則耕，閑時練武。現在是兵爭之際，應該因時製宜，所有郡縣，抽取民間壯丁，編作民兵，由民兵萬戶府統領，農時耕種，閑時練習戰陣，一旦有事即可用之征戰。戰爭結束，有功的封賞，無功的還職為民。這樣，民無坐食之弊，國無不練之兵，戰無不勝，守無不固，這就是寓兵於農的意思。”朱元璋就是這樣一麵把作戰隊伍和生產隊伍合二為一，一麵又把地方隊伍同出征作戰的軍隊區別開來，既提高了生產力，又提高了戰鬥力，並且兩項也不會發生衝突，朱元璋終於在群雄齊爭的戰爭中有了一片屬於自己的堅強後盾，讓自己在這個豪傑輩出的年代站穩了腳跟。
評析：
南京攻取之後，朱元璋並不急於再攻城略地。隻有先穩住陣腳，才能圖更大的發展。保護好自己已有的地盤，才有能力去攻取更多的地盤，而最後的目標則是：成者為王！
三 人若犯我，我必犯人
陳友諒是沔陽玉沙縣(今湖北沔陽西南沔城)人，出身漁家，原姓謝，因祖父人贅陳家，改姓陳。陳友諒武藝高強，力大如牛。
他小的時候也曾讀過幾年書，懂得一些文史，在衙門中曾做過一段帖書，後來聚眾起義，迫於官兵的追剿，投奔了徐壽輝，因功升為領兵元帥。
徐壽輝原是一名布販，又名真逸，亦稱真一，人緣好，結交了不少的江湖朋友。他身材高大魁偉，相貌出眾，後來加入了彭瑩玉領導的彌勒教，被推為首領。彭說徐乃是彌勒佛下世，應為人主。1351年(至正十一年)八月，他們起兵反元，九月攻占蘄水和黃州路，在蘄水稱帝，國號天完，年號治平，定都蘄水。然後，起義軍兵分兩路，一路由鄒普勝、倪文俗率領，攻取漢陽、武昌等地；另一路由彭瑩玉領導，攻占江州、饒州等地。起義軍紀律嚴明，不燒、不殺、不掠、所到之處，深受百姓愛戴。不久，起義軍就占領了湖北、湖南、江西、安微南路和浙江北部大片領土，彭瑩玉在與元軍的鬥爭中不幸陣亡。彭瑩玉一死，徐壽輝遷都漢陽，大權被倪文俊掌握，後倪文俊被元朝誘降，並想謀殺徐壽輝，失敗後逃到陳友諒的轄區，被其殺害，而倪的隊伍也盡歸陳的部隊。於是陳友諒自稱平章。
朱元璋自從渡江占領太平後，其地盤就和陳友諒轄區接壤。1357年十月，常遇春奪取了原屬徐壽輝的池州後，與陳友諒發生了衝突，當時，雙方為了爭奪池州，展開了拉鋸戰。為了確保應天安全，朱元璋決定攻取安慶。安慶當時由趙普勝陣守，此人英勇善戰，難以對付，徐達等攻了許久也毫無進展。對此，朱元璋詳細分析了陳友諒與趙普勝的情況，陳友諒猜忌、多疑，怕趙普勝超過他，又怕趙普勝和朱元璋合作，而且趙在實力與名望方麵，不輸於陳友諒，資曆比陳也深，於是陳把趙視為眼中釘、肉中刺。朱元璋利用這一點，使用離間計，使陳友諒誤認為趙普勝想投奔自己。九月，陳友諒以會師為名，親至安慶，殺死了趙普勝，朱元璋輕而易舉的除掉了陳友諒的一個重要幫手，但安慶仍沒有攻克。1360年，陳友諒率軍欲取池州，朱元璋設計斬殺敵首萬餘，生擒三千，使得陳友諒難以前行。後陳友諒挾徐壽輝進攻太平，又攻占了采石，在采石，他殺死徐壽輝自稱皇帝。國號大漢，改年號大義。陳友諒弑君稱帝後，派人約張士誠一起進軍應天，當時群雄之中，陳友諒實力最強，他的水師是朱元璋的十倍，他擁有混江龍、塞斷江、撞倒山和江海鼇等一百多艘大艦，戰舸數百條，應天的文武官員聽說陳友諒要來攻取應天，不少人都驚慌失措，有的主張投降，有的主張上鍾山據守，也有的則主張放棄應天，保存實力，再作計較。還有的主張主動出擊太平，牽製陳友諒的兵力，麵對諸將的議論，朱元璋沒有理睬，而是將曾建議他先攻陳友諒的劉基請進密室，向其請教退敵之策。劉基仍建議，集中兵力先擊陳友諒。兩人仔細研究了東西線形勢，決定實行戰略轉移，集中兵力向東北和西線出擊，並與劉基一起製定了一個誘敵深入、設伏殲敵的作戰方案，一場保衛應天的戰役打響了。
朱元璋知道，陳友諒驕傲輕敵，又求勝心切，於是設計誘其快速進兵應天。朱元璋命令連夜把江東橋拆掉，改成石橋；又命趙德勝修建虎口城，駐兵把守；令常遇春、馮勝、華高等領兵三萬埋伏於城東北的石灰山(今南京幕府山)側；令徐達率軍列陣於南門外雨花台一帶；令張德勝、朱虎率舟師在城西北的龍江關外(今南京興中門外)設伏，朱元璋親率主力埋伏在城北的盧龍山(今南京獅子山)，並規定敵人進入埋伏圈後，舉紅旗為號；舉黃旗時，伏兵出擊。
五月初十，陳友諒率舟師東下，直奔應天。當他趕到江東橋時，發現木橋變成了石橋，呼“老康”不應，方知中計，想撤回已經來不及了。此時，朱元璋在盧龍山頂居高臨下指揮戰鬥，下令擂響戰鼓，舉起黃旗，於是，伏兵四起，殺聲陣陣，常遇春、馮勝率伏兵衝向龍灣，徐達也領兵從南門殺到，會同張德勝、朱虎的舟師，將陳友諒的兵馬團團圍住，分而殲之。
看見從四周殺出的眾多士兵，漢軍將士心裏一陣恐慌，爭相登舟，想著趕緊離開。不想，正值退潮時期，戰艦全部擱淺，漢軍被殺死、淹死的不計其數，兩萬人被俘，陳友諒乘小船才僥幸逃脫。朱元璋此戰大獲全勝，並繳獲上百艘巨艦，數百艘虞舸，陳友諒主力盡失。
張士誠原打算發兵，今見陳友諒大敗，便按兵不動。
降將張誌雄所奏，安慶守將此次傾巢而出，大部已降，安慶空虛。朱元璋根據這一信息，立即派徐元帥率軍攻占安慶，不久，胡大海奪占了信州。袁州守將對陳友諒殺害徐壽輝深感不滿，便獻城投降了朱元璋，其他徐壽輝的部下，也因不滿陳友諒的行為，而與之斷絕關係，陳友諒自食惡果，陷入了眾叛親離的境地。
陳友諒對此次失利很不服氣，七月，他命張定邊又奪回了安慶。派重兵把守，朱元璋一時難以拿下，劉基向朱元璋建議，他說：友諒以重兵守安慶，後方必然空虛，可先取陳友諒老巢江州。朱元璋接受了劉基的建議，率師直搗江州。守長江天險小孤山的將軍傅友德、丁普郎率眾投降。陳友諒倉皇逃往武昌，江州被攻克，朱元璋乘勝追擊，擴大戰果，南康、東流、蘄州、黃州、廣濟、興國、撫州相繼被攻克。接著，建昌(今江西南城)守將王溥向朱元璋投降，還派人還招降了南豐州及臨川等八個縣城。就連陳友諒的江西行省丞相胡廷瑞、平章祝宗也派人向朱元璋請降，朱元璋答應了他們的要求。第二年正月，朱元璋親往龍興受降，並將龍興路改為洪都府。不久，吉安、龍泉的守將也歸附朱元璋。至此，江西各州縣和湖北東南大部全都納入了朱元璋的管轄範圍。
從應天保衛戰到洪都歸降，雙方的軍事力量僅僅在一年多的時間裏就發生了很大的變化，由弱變強，朱元璋已經具備了和陳友諒一決雌雄的實力。1362年二月，朱元璋返回應天，他召集諸位將領研究下一步的戰略，對東西兩個敵對勢力比較分析之後，他指出：“友諒剽而輕，其誌驕。士誠狡而懦，其器小。誌驕則好生事，器小則無遠圖。若攻士誠，友諒必空國而來，使我疲於應敵，事有難為。先取友諒，士誠必不能逾姑蘇一步，以為之援。”
經過這幾次的戰爭後，朱元璋強調：今後的戰略仍是先攻陳友諒，後滅張士誠。
評析：
應天保衛戰，在敵強我弱的形勢下，朱元璋能尋找機會，抓住機遇，變被動為主動，精心設計並導演了這次戰鬥，充分顯示了他駕馭戰爭的能力。這次戰鬥進行的每一步都在朱元璋的預料之中，初步顯示了他的軍事天賦。朱元璋抓住陳友諒驕傲輕敵的弱點，誘敵上鉤；又借助應天地理形勢複雜的有利條件，將陳友諒巨艦引入狹窄的河道；又巧妙準確地掌握江水漲潮退潮的時機，使之擱淺，逼敵軍棄舟登岸。避開敵軍善水戰之長，發揮自己善陸戰的優勢，以少勝多，以弱勝強，使應天轉危為安。
四 作戰要天時地利人和
朱元璋與陳友諒的較量，就像拉鋸戰一樣。此時北方軍事形勢出現了意想不到的變化，“龍鳳”的實權落入劉福通手裏。元軍也發動反攻，結果小明王落入元軍手中。朱元璋不顧劉基的勸阻，一定要去救小明王。陳友諒卻乘機發動戰爭，強行征集大量民兵，趕造數百艘戰艦，準備與朱元璋決一死戰。
龍鳳九年四月，陳友諒傾巢而出，水陸大軍號稱六十萬。如果他趁應天空虛，長驅直入，朱元璋很可能來不及調兵布防，會受到致命打擊。由於上次在應天吃了大虧，陳友諒心懷顧忌，不敢直奔應天，卻決定先拿下軍事重鎮洪都(今江西南昌)。他率大軍將洪都層層包圍，發起猛烈進攻。駐守在這裏的朱元璋的侄子朱文正分派諸將防守各門，拚死抵抗。陳友諒攻了一個多月，也未將城池攻破。洪都被圍，與外界的聯絡被切斷。朱文正派人於夜間駕小漁船潛出水關，晝伏夜行，於六月趕到應天。朱元璋一時不易調集足夠兵力，對來人說：“回去告訴文正，再堅守一個月，我會親率大軍趕到。”
來人返回途中，被陳友諒抓獲，陳友諒許以高官厚祿，讓他招降洪都軍民。他假意答應，等被帶到城下時，卻高呼道：“我已到應天見過主公，主公讓大家堅守，援兵很快就到。”話剛說完，就被陳友諒的軍士刺死。
麵對陳友諒的大舉進兵，朱元璋匆忙在應天集結兵力。七月初，朱元璋親率舟師二十萬，溯江西上。途中分派兵力，切斷陳友諒退路。此時，陳友諒圍攻洪都已達八十五天，他聽說朱元璋率援兵趕來，怕腹背受敵，便解除了對洪都的包圍，到鄱陽湖迎擊朱軍。
鄱陽湖之戰終於打響了。
戰鬥進行得很激烈，朱元璋的軍隊有點兒失利，很是危難，但手下的戰將卻越戰越勇猛。這一仗雙方都打得很艱苦。陳友諒損失將士六萬多人，朱元璋也戰死將士七千多人。
戰鬥進入第三天時，朱元璋仍親自指揮，雙方打得天昏地暗。朱元璋的幾名英勇部將壯烈犧牲，大軍被迫後退。郭興建議加大火攻，於是，他立即下令常遇春征調七條漁船裝滿蘆葦、火藥等易燃物，乘著黃昏起風的時候，將這些漁船點著，衝進陳軍大寨。熊熊大火將陳友諒的幾百艘戰船燒毀，頓時烈火熏天，湖水盡赤，死者大半。
朱軍將士乘勢猛攻，斬敵二千，陳友諒的弟弟陳友仁陣亡。陳友仁驍勇、善戰，有智、有謀，失去他，陳友諒等於失去了一條臂膀，心情非常沮喪。