朱元璋對各級官吏違法亂紀、玩忽職守的，嚴懲不貸。他告誡文武官員，“稱職”的可升遷，“平常”的可複原職，“不稱職”的必降，貪汙受賄的一定懲辦。如1391年(洪武二十四年)，禮部右侍郎淩漢因不修職事，被降為都察院左僉都禦史。朱元璋對平日較為廉潔的官吏，犯有一般的過失，他還能寬恕，最多是降職或是罷官。而對貪汙之徒，他深惡痛絕，不僅動用刑獄，嚴加懲處，而且常常法外加刑，凡遇貪官汙吏，分割百姓，重判決不寬恕。如戶部尚書趙勉夫婦，雙雙貪汙受賄，案發後被誅殺。又如福建東流江口河泊所官員陳克素勾結同業戶人，侵吞本所漁稅一萬貫，又勾結東流、建德兩縣官吏王文質等，強行斂鈔，又多達數萬，案發被處死。又有進士秦升、張子恭等奉命到昆山縣查勘水災，接受了當地教諭漆居恭等的宴請，並接受他們的賄賂鈔幣一千一百貫，隨後將昆山縣二萬二千六百畝莊稼已成熟的田地虛報受災。事發後，朱元璋令其自盡身亡。
建國以後，朱元璋抱定治理亂世的決心，采用重刑整頓吏治，肅清貪汙。在他製定的《大明律》中，專門列有《受贓》一篇，對貪官的懲治要比《唐律》嚴厲的多，規定：受財犯法者，一貫以下杖七十，每五貫加一等，至八十貫處以絞刑；堅守自盜倉庫錢、糧、物者，不分從首，並贓論罪，一貫以下者杖八十，至四十貫處斬。對監督法律執行的禦史犯有贓罪，加重判刑，並不得赦免。
1376年(洪武九年)之前，各級官吏犯罪發配鳳陽屯田的就有一萬多人，其中絕大部分是貪贓枉法的官吏；罪行嚴重的，則處以墨麵紋身、挑筋、挑膝蓋、剁指、斷手、刖足、抽腸、黥刺、捌、劓、閹割為奴、梟首、淩遲，以及誅族等各種刑罰。采用嚴刑峻法嚴懲貪官汙吏，是朱元璋整頓吏治、蕩滌官場惡習的重要手段，也是他以猛治國的具體體現。
洪武二十五年(1392年)，他製定的《醒貪簡要錄》規定：官吏貪汙錢財六十兩以上的，要斬首示眾，還要剝皮實革。把府、州、縣衙門右側帝的土地廟，作為剝皮的場所，叫做“皮場廟”。而且在官府大堂的公座帝，也擺著填滿稻草的人皮袋囊，使在職官吏時常感到心驚肉跳，對貪贓枉法者起到威懾作用。朱元璋采用的方法之絕，實屬罕見。其目的是防範和警告官吏們不要犯法，要廉潔奉公。
朱元璋親自指導和參與製定《大誥》、《大誥續編》《大誥三編》編輯的案件後，關於官吏貪贓枉法，斂財害民的占了一半以上。他向世人們證實了整肅吏治的決心，同時也揭露出各級貪官汙吏的罪行。《大詰》中所指出的嚴刑峻法，其殘酷性足以證明了朱元璋對貪贓枉法者的憎惡。《大誥》還規定，所有貪汙案件，都要層層追查，順藤摸瓜，直到全部弄清案情，將他們一網打盡。朱元璋還告諭中書省官員，如遇大赦令，凡犯贓罪的，罪雖然可赦，但仍征其贓。絕對不能讓他們在經濟上占到便宜。朱元璋還在《大誥》中規定，凡各級官吏違背朝廷詔令的，或聚斂擾民，互相勾結，包攬詞訟，教唆害民的，允許百姓聯名到京狀奏，帶著《大誥》進京，甚至可以將貪官汙吏綁縛京師。各級地方衙門對於進京麵奏的百姓，不得阻攔，即使百姓沒有帶文引路條，也一律放行。如有阻攔，官吏要處以族誅。這充分說明朱元璋想借助民間百姓的力量懲治貪官汙吏，逼迫官吏棄惡從善。朱元璋允許百姓告官的這種借助人民力量約束官吏的做法，在封建社會是難能可貴的，也是罕見的。
但朱元璋至死也沒弄明白，官吏貪贓枉法，是封建專製主義製度及封建官僚體製本身所固有的，此製度不根除，貪汙受賄總要發生。他曾對身邊的大臣感慨地說：我欲除盡貪贓官吏，奈何朝殺而暮犯。他大惑不解以至憤怒至極，他詔令天下“今後犯有貪贓的，不分輕重全部殺盡。”說明朱元璋對貪官汙吏那種刻骨銘心的仇恨。
朱元璋對違法犯禁的官吏，還進行了幾次大規模的集中清洗打擊。尤以“空印案”和“郭桓案”規模最大，兩案連坐被殺的多達七八萬人。
空印案發生在1375年(洪武八年)。按當時的規定，各部政使司和府、州、縣每年都要派計吏到戶部報告地方財政的收支賬目，所有的錢糧以及軍需等款項。府要報布政司，布政司報部，層層上報，再經戶部審核，戶部所掌握的數字必須與各布政司收支項總和的數字完全相符，才能報銷結賬。如有不符，表冊就要駁回，重新建冊。那麼距離京師遠的布政司和府州縣，有的在六七千裏地以外，近的也有三四千裏，重新造冊後還要加蓋原衙門印信，來回往返一次需要幾個月的時間，有的甚至誤了報賬的日期，為了減少麻煩，省去來回往返的時間，不知從何時起，各地方計吏便形成慣例，都事先帶上已經蓋好官印的空白表冊，在遇上戶部挑出毛病，須重新造冊時備用。各地的計吏年年如此，誰也沒有把此事看成什麼問題。1375年(洪武八年)，朱元璋對此事發生懷疑，他懷疑地方官吏們串通一氣作弊騙他，於是非常憤怒，下令將戶部尚書周肅以及各地方衙門掌印官全部處死，副職以下官杖刑一百，發配邊地。此案牽連被殺或被戍邊的官員多達數萬人。其中也有不少人成了刀下冤鬼。
洪武十八年(1385年)，又發生了郭桓案。郭桓當時為戶部侍郎。就在同年，禦史餘敏、丁廷告發北平布政使司官吏李或、按察使司越全德等人，勾結戶部侍郎郭桓營私舞弊、侵盜官糧。朱元璋下令逮捕審問追查，使案情有了重大突破，經審訊查明，郭桓等收受浙西秋糧時，將一百九十萬石米賣掉，沒有入國庫。郭桓本人還接受浙西等四府五十萬貫鈔。他還串通承運庫官範朝宗盜竊金銀，並串通廣惠庫官張裕擅自支取六百萬貫鈔。除此之外，他還盜賣庫存和未入庫的稅糧，以及漁鹽各種稅收，共折米兩千四百多萬石。案情嚴重，又涉及眾多官員，朱元璋怒不可遏，下令將牽連的禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、兵部侍郎王誌、工部侍郎麥至德等斬首，六部左右侍郎以下全部處死，追繳贓糧七百萬石。供詞牽連到各布政使司官員均被處死，株連入獄被殺的多達數萬人。
郭桓一案的發生，給明太祖朱元璋刺激非常深，在氣憤之餘，他想到自己懲治貪官汙吏數十年，收效甚微，屢殺屢犯，這麼大的案子竟發生在自己眼皮底下，真是叫人不寒而栗。他深有感歎地說：“為民除害，愈加害民。必欲除奸，更生奸甚。”朱元璋氣憤難平，他決定加大打擊力度，再狠一些。他詔令全國說：今後，凡大赦天下，惟有奸貪不赦。同年十月，他編定的《大誥》頒行天下，《大誥》可以說是曆史上空前嚴峻的一部法典，除了殘酷的五刑之外，他還擴大了淩遲、族誅的範圍，並且把早已廢除的肉刑也列入法典，如挑筋、斷指、刖足等無所不用其極，其目的是打擊貪贓枉法的官吏，使之畏法而不敢胡作非為。
朱元璋在秉公執法不徇私情方麵，在曆代帝王中是做的最好的，無論是功臣勳舊，還是皇親國戚，隻要是犯法，毫不寬容，照樣處死。如永嘉侯朱亮祖出鎮廣東，他收受賄賂，並強行放走被番禺知縣道同捉起來的犯罪的土豪和親戚，並且誣陷道同，使之含冤屈死。朱元璋明白真相後，下令將朱亮祖及兒子、府軍指揮使朱暹一起鞭死。又如淮安侯華雲龍在北平私據元丞相脫脫的舊宅第，並強迫士兵和百姓為之翻蓋一新，建的非常奢侈華麗。朱元璋得知後立即撤了他的職，並把他調回京師，後死於回京途中。以上均是朱元璋的元勳愛將，隻要犯了他的法令，都要伏法。
朱元璋處死駙馬都尉歐陽倫一事，尤其能體現出他不徇私情的品質。洪武年間，朱元璋在邊境地區，實行茶馬互市貿易，主要是用內地的茶葉交換邊區的馬匹，以供急需。他曾詔令兵部禁止私販茶葉。但私運茶葉到邊境地區販賣的事情卻屢禁不止。駙馬都尉歐陽倫不顧朝廷禁令，多次派家奴去陝西偷偷運私茶出邊境販賣，牟取暴利。1397年(洪武三十四)四月，正值春耕大忙季節，歐陽倫派家人周保去邊境販茶，強迫陝西布政司發公文叫下屬府州縣派車替他往河州運私茶。周保等人所到之處，橫行霸道。他們征派民車數十輛經過蘭縣(今甘肅蘭州)河橋巡檢司時，周保等人對巡檢司官吏拳打腳踢，百般刁難，巡檢司小吏忍無可忍，向朝廷告發。朱元璋得知後，氣憤至極，他下令處死周保等人和布政司官員，而且將駙馬歐陽倫賜死。還嘉獎了蘭縣河橋巡檢司小吏。當時天下人都知道歐陽倫乃安慶公主的丈夫，安慶公主是馬皇後親生的女兒，朱元璋平素最寵愛的女兒，歐陽倫已做了十幾年的駙馬，但是他觸犯了法令。朱元璋不顧兒女情長，使之伏法處死。這在封建社會是不多見的，也足見朱元璋懲治貪官汙吏之決心。
朱元璋整肅吏治的鬥爭前後進行了二三十年之久，在這段時間，大批貪贓枉法的官吏遭到鞭笞、剝皮、挑筋、刖足甚至抄家滅族的懲罰。在《大誥》四編中羅列的案件，僅淩遲、梟首、族誅者就有幾千起，棄市以下的也有一萬多起。由於誅戮過重，根據記載，兩浙、江西、兩廣和福建等地的行政官員，從1368年(洪武元年)至1386年(洪武十九年)竟沒有一個官吏能做到期滿的，他們均未及通考便被罷官或斬首。不少衙門，因被殺的官吏太多，而無人辦公，於是朱元璋不得不讓犯罪後判刑的官吏，帶著鐐銬回衙門辦公。連許多沒有過失的官吏，其中有不少是清官循史和有用的賢才，由於受到兩次大案的瓜葛，做了刀下之鬼。
由於打擊麵過大，用刑過於殘酷，使許多無過之官也惴惴不安，久而久之，不少官員為保全家性命，為官不求進取，但求無過，整日唯唯喏喏，無所作為。甚至有的人做官之後，也借口各種理由辭官不仕。如曾為朱元璋提出“高築牆、廣積糧、緩稱王”方略的朱升，曾為朱元璋說降徽州，保全婺州，推薦劉基、葉琛、章溢三位賢人，尤其是在鄱陽湖戰役中救過朱元璋的命，明王朝建立後，他又參與製定了各種禮儀製度，其文治武功堪稱卓著。吳元年(1367年)七月，朱元璋自稱吳王後，一次宮廷樂隊入見，自擊石磐，他讓朱升辨識五音，朱升錯將宮音誤為徽音，朱元璋為此大為惱火。朱升很識時務，他明白自己曾在元朝做過官，很容易惹得朱元璋對自己懷疑。1369年(洪武二年)，便告老還鄉，隱退林泉。又如陳遇，此人天資聰明，學問精深，曾在元朝做過溫州教授，後棄官歸隱。朱元璋占領應天之後，給他官做，他堅辭不受。朱元璋稱帝後，曾三次任命他為翰林學士，他又不幹。到洪武三年(1370年)時，朱元璋派他到浙江廉察民情，歸來後賞賜他大量金帛，並請他做中書左丞，陳遇仍推辭不做。第二年，朱元璋又先後任命他為禮部侍郎兼弘文館學士、太常少卿、禮部尚書，他仍然堅辭不受。朱元璋拿他無法，又改讓其子出來做官。陳遇又推托說，兒子年幼，學業未成，日後再說，說什麼也不做官。其實，朱升、陳遇等人，不是不願做官，也不是沒有這種能力，而是他們頭腦冷靜，識時務。他們均看到了朱元璋性格猜忌多疑，用刑過濫；為保全身家性命，采用韜晦之策，隱退不仕便是最佳選擇。
雖然朱元璋在整頓吏治過程中，存在著打擊麵過大，用刑過濫等偏差、過失，也確實付出了極其沉重的代價，但他起到了“整頓一代之作用”的效果。在朱元璋實行的嚴刑酷法麵前，一大批貪官汙吏遭到無情的懲處和打擊，官場的風氣為之改觀，明初的吏治日趨清明。這對於社會穩定，經濟恢複，明王朝的鞏固都起了積極的作用。連後來清官海瑞也說：“我太祖視民如子，隻要有絲毫的侵吞強奪就用殘酷刑罰。數十年民得安生樂業，千載一時之盛也。”的確如此，朱元璋整頓吏治的功績是不容抹殺的。洪武年間的吏治較元末清明的多，這是有目共睹的。
評析：
用嚴刑酷法約束官吏，朱元璋的做法在曆代的皇帝當中，可以說是要求最嚴格，懲罰最嚴厲的了。因此在朱元璋統治的時候，明朝政風的清廉也比較突出。“上行下效”，“上梁不正下梁歪”，隻有整治政府官員的行為，才能更好地控製老百姓，使人民富強，使國家強盛。