得天下易，守天下難。獲得了日本所有土地的明治天皇，這個時候便開始糾結用什麼軍隊來守天下了。也許你會覺得很納悶，軍隊有什麼難搞定的，征兵啊！但這個我們眼裏的小事在日本人看來確是件不得了的大事，因為當時日本的軍隊主要為武士階層，如果實行征兵製就意味著很多平民將進入軍隊，武士們認為這些百姓多半無知而且反叛性強，更重要的是他們還覺得跟這些人在一起會掉自己的身價，所以極力反對。普通老百姓們也不想去，因為他們知道一旦去了就會飽受武士的欺淩，同時青壯年當兵之後家裏的農業、商業就無人看管了，這在經濟上會造成極大的損失，所以征兵並不受到日本各階層的歡迎。
雖然如此，明治天皇依舊難改他的叛逆，在山縣有朋的慫恿下，明治天皇決心開始征兵。這一次，他們卻低估了平民百姓的反抗精神。1873至1874年，僅僅一年時間全國就發生了16次民眾暴動，共10萬餘人被捕。再這麼鬧下去不是個辦法，停止征兵也不可能，如何是好？明治天皇靈機一動，又極具創新性地想到了一個好辦法：亮出自己的“真實”身份，在軍隊和學校宣傳“我就是神”！於是，從1882年開始，日本政府就開始諄諄教誨人們要為天皇賣命，因為天皇是神，這是忠君愛國的表現，而且死後能進靖國神社！在這種毫無理智的蠱惑下，當軍人竟冠冕堂皇地成了日本的流行風尚。
當天皇發現改革的阻力並沒有想象中那麼大時，他的膽兒更肥了，謀劃著要開始對全體武士動手了。要知道在尊王攘夷運動中，中下級武士不僅對明治天皇忠心耿耿而且也算是為他“拋頭顱、灑熱血”了，現在要改革武士階層真有點卸磨殺驢的味道。其實這些道理明治天皇都懂，也知道這麼做不太厚道，但是巨大的財政赤字逼得他隻能廢掉武士階層。當時政府在廢藩置縣的時候，給這些武士和大名發放優厚的工資，所以政府等於是在給這些沒用處的“公務員”搞福利，老百姓的怨氣很大，而且在脫刀令沒發布之前，這些武士成天舞刀弄棒，對社會也是一群不穩定的存在。1876年，天皇決定廢除俸祿製，全部改為債券製，意思就是說，現在天皇向你們借錢搞國家建設，你們的工資我先給你們打上白條，將來等國家有錢了，我一定會還的。至於你們信不信，反正我天皇是信了！接著又下一條聖旨說現在咱們國家已經進入現代社會，武士們帶著刀似乎不太和諧，所以國家代為保管你們的刀具，整個日本隻有警察能帶武器。還有就是，你們以前的發型太落伍了，都知道日本是要競爭世界時尚大獎的，因此強令要求你們換個與時俱進的新發型，統統給我把紮著的頭發披散下來。這幾條聖旨可以說不僅斷了武士的財源，而且降低了武士的地位，沒有刀、沒有錢、沒有土地的武士跟平民已無異。所以從理論上講，日本由此成為了一個形式上的自由社會。
由於轉變太過突然，很多武士根本無法接受這一現實，同年便發生了“神風連之亂”，也叫“敬神黨之亂”。當時熊本地區的部分領導人認為，“尊王”可以，但必須“攘夷”。如果處處都學習外國，這和日奸的所作所為又有什麼兩樣？而且國家現在又是搞征兵又是搞改革，武士的作用跟過去簡直不可同日而語，這是武士的恥辱！所以他們要替天行道。當然，這次叛亂很快就被鎮壓了，天皇的威嚴雖然沒有遭到動搖，但是他心裏清楚：這時候，必須要開始加強思想控製了。
天皇加強思想控製的辦法就是興辦學校，大搞四年義務教育。明治認為全民教育跟全民征兵一樣，都是加強國家政治經濟力量的基礎，政府不僅要讓這些人學習西方文化還要懂得效忠國家。所以，當時的日本已經做好了進入近代化的準備。而反觀此時的大清，卻依然隻看軍事不看教育，直到1905年才正式廢除科舉考試，教育改革比日本整整晚了30年。如果僅僅是這30年的教育落後或許還不算問題，可是後來清末五大臣出國考察，讚成學習西方製度和教育，竟是為了可以讓皇位永固，這就足以說明中日間思想層次的差距是晚了近百年。一個步入了現代化，一個卻依舊徘徊在古代社會。
明治天皇本著他的叛逆創新精神，靠著各種改革完善，終於把權力收歸回自己手裏，也確立了幾百年前所沒有的一君萬民式的威望，但我們不能說天皇從此和中國封建時代的皇帝一般權力膨脹到極限。1889年隨著日本憲法的頒布，天皇的地位和政治作用有了明確的指向性，日本成為君主立憲製國家，天皇也不再像戰國時代那樣僅僅隻是別人手中的傀儡和棋子，而成為了政府的一員，成為了帝國主義的一種象征。