北軍攻占南京後，大肆淫掠，幾乎無兵不搶。馮國璋兵在下關槍，雷震春兵在南門搶，張勳兵在太平門搶。馮國璋且在下關縱火焚燒，全埠化為焦土。搶掠後所有贓物皆運往浦口，由火車直運天津、北京或：運至上海。南京城被劫一空，雖家具什物，亦搬運全盡。各等人民皆體無完衣，家無一餐之糧。
南京在7月15日宣布獨立後，上海因軍事力量不足，未能及時發動。7月18日，陳其美才宣布上海獨立，由黃興任命陳為上海討袁軍總司令。
上海宣布獨立後，沒能對據守在製造局的北軍臧致平團立刻采取行動。陳其美幻想通過談判使臧團能自動退出製造局。上海商界十分害怕戰爭。上海商會、商團公會、教育會、救火聯合會聯合組織上海保衛團，推李平書為團長，一麵維持內部治安，一麵弭止戰禍。
李平書赴製造局會見陳督理、鄭汝成，要求和平解決。次日，李平書又特邀陳其美、鄭汝成、臧致平、駐滬海軍總司令李鼎新，在高昌廟自來水廠會談。李提出：“將製造局軍火一並封存，等南北大局定奪後，再行辦理。”
鄭汝成聲稱：“我等奉袁氏之命來此保護該局軍械，斷難違命。如果前來攻劫，我等隻有抵禦之法。”
上海總商會見製造局方麵態度生硬，便於次日致函南北兩軍說：“本日宣傳北軍在製造局將有戰爭，商民恐慌，要求設法維持。頃間全體開會決議，上海係中國商場，既非戰地；製造局係民國公共之產，無南北爭持之必要。無論何方先啟釁端，是與人民為敵，人民即視為敵黨。”
顯然，這封反戰公函，貌似公平，實際上警告革命黨人，如果進攻製造局，則視為“敵黨”。
由於上海革命黨人方麵兵力不足，不得不向南京方麵求援。鎮江趙念伯部1個團的支援上海部隊抵滬。原由上海調赴南京的劉福彪統領的福字營，也被調回上海。陳其美將劉部改為敢死隊。陳其美得到這兩支軍隊後，才向製造局發起進攻。
討袁軍61團、37團攻擊製造局西柵，福字營助攻；鬆軍、鎮軍攻南望道橋製造局正門。戰鬥開始後，北軍憑借預先設好的陣地死戰，海軍發巨炮壓製討袁軍的火力。由於討袁軍炮兵營炮火對製造局威脅很大，臧致平遂與海軍司令部李鼎新商定，由海軍集中炮火先轟擊討袁炮兵營。
炮兵營被摧毀，討袁軍失去了攻堅的能力，進攻失敗，死傷100人。
討袁軍向製造局發起第2次進攻，這次進攻由福字營充先鋒，其他各軍配合。但仍然被海軍大炮擊退，死傷500多人。敵將鄭汝成頓時猖狂起來，他威脅南市商團說：“如果陳其美不取消司令部，我就進攻南市。
陳其美被迫將司令部撤往閘北南海會館。當天晚上，陳其美又令討袁軍發動第3次進攻。鈕永建所部鬆軍2000名與北軍500名在滬杭車站發生戰鬥，隨後，鬆軍佯敗誘敵，向西撤退，北軍追擊，遭到鬆軍接應部隊的回擊。討袁軍再次失敗。
紅十字會長沈仲禮、英國醫生柯司在駐滬領事團支持下，向討袁軍運動停戰，但談判沒有結果。
討袁軍向製造局發動第4次進攻，主攻力量為鬆軍1500人。但在進軍途中，為北軍探照燈發現，遭到製造局與海軍炮火轟擊。討袁軍受探照燈電力射目，不能還擊，殊難進攻，隻能在外日暉附近滬杭鐵路地方布陣，亦開快炮遙擊。進攻再次失利。駐滬帝國主義者幹涉中國內戰，支持袁世凱。
7月27日清晨，租界工部局以中國商民夏粹芳等人要求保護生命財產為借口，派遣總房巡捕頭I＼羅司帶馬隊30餘人至火車站北南海會館，驅逐討袁軍駐滬總司令部。陳其美此時已往吳淞，駐守司令部的蔣介石所率61團一部207人討袁，為英軍繳械。
上海租界工部局曾在此以前決定將黃興、孫中山、陳其美、岑春煊、李平書、沈縵雲、王一亭、楊信之等8人逐出租界。這次公然越界到閘北來驅逐討袁軍司令部，是一次公開的侵略行為。
袁世凱命劉冠雄率領艦隊，以及北軍第4師師長李厚基部進攻吳淞。吳淞前線開始吃緊。
討袁軍對製造局作第5次進攻之後，即將主要兵力撤至吳淞，以加強吳淞的防守，討袁司令部也遷往吳淞炮台江灣中國公學內。
7月31日，北軍援兵全部到達製造局，倒向袁世凱的浙江都督朱瑞也派遣部隊開赴上海支援北軍。駐在龍華的鬆軍被迫撤離龍華，輾轉退集於吳淞一帶。進攻製造局之役完全失敗，困守在江灣、吳淞一帶。
吳凇原為薑國梁率廣軍駐守。段棋瑞派人對廣軍進行策反活動，廣軍動搖，偷走炮閂，圖謀叛變，薑國梁出走。陳其美委任白逾桓、居正率鎮軍平叛，並任命白逾桓、居正為討袁軍吳淞要塞總監和總司令，扼守炮台。海軍進攻吳淞，白、居指揮炮台守軍反擊，聯鯨艦投降，海圻各艦逃遁。
後來劉冠雄抵達吳淞口，一再指揮海軍進攻吳淞炮台，屢攻不克。這時，劉福彪部由南市撤守江灣，經程德全勾引，陰謀攻奪炮台策應海軍。
但程德全給劉福彪的攻奪炮台命令為居正截獲。居正率部對劉部先行圍捕，將劉軍擊退。但由於劉部的叛變，本來就十分薄弱的炮台兵力，就更加薄弱了。鈕永建率部到達吳淞，居正等推戴鈕為總司令，鎮壓了通敵的水上警察，協同守衛吳淞。
8月11日，從上海開出的北軍進抵江灣。當夜鈕永建、居正率兵進襲北軍，冀收九死一生之效。無奈夜間戰鬥，軍隊服裝不一，辨敵不清，深恐誤傷，有妨元氣，故小挫敵軍，仍回防禦。次日，滬、鬆消息斷絕，居正部各軍官逃走一空。餉源無出，兵士愈慌，軍心動搖。紅十字會醫生柯司往返炮台與海軍聯係，與雙方協商和平解決。商定由柯率領救護隊於8月13日接收吳淞炮台。
紅十字會接收炮台，鈕永建、居正等已率1000餘人經羅店退往嘉定，至太倉將部隊解散，上海討袁軍完全失敗。
安徽的胡萬泰和孫多森勾結起來，搞了一幕假獨立的醜劇，於7月17日宣布安徽獨立，推柏文蔚為安徽討袁軍總司令，以孫多森為民政長，胡萬泰自稱都督。
蕪湖革命黨人對胡萬泰、孫多森的“獨立”甚為懷疑。張永正率部以援贛為名，沿江上溯，同胡部發生衝突，胡部不敵，退回安慶。胡、孫兩人搞假獨立，心中有鬼，以赴上海提款為名，同船逃往上海，但胡萬泰途經南京時，上岸跑到柏文蔚處進行活動。柏文蔚雖風聞胡萬泰與袁世凱早有聯係，但卻認為孫多森、胡萬泰都是他壽州同鄉，且與胡的父親胡殿甲關係甚好，因此對胡相當尊重，不疑有他。
孫、胡離開安慶後，柏文蔚酌親信、憲兵司令祁耿寰被推為都督。但2天後，與段祺瑞私通款曲的胡部旅長顧琢瑭即發動兵變，圍攻都督府，趕走了祁耿寰，與商團勾結推出正在安慶休假的保定軍校教官劉國棟為都督兼民政長。
這時柏文蔚正在蚌埠調集皖北各軍以抗擊倪嗣衝，忽得安慶兵變消息，又接到黃興要他速回南京的急電，遂顓遄返南京。黃興要柏文蔚速返安慶，處理安徽的問題。柏文蔚率部返,皖，胡萬泰隨行。
柏抵安慶，顧琢瑭親自出迎，劉國棟聞風逃逸，安慶形勢平靜。革命黨人中的許多骨幹分子龔維鑫、管鵬、範光啟、鄭芳蓀、淩毅等相繼回到安慶。柏任龔維鑫為參謀長，代行都督職務，管鵬為內務司長，代行民政長職務。