江蘇都督一職，袁世凱因張勳在二次革命中進攻南京手黑心辣，出力頗多，用以酬謝了張勳，但張勳與北洋究竟淵源不同，而且桀傲不馴，袁世凱並不稱心，又借外交事件將張勳調出任長江巡閱使，換上丁自己的心腹馮國璋。雲南都督蔡鍔雖非國民黨人，但傾向革命勢力，督滇終是隱患。
所以袁施以詭計，先許蔡以湖南都督之職，但要蔡鍔北京一行，蔡即舉薦唐繼堯任雲南都督，自己則北上北京。結果蔡尚在途中時，袁世凱即頒布了任命湯薌銘督湘的命令。蔡鍔明知受騙，但也隻好進京，被袁世凱授以將軍府昭威將軍頭銜，實則等同軟禁。
當袁世凱用建造北洋一統天下的眼光去看黎元洪時，就感到黎元洪有些礙眼了。二次革命後，袁世凱的勢力尚不能及的是川、黔、滇、粵、桂五省，而粵督龍濟光已完全投入袁的懷抱，並對廣西的陸榮廷形成牽製，其餘三省地處偏僻，鞭長莫及也無可奈何。
但是袁決不允許在湖北這樣的要衝之地有非北洋的一塊屬地。雖然黎元洪對袁世凱輸誠相待，經常通電稱頌“大總統英明神武，中外傾向，黨見日以消弭，政權日以鞏固，中央實行統一，地方漸就範圍，普海人民，煥然冰釋”，袁世凱仍然放心不下，因為黎元洪畢竟是有兵權、有地盤、又有“開國元勳”光環的人物，而且畢竟不是北洋一係，這樣的人物占據湖北都督一職，必然是袁世凱的一塊心病。
在正式總統選舉時，雖黎元洪一再聲明、拒絕作候選人，並全力推薦袁世凱，但黎在第一輪投票中仍獲150餘票，由於前輪投票袁世凱得票都不足半數，第三輪便在袁和黎之間決選，二人投選其一，此外投選何人都以廢票論。
這個選舉方法，使袁、黎並列。國民黨本不願選黎元洪，但投別人即為廢票，又不得不投黎，所以會場上一片“投黎元洪，投黎元洪”的竊語聲。最後，袁僅以507票當選。而選副總統時，黎竟一次通過，票數高達610票，並且全場一致鼓掌，掌聲比袁世凱當選時響亮得多。據說總統選舉時，袁的親信、總統府秘書長梁士詒終日未離公案，打聽選舉消息。
袁世凱當時也急不可耐，幾次問粱選舉進行得如何，梁士詒含混應付，不敢據實以告。當袁得知最後一輪是在他與黎元洪之間決選時，他“大驚，繞室彷徨，踱來踱去，直到最後揭曉才坐下，並不高興。”雖然黎元洪對袁奉命惟謹，未顯出有不臣之心，但難保在一定條件下沒有立異之念，而且也難保沒人借黎的旗號，以擁黎為名，行反袁之實。這正是袁世凱所擔心的。無論如何，他都要調虎離山，去掉這個隱患。
在二次革命後不久，袁世凱韻心腹陳宦就向袁獻計說：“世界副總統無領兵者，美國副總統為上議院議長，今宜請黎入京。……各省底平，亦無須副總統坐鎮，派一統兵大員足矣。”
正式選舉後，袁世凱即以赴京參加典禮等名義幾次電請黎元洪北上。但黎元洪並不入彀中，他先是電告袁世凱，“極思來京，觀光鳴盛”，但“隻以鄂省仔肩未釋，趨覲需時，北鬥京華，謹當望風膜拜。
至副總統忝荷虛名，未便同邀大禮。遵就武昌拜受嘉命。”稍後，又再電袁世凱，再次表示“茲於國慶日就兼領湖北都督任內拜受嘉命。”黎元洪也深知有兵即有勢有權，更知道袁世凱居心叵測，所以一再拒絕袁世凱的邀請。
為了使黎元洪就範，袁世凱又不惜重金，收買黎元洪的親信左右。黎的“文膽”饒漢祥被黎派為代表進京與袁商洽。袁饋之以200萬元，條件之一是要黎早日進京。饒漢祥回到湖北，便對黎說：“湖北年輕的黨人都不可靠，你在湖北住著很危險，不如到北京去比較安全。”袁世凱還多次派陳宦赴鄂勸駕。黎被逼無奈，隻好以接替無人或交接費時為由搪塞拖延，不肯離開湖北。
袁世凱無法，便來了個“霸王硬上弓”的手段，半是邀請，半是挾持，於12月8日派遣北洋悍將、他的心腹段祺瑞到武昌“迎接”黎元洪人京。
黎元洪知道這次已無可推托，便命都督府參謀長金永炎“代拆代行”都督府中事務，為不日返回湖北預留地步。但段祺瑞到鄂後，馬上將他南下的專車改為送黎北上的專車，於次日即催促黎元洪北上“磋商要政”。
黎無法，隻好電告袁世凱“謹於本月九號親戒行裝，麵聆迪誨”，“本府一切事宜，除先行呈請大總統派員代理外，應暫交參謀長金永炎代拆代行。”9日晚，黎元洪即與饒漢祥等十數人在陳宦的押解式的陪同下，登車北上，10日，黎元洪尚在北上途中時，袁世凱就公布了以段祺瑞暫代湖北都督的命令。
由雄據一方、實權在握的都督二變為袁世凱的高級政治俘虜，黎元洪心中不免苦辣酸甜，一時不知何味。本來對袁世凱並無異誌，卻偏遭疑忌，厲階實為己造，卻又有苦難言，鳥盡弓藏之勢已成，“儲貳”之職不能不就。這一切都在黎元洪的心中攪起陣陣哀怨、憤懣、淒愴的波瀾。